| 摘要 | 第11-15页 |
| ABSTRACT | 第15-19页 |
| 第1章 绪论 | 第20-31页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第20-22页 |
| 1.2 研究现状 | 第22-23页 |
| 1.3 算法知识简介 | 第23-27页 |
| 1.3.1 算法及算法的计算复杂性 | 第23-24页 |
| 1.3.2 P类、NP类及NPC类问题 | 第24-25页 |
| 1.3.3 近似算法和近似性能比 | 第25-26页 |
| 1.3.4 贪婪、局部搜索技术 | 第26-27页 |
| 1.4 本文的主要贡献 | 第27-29页 |
| 1.4.1 最大化邻接的基因组片段填充问题的定义修正 | 第27-28页 |
| 1.4.2 SF-MNCA问题特殊实例的多项式时间精确算法 | 第28页 |
| 1.4.3 双面SF-MNCA问题的1.5-近似算法 | 第28-29页 |
| 1.4.4 单面SF-MNCA问题的1.25-近似算法 | 第29页 |
| 1.4.5 基于加权双向overlap图的可传递约减算法 | 第29页 |
| 1.5 论文的组织结构 | 第29-31页 |
| 第2章 基因组片段填充问题介绍 | 第31-42页 |
| 2.1 计算基因组学相关概念 | 第31-32页 |
| 2.2 邻接、断点 | 第32-34页 |
| 2.3 SF-MNCA问题 | 第34-35页 |
| 2.4 封闭符号“ | 第35-37页 |
| 2.5 SF-MNCA问题中的几个特性 | 第37-39页 |
| 2.6 断点的分类 | 第39-40页 |
| 2.7 k-Type-1、k-Type-2串、插入串 | 第40-41页 |
| 2.8 结论 | 第41-42页 |
| 第3章 特殊情况下的多项式时间精确算法 | 第42-54页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 算法的前提 | 第42-47页 |
| 3.3 算法的实现 | 第47-50页 |
| 3.4 算法可行解的最优性 | 第50-52页 |
| 3.5 算法的时间复杂度分析 | 第52页 |
| 3.6 结论 | 第52-54页 |
| 第4章 双面SF-MNCA问题的1.5-近似算法 | 第54-70页 |
| 4.1 引言 | 第54-55页 |
| 4.2 公共邻接数的一个上界 | 第55-65页 |
| 4.3 双面填充算法 | 第65-69页 |
| 4.4 算法时间复杂度分析 | 第69页 |
| 4.5 总结 | 第69-70页 |
| 第5章 单面SF-MNCA问题的1.25-近似算法 | 第70-89页 |
| 5.1 引言 | 第70-71页 |
| 5.2 问题描述 | 第71页 |
| 5.3 插入Type-1串 | 第71-78页 |
| 5.3.1 插入1-Type-1串 | 第72页 |
| 5.3.2 插入2-Type-1串 | 第72-74页 |
| 5.3.3 插入3-Type-1串 | 第74-75页 |
| 5.3.4 插入剩余缺失基因 | 第75-76页 |
| 5.3.5 完整算法描述 | 第76-78页 |
| 5.4 近似算法分析 | 第78-88页 |
| 5.4.1 改进的近似下界 | 第78-80页 |
| 5.4.2 近似性能比分析 | 第80-88页 |
| 5.5 结论 | 第88-89页 |
| 第6章 序列拼接的信息约减问题 | 第89-99页 |
| 6.1 引言 | 第89-90页 |
| 6.2 相关知识简介 | 第90-92页 |
| 6.2.1 碱基 | 第90页 |
| 6.2.2 加权双向overlap图 | 第90-92页 |
| 6.3 可传递约减算法 | 第92-95页 |
| 6.3.1 可传递约减原理及正确性证明 | 第92-93页 |
| 6.3.2 可传递约减在加权双向overlap图中的实现 | 第93页 |
| 6.3.3 可传递约减算法的设计与实现 | 第93-95页 |
| 6.4 实验及结果分析 | 第95-98页 |
| 6.5 总结 | 第98-99页 |
| 第7章 总结与展望 | 第99-101页 |
| 7.1 本文总结 | 第99-100页 |
| 7.2 研究展望 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第107-108页 |
| 在读期间参与科研项目情况 | 第108-109页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第109-110页 |
| 外文论文 | 第110-144页 |
