| 摘要 | 第4-7页 |
| Summary | 第7-9页 |
| 缩略词表 | 第14-15页 |
| 前言 | 第15-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-40页 |
| 1 仔猪腹泻 | 第18-22页 |
| 1.1 仔猪腹泻的成因 | 第18-20页 |
| 1.2 仔猪腹泻的防治措施 | 第20-22页 |
| 2 产气荚膜梭菌简介 | 第22-29页 |
| 2.1 产气荚膜梭菌的生物学特征 | 第23页 |
| 2.2 产气荚膜梭菌的毒素类型及分型 | 第23-27页 |
| 2.3 宿主抵抗产气荚膜梭菌感染的分子调控机制研究 | 第27-29页 |
| 3 仔猪腹泻与C型产气荚膜梭菌 | 第29-32页 |
| 3.1 C型产气荚膜梭菌的致病机制 | 第29-30页 |
| 3.2 C型产气荚膜梭菌感染对猪只的影响 | 第30-31页 |
| 3.3 防治仔猪C型产气荚膜梭菌病主要方法及问题 | 第31-32页 |
| 4 RNA-seq测序概述 | 第32-35页 |
| 4.1 RNA-seq测序在探究仔猪抵抗腹泻疾病调控机制的研究进展 | 第33-34页 |
| 4.2 RNA-seq在探索宿主感染性疾病分子机制的研究进展 | 第34-35页 |
| 5 长链非编码RNA概述 | 第35-39页 |
| 5.1 lncRNA的分类和功能 | 第35-37页 |
| 5.2 lncRNA在疾病发生发展过程中的调控作用 | 第37-39页 |
| 6 研究目的与意义 | 第39-40页 |
| 第二章 材料与方法 | 第40-56页 |
| 1 试验动物的饲养管理 | 第40-41页 |
| 1.1 仔猪的来源 | 第40页 |
| 1.2 C型产气荚膜梭菌感染仔猪实验 | 第40-41页 |
| 1.2.1 C型产气荚膜梭菌菌液培养 | 第40-41页 |
| 1.2.2 仔猪感染实验 | 第41页 |
| 2 试验材料 | 第41-43页 |
| 2.1 数据收集及样品采集 | 第41-42页 |
| 2.2 实验仪器与主要试剂 | 第42-43页 |
| 3 试验方法 | 第43-56页 |
| 3.1 C型产气荚膜梭菌耐受型和易感型仔猪研究 | 第43-44页 |
| 3.1.1 仔猪总腹泻评分统计 | 第43页 |
| 3.1.2 仔猪粪便C型产气荚膜梭菌计数 | 第43-44页 |
| 3.1.3 仔猪体重和各器官重量测定 | 第44页 |
| 3.2 仔猪回肠组织的RNA-seq | 第44-47页 |
| 3.2.1 RNA样品的提取及检测 | 第45-46页 |
| 3.2.2 cDNA测序文库的构建 | 第46-47页 |
| 3.2.3 上机测序 | 第47页 |
| 3.3 测序数据处理及生物信息学分析 | 第47-51页 |
| 3.3.1 测序质量的评估 | 第47-48页 |
| 3.3.2 序列比对及功能注释 | 第48页 |
| 3.3.3 LncRNA和mRNA的鉴定 | 第48-49页 |
| 3.3.4 LncRNA基因组特征分析 | 第49-50页 |
| 3.3.5 LncRNA和mRNA表达水平分析 | 第50页 |
| 3.3.6 LncRNA的靶基因预测 | 第50-51页 |
| 3.3.7 lncRNA和mRNA的功能富集分析 | 第51页 |
| 3.4 C型产气荚膜梭菌感染性疾病相关lncRNA的筛选 | 第51-52页 |
| 3.5 耐受型和易感型仔猪抗性相关lncRNA分析 | 第52页 |
| 3.5.1 差异表达lncRNA二级结构预测 | 第52页 |
| 3.5.2 差异表达lncRNA靶基因预测 | 第52页 |
| 3.5.3 lncRNA功能富集分析 | 第52页 |
| 3.6 荧光定量qPCR检测 | 第52-56页 |
| 第三章 结果与分析 | 第56-111页 |
| 1 C型产气荚膜梭菌性腹泻耐受型和易感型仔猪的研究 | 第56-59页 |
| 1.2 粪便C型产气荚膜梭菌数量分析结果 | 第57-58页 |
| 1.3 仔猪体重和器官重量统计分析 | 第58-59页 |
| 2 RNA-seq文库的构建、数据处理及生物信息学分析 | 第59-72页 |
| 2.1 RNA提取及测序数据的质量检测 | 第59-68页 |
| 2.1.1 RNA质量检测 | 第59-61页 |
| 2.1.2 测序数据的质量检测 | 第61-64页 |
| 2.1.3 测序数据比对及分析 | 第64-68页 |
| 2.2 lncRNA和mRNA的鉴定及分析 | 第68-70页 |
| 2.3 LncRNA基因组特征分析 | 第70-72页 |
| 3 lncRNA和mRNA差异表达分析结果 | 第72-76页 |
| 3.1 lncRNA和mRNA表达水平分析 | 第72-74页 |
| 3.2 lncRNA和mRNA差异表达分析 | 第74-75页 |
| 3.3 lncRNA和mRNA聚类分析 | 第75-76页 |
| 3.4 lncRNA和mRNA染色体分布情况 | 第76页 |
| 4 lncRNA和mRNA的功能富集分析 | 第76-101页 |
| 4.1 lncRNA的GO和KEGG富集分析 | 第79-90页 |
| 4.1.1 lncRNA的靶基因预测 | 第79页 |
| 4.1.2 lncRNA的GO功能富集分析 | 第79-85页 |
| 4.1.3 lncRNA的KEGG信号通路富集分析 | 第85-90页 |
| 4.2 差异表达mRNA的GO和KEGG功能富集分析 | 第90-101页 |
| 4.2.1 差异表达mRNA富集的GO功能 | 第90-96页 |
| 4.2.2 差异表达mRNA的KEGG信号通路富集分析 | 第96-101页 |
| 5 C型产气荚膜梭菌感染性疾病相关lncRNA的筛选 | 第101-102页 |
| 6 耐受型和易感型仔猪间抗性相关lncRNA结构和功能分析 | 第102-109页 |
| 6.1 抗性相关lncRNA二级结构的预测 | 第102-105页 |
| 6.2 抗性相关lncRNA靶基因预测结果 | 第105-106页 |
| 6.3 抗性相关lncRNA靶基因的表达量水平检测 | 第106-107页 |
| 6.4 抗性相关lncRNA的功能富集分析 | 第107-109页 |
| 7 耐受型和易感型仔猪血液细胞因子表达水平检测 | 第109-110页 |
| 8 测序结果的qPCR验证 | 第110-111页 |
| 第四章 讨论 | 第111-118页 |
| 1 C型产气荚膜梭菌耐受型和易感型仔猪的筛选 | 第111-112页 |
| 2 仔猪回肠组织lncRNA和mRNA表达谱及功能富集分析 | 第112-114页 |
| 3 C型产气荚膜梭菌疾病相关lncRNA与免疫基因的调控关系分析 | 第114-116页 |
| 4 仔猪C型产气荚膜梭菌腹泻抗性相关lncRNA研究 | 第116-118页 |
| 第四章 结论 | 第118-119页 |
| 创新点 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-139页 |
| 附录 | 第139-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
| 作者简介 | 第152-156页 |
| 导师简介 | 第156-157页 |
