| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景和研究意义 | 第10-11页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第11-13页 |
| 1.3 本课题主要研究内容 | 第13-15页 |
| 1.4 论文结构 | 第15-16页 |
| 第二章 生物信息学背景 | 第16-28页 |
| 2.1 生物信息学中的数据挖掘技术 | 第16-17页 |
| 2.2 HBV的DNA分子结构 | 第17-21页 |
| 2.3 HBV进化过程及其基因型 | 第21-22页 |
| 2.4 系统进化树分析在HBV基因分型中的作用 | 第22-24页 |
| 2.5 系统进化分析常用工具 | 第24-26页 |
| 2.6 本章小结 | 第26-28页 |
| 第三章 构建系统进化树的方法 | 第28-50页 |
| 3.1 HBV DNA序列中的信息位点挖掘 | 第29-32页 |
| 3.1.1 信息位点与HBV基因型 | 第29页 |
| 3.1.2 基于HBV信息位点的决策树构建方法 | 第29-32页 |
| 3.2 系统进化树 | 第32-41页 |
| 3.2.1 原始序列在HBV系统进化中的意义 | 第33-34页 |
| 3.2.2 HBV基因序列的重组结构挖掘 | 第34-36页 |
| 3.2.3 构建系统进化树的传统方法 | 第36-39页 |
| 3.2.4 系统进化树的可靠性 | 第39-41页 |
| 3.3 构建HBV系统进化树的基本算法原理 | 第41-49页 |
| 3.3.1 序列比对 | 第41-42页 |
| 3.3.2 Kimura两参数距离模型 | 第42-43页 |
| 3.3.3 Neighbour-joining算法 | 第43-47页 |
| 3.3.4 bootstrap评价方法 | 第47-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 第四章 实验结果及分析 | 第50-70页 |
| 4.1 实验数据源 | 第50-53页 |
| 4.2 实验过程 | 第53-68页 |
| 4.2.1 数据预处理 | 第53-55页 |
| 4.2.2 基于HBV信息位点的决策树构建 | 第55-58页 |
| 4.2.3 系统进化树的构建 | 第58-64页 |
| 4.2.4 基于信息位点分类与系统进化分类比较 | 第64-65页 |
| 4.2.5 基于Genotyping的HBV B/C重组结构分析 | 第65-68页 |
| 4.3 可靠性评估 | 第68-69页 |
| 4.4 本章小结 | 第69-70页 |
| 第五章 工作总结与展望 | 第70-74页 |
| 5.1 工作总结 | 第70-71页 |
| 5.2 展望 | 第71-74页 |
| 致谢 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 附录A 攻读硕士期间公开发表的论文 | 第82页 |