| 内容提要 | 第1-7页 |
| 第1章 绪论 | 第7-12页 |
| ·分子模拟研究的背景与进展 | 第7-9页 |
| ·论文的背景、主要研究内容及意义 | 第9-12页 |
| ·研究背景 | 第9-10页 |
| ·研究内容 | 第10页 |
| ·研究意义 | 第10-12页 |
| 第2章 分子动力学模拟的理论基础与方法概述 | 第12-26页 |
| ·分子动力学基本原理与各项参数 | 第12-18页 |
| ·分子力场的原理 | 第13-15页 |
| ·分子力场的势函数 | 第15-17页 |
| ·力场参数 | 第17-18页 |
| ·常用的著名力场 | 第18页 |
| ·周期性边界条件与最近镜像法 | 第18-19页 |
| ·能量最小化 | 第19-21页 |
| ·优化的概念 | 第19-20页 |
| ·常用的能量最小化算法 | 第20-21页 |
| ·积分算法和时间步长 | 第21-24页 |
| ·积分算法 | 第21-23页 |
| ·时间步长(time step) | 第23-24页 |
| ·分子动力学模拟的系综 | 第24-26页 |
| 第3章 糜蛋白酶与抑制剂GUAMERIN 的相互作用研究 | 第26-58页 |
| ·引言 | 第26-32页 |
| ·糜蛋白酶 | 第26-27页 |
| ·丝氨酸蛋白酶抑制剂Guamerin | 第27-28页 |
| ·Guamerin 的研究进展 | 第28-32页 |
| ·模型的建立与模拟 | 第32-33页 |
| ·模拟对象计算模型的建立与初始化 | 第32-33页 |
| ·模拟操作过程 | 第33页 |
| ·模拟结果的分析计算 | 第33-39页 |
| ·整体结构性质 | 第33-34页 |
| ·溶剂可及性表面积 | 第34-36页 |
| ·弱相互作用 | 第36-37页 |
| ·本质动力学（essential dynamics） | 第37-39页 |
| ·结果与讨论 | 第39-56页 |
| ·整体结构性质分析 | 第39-47页 |
| ·糜蛋白酶-Guamerin 的相对位置 | 第47-50页 |
| ·溶剂可及表面积 | 第50-55页 |
| ·本质动力学（essential dynamics）分析 | 第55-56页 |
| ·结论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 摘要 | 第66-69页 |
| ABSTRACT | 第69-71页 |
