| 内容摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 1 绪论 | 第14-23页 |
| 1.1 研究背景 | 第14-16页 |
| 1.1.1 罕见疾病 | 第14-15页 |
| 1.1.2 罕见疾病和表型的关系 | 第15-16页 |
| 1.2 研究现状 | 第16-18页 |
| 1.2.1 Phenomizer | 第16-17页 |
| 1.2.2 FindZebra | 第17-18页 |
| 1.3 本文涉及疾病数据库简介 | 第18-20页 |
| 1.3.1 OMIM | 第18-19页 |
| 1.3.2 Orphanet | 第19页 |
| 1.3.3 DECIPHER | 第19-20页 |
| 1.3.4 eRAM | 第20页 |
| 1.4 罕见疾病辅助诊断系统的构建流程 | 第20-21页 |
| 1.5 罕见疾病辅助诊断的意义 | 第21-23页 |
| 2 罕见疾病数据收集与处理 | 第23-36页 |
| 2.1 人类表型本体 | 第23-25页 |
| 2.2 RAMEDIS | 第25-26页 |
| 2.3 PhenoTips | 第26页 |
| 2.4 罕见疾病-表型文本挖掘 | 第26-29页 |
| 2.4.1 文本挖掘 | 第26-27页 |
| 2.4.2 数据字典构建 | 第27-28页 |
| 2.4.3 罕见疾病-表型关联模式 | 第28页 |
| 2.4.4 文本挖掘结果统计 | 第28-29页 |
| 2.5 罕见疾病预测模型训练集数据整合 | 第29-34页 |
| 2.5.1 罕见疾病-表型关联数据 | 第29-30页 |
| 2.5.2 表型-基因关联数据 | 第30-31页 |
| 2.5.3 罕见疾病预测模型数据集 | 第31-34页 |
| 2.6 罕见疾病辅助诊断平台网站数据整合 | 第34-36页 |
| 3 罕见疾病预测模型建模 | 第36-54页 |
| 3.1 基于语义层次的罕见疾病-特征表型空间向量 | 第36-39页 |
| 3.1.1 表型TF-IDF加权 | 第36-37页 |
| 3.1.2 表型层次相关性系数 | 第37-38页 |
| 3.1.3 表型TF-IDF-Hierarchy信息量 | 第38页 |
| 3.1.4 构建罕见疾病-特征表型空间向量 | 第38-39页 |
| 3.2 贝叶斯平均打分算法 | 第39页 |
| 3.3 基于表型信息量的罕见疾病相似度模型 | 第39-43页 |
| 3.3.1 罕见疾病余弦相似度 | 第40页 |
| 3.3.2 罕见疾病Tanimoto相似系数 | 第40-41页 |
| 3.3.3 罕见疾病ΨiScore打分 | 第41页 |
| 3.3.4 罕见疾病MICA语义相似度 | 第41-42页 |
| 3.3.5 基于表型信息量的罕见疾病相似度建模 | 第42-43页 |
| 3.4 基于表型-基因关联的罕见疾病相似度模型 | 第43-45页 |
| 3.4.1 表型余弦相似度 | 第43页 |
| 3.4.2 表型Tanimoto相似系数 | 第43页 |
| 3.4.3 基于关联基因的表型集合相似度 | 第43-44页 |
| 3.4.4 基于表型-基因关联的罕见疾病相似度建模 | 第44-45页 |
| 3.5 基于特征表型空间向量的罕见疾病机器学习预测模型 | 第45-51页 |
| 3.5.1 罕见疾病Softmax回归预测算法 | 第45-47页 |
| 3.5.2 罕见疾病K-近邻预测算法 | 第47页 |
| 3.5.3 罕见疾病随机森林预测算法 | 第47-48页 |
| 3.5.4 罕见疾病极端随机树预测算法 | 第48-49页 |
| 3.5.5 罕见疾病朴素贝叶斯预测算法 | 第49-50页 |
| 3.5.6 罕见疾病深度神经网络预测算法 | 第50-51页 |
| 3.5.7 基于特征表型空间向量的罕见疾病机器学习预测算法建模 | 第51页 |
| 3.6 罕见疾病预测模型汇总 | 第51-54页 |
| 4 罕见疾病预测模型评估 | 第54-66页 |
| 4.1 罕见疾病预测模型真实病历测试数据集 | 第54-55页 |
| 4.2 罕见疾病预测模型评估方法 | 第55-64页 |
| 4.2.1 混淆矩阵 | 第55-57页 |
| 4.2.2 ROC曲线及AUC面积 | 第57-59页 |
| 4.2.3 精确率及召回率 | 第59-62页 |
| 4.2.4 预测结果排名分布 | 第62-63页 |
| 4.2.5 不同检索表型个数对应的结果排名分布 | 第63-64页 |
| 4.3 罕见疾病预测模型评估结论 | 第64-66页 |
| 5 罕见疾病辅助诊断系统网站 | 第66-69页 |
| 5.1 罕见疾病注释信息卡片 | 第66-67页 |
| 5.2 罕见疾病辅助诊断 | 第67-69页 |
| 6 结语 | 第69-72页 |
| 6.1 总结 | 第69-71页 |
| 6.2 展望 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-78页 |
| 附录 | 第78-85页 |
| 附录1：本文PICS模型预测结果混淆矩阵 | 第78-79页 |
| 附录2：本文PGAS模型预测结果混淆矩阵 | 第79-80页 |
| 附录3：本文APML模型预测结果混淆矩阵 | 第80-81页 |
| 附录4：本文罕见疾病预测模型测试集 | 第81-83页 |
| 附录5：常用模型评价指标 | 第83页 |
| 附录6：本文RDAD网站提供的多种检索方式 | 第83-84页 |
| 附录7：本文CPML模型集成的分类器 | 第84页 |
| 附录8：本文APML模型集成的分类器 | 第84-85页 |
| 后记 | 第85-86页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第86-87页 |
