| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第11-13页 |
| 1.3 本论文主要研究内容 | 第13-14页 |
| 1.4 论文结构 | 第14-16页 |
| 第二章 传统模型和LDA概率话题模型 | 第16-26页 |
| 2.1 数据预处理 | 第16-17页 |
| 2.2 K-Means聚类模型 | 第17-19页 |
| 2.3 系统聚类模型 | 第19-20页 |
| 2.4 LDA概率话题模型的基本原理 | 第20-24页 |
| 2.5 本章小结 | 第24-26页 |
| 第三章 Celltree-LDA概率话题模型和后期处理方法 | 第26-36页 |
| 3.1 Celltree-LDA模型的基本原理 | 第26-30页 |
| 3.2 LEfSe分析方法 | 第30页 |
| 3.3 Wilcoxon Matched-pairs Signed Rank检验方法 | 第30-31页 |
| 3.4 PICRUSt分析方法 | 第31-32页 |
| 3.5 四种模型分析流程 | 第32-34页 |
| 3.6 本章小结 | 第34-36页 |
| 第四章 实验结果及分析 | 第36-70页 |
| 4.1 数据源 | 第36-37页 |
| 4.2 K-Means聚类对数据源MVB和MHE1的分析结果 | 第37-39页 |
| 4.3 系统聚类对数据源MVB和MHE1的分析结果 | 第39-41页 |
| 4.4 Celltree-LDA模型的分析结果 | 第41-66页 |
| 4.4.1 对数据源MVB的分析结果 | 第42-45页 |
| 4.4.2 对数据源MHE1的分析结果 | 第45-49页 |
| 4.4.3 对数据源MHE2结构的分析结果 | 第49-58页 |
| 4.4.4 对数据源MHE2功能的分析结果 | 第58-63页 |
| 4.4.5 MHE2患者治疗前后临床疗效指标变化情况 | 第63-66页 |
| 4.5 与基于LDA模型、K-Means聚类和系统聚类的结果比较 | 第66-67页 |
| 4.6 本章小结 | 第67-70页 |
| 第五章 分析与讨论 | 第70-74页 |
| 5.1 Celltree-LDA模型的有效性 | 第70-71页 |
| 5.2 MHE患者治疗前后菌群结构和功能的变化情况 | 第71-73页 |
| 5.3 本章小结 | 第73-74页 |
| 第六章 总结与下一步工作 | 第74-78页 |
| 6.1 工作总结 | 第74-76页 |
| 6.2 下一步工作 | 第76-78页 |
| 致谢 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-88页 |
| 附录A（攻读学位其间发表论文目录） | 第88-90页 |
| 附录B 源代码 | 第90-97页 |
| 附录B.1:K-Means聚类部分源代码 | 第90-91页 |
| 附录B.2:系统聚类部分源代码 | 第91-92页 |
| 附录B.3:LDA模型部分源代码 | 第92-93页 |
| 附录B.4:Celltree-LDA模型部分源代码1 | 第93-95页 |
| 附录B.5:Celltree-LDA模型部分源代码2 | 第95-97页 |
