| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 目录 | 第13-17页 |
| 插图目录 | 第17-18页 |
| 表格目录 | 第18-19页 |
| 前言 | 第19-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-43页 |
| 1.1 定位群体 | 第20-21页 |
| 1.1.1 暂时性分离群体 | 第20-21页 |
| 1.1.2 永久性分离群体 | 第21页 |
| 1.2 分子标记 | 第21-22页 |
| 1.3 基因定位方法 | 第22-24页 |
| 1.3.1 分组混合分析法 | 第22-23页 |
| 1.3.2 群体定位法 | 第23-24页 |
| 1.4 新一代测序技术 | 第24-28页 |
| 1.4.1 新一代测序技术平台 | 第24-25页 |
| 1.4.2 新一代测序的应用 | 第25-27页 |
| 1.4.3 新一代测序数据分析及软件 | 第27-28页 |
| 1.5 基因芯片 | 第28-31页 |
| 1.5.1 基因芯片的种类 | 第28页 |
| 1.5.2 基因芯片的应用 | 第28-30页 |
| 1.5.2.1 基因表达分析 | 第28-29页 |
| 1.5.2.2 利用基因芯片分析SNP | 第29-30页 |
| 1.5.3 基因芯片数据分析软件包 | 第30-31页 |
| 1.6 水稻相关数据库 | 第31-33页 |
| 1.6.1 国家水稻数据中心数据库 | 第31页 |
| 1.6.2 BGI籼稻生物信息数据库 | 第31-32页 |
| 1.6.3 日本水稻基因组计划数据库 | 第32页 |
| 1.6.4 Gramene禾本科数据库 | 第32页 |
| 1.6.5 水稻基因组注释项目数据库 | 第32页 |
| 1.6.6 RiceGE数据库(Rice Functional Genomic Express Database) | 第32-33页 |
| 1.7 水稻耐寒性QTL定位研究进展 | 第33-35页 |
| 1.7.1 水稻发芽期耐寒性QTL定位 | 第33页 |
| 1.7.2 水稻苗期耐寒性QTL的定位 | 第33-34页 |
| 1.7.3 孕穗期耐寒性QTL的定位 | 第34-35页 |
| 1.8 植物雄性不育研究进展 | 第35-43页 |
| 1.8.1 细胞核雄性不育研究进展 | 第35-37页 |
| 1.8.2 水稻花器官发育过程 | 第37-39页 |
| 1.8.3 水稻雄性不育形态学特征 | 第39页 |
| 1.8.4 水稻雄性核不育相关基因的研究进展 | 第39-43页 |
| 第二章 利用NGS-BSA方法定位水稻耐寒性QTL | 第43-63页 |
| 2.1 材料与方法 | 第43-48页 |
| 2.1.1 植物材料及其处理 | 第43页 |
| 2.1.1.1 材料培养 | 第43页 |
| 2.1.1.2 材料冷处理 | 第43页 |
| 2.1.2 DNA提取及测序 | 第43-44页 |
| 2.1.2.1 DNA提取 | 第43-44页 |
| 2.1.2.2 DNA测序 | 第44页 |
| 2.1.3 数据处理 | 第44-46页 |
| 2.1.3.1 读段修剪和过滤 | 第44-45页 |
| 2.1.3.2 读段定位 | 第45页 |
| 2.1.3.3 SNP分析 | 第45-46页 |
| 2.1.4 QTL统计分析 | 第46-48页 |
| 2.1.4.1 QTL定位 | 第46-47页 |
| 2.1.4.2 QTL增效基因的来源分析 | 第47-48页 |
| 2.1.4.3 QTL区间耐寒性候选基因的分析 | 第48页 |
| 2.2 结果与分析 | 第48-63页 |
| 2.2.1 读段修剪过滤结果 | 第48-50页 |
| 2.2.2 SNP分析结果 | 第50-53页 |
| 2.2.3 QTL定位结果 | 第53-54页 |
| 2.2.4 QTL增效基因的来源 | 第54-55页 |
| 2.2.5 定位区间候选基因分析结果 | 第55-58页 |
| 2.2.6 讨论 | 第58-63页 |
| 2.2.6.1 群体培育与处理 | 第58页 |
| 2.2.6.2 利用NGS和BSA方法定位QTL的优势 | 第58-60页 |
| 2.2.6.3 数据分析讨论 | 第60页 |
| 2.2.6.4 QTL定位 | 第60-61页 |
| 2.2.6.5 进一步研究的设想 | 第61-63页 |
| 第三章 水稻显性雄性核不育基因SMS的定位 | 第63-78页 |
| 3.1 材料与方法 | 第63-66页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第63页 |
| 3.1.2 性状观察及遗传分析 | 第63页 |
| 3.1.3 材料DNA的提取及多态性检测方法 | 第63-64页 |
| 3.1.3.1 材料DNA的提取 | 第63页 |
| 3.1.3.2 多态性检测方法 | 第63-64页 |
| 3.1.4 雄性不育基因的初步定位 | 第64页 |
| 3.1.5 雄性不育基因的精细定位 | 第64-65页 |
| 3.1.5.1 新标记的开发 | 第64-65页 |
| 3.1.5.2 基因精细定位和遗传作图 | 第65页 |
| 3.1.6 候选基因的预测与表达分析 | 第65-66页 |
| 3.1.6.1 候选基因的预测 | 第65页 |
| 3.1.6.2 候选基因表达分析 | 第65-66页 |
| 3.2 结果与分析 | 第66-73页 |
| 3.2.1 性状观察及遗传分析 | 第66-67页 |
| 3.2.2 雄性不育基因的初步定位 | 第67-68页 |
| 3.2.3 雄性不育基因的精细定位 | 第68-70页 |
| 3.2.4 候选基因的预测与表达分析 | 第70-73页 |
| 3.3 讨论 | 第73-78页 |
| 3.3.1 基因SMS的定位 | 第73-75页 |
| 3.3.2 生物信息学预测与表达分析 | 第75-76页 |
| 3.3.3 显性突变体的研究 | 第76页 |
| 3.3.4 显性核不育的应用 | 第76-77页 |
| 3.3.5 关于SMS基因下一步研究思考 | 第77-78页 |
| 本文创新点 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-89页 |
| 附录1: DNA小量提取 | 第89-90页 |
| 附录2: PAGE电泳检测 | 第90-91页 |
| 附录3: 在耐寒池和感寒池中日本晴等位基因频率差(NAFD)计算脚本 | 第91-93页 |
| 附录4：定位区间内引起氨基酸变化对冷处理有响应的基因提取与注释脚本 | 第93-94页 |
| 附录5: QTL定位最可能区间内具有引起AA变化的SNP又对冷处理有响应的基因注释 | 第94-103页 |
| 博士期间取得科研成果 | 第103页 |
