| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 缩略语表 | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-38页 |
| 1 水产动物全基因组测序研究进展 | 第17-25页 |
| 1.1 高通量测序技术的发展 | 第17-19页 |
| 1.2 高通量测序技术的应用 | 第19-20页 |
| 1.3 全基因组de novo测序技术 | 第20-22页 |
| 1.4 水产动物全基因组测序研究进展 | 第22-25页 |
| 2 食性相关基因家族 | 第25-32页 |
| 2.1 内源性消化酶基因家族 | 第25-26页 |
| 2.2 嗅觉受体基因家族 | 第26-29页 |
| 2.3 味觉受体基因家族 | 第29-31页 |
| 2.4 RNase1基因研究进展 | 第31-32页 |
| 3 动物肠道微生物的宏基因组测序 | 第32-34页 |
| 3.1 宏基因组测序概述 | 第32-33页 |
| 3.2 鱼类肠道微生物的 16S rRNA测序 | 第33-34页 |
| 3.3 肠道微生物在食物消化中的作用 | 第34页 |
| 4 团头鲂的生物学特性及组学方面研究概况 | 第34-36页 |
| 5 本研究的主要内容、目的和意义 | 第36-38页 |
| 第二章 团头鲂全基因组测序及食性进化研究 | 第38-59页 |
| 1 材料与方法 | 第38-44页 |
| 1.1 实验材料 | 第38-39页 |
| 1.2 基因组建库测序 | 第39页 |
| 1.3 基因组大小评估 | 第39-40页 |
| 1.4 基因组组装与评价 | 第40-41页 |
| 1.5 基因组注释 | 第41-42页 |
| 1.6 非编码RNA预测 | 第42-43页 |
| 1.7 基因组进化分析 | 第43-44页 |
| 2 结果 | 第44-56页 |
| 2.1 数据处理与拼接 | 第44-45页 |
| 2.2 基因组大小评估 | 第45-46页 |
| 2.3 基因组组装与评价 | 第46-47页 |
| 2.4 基因组GC含量 | 第47-48页 |
| 2.5 基因组重复序列 | 第48-49页 |
| 2.6 基因集预测 | 第49-51页 |
| 2.7 基因功能注释 | 第51页 |
| 2.8 非编码RNA预测 | 第51-52页 |
| 2.9 基因组进化分析 | 第52-56页 |
| 3 讨论 | 第56-58页 |
| 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 不同食性鱼类内源性消化系统比较研究 | 第59-73页 |
| 1 实验方法 | 第60-61页 |
| 1.1 嗅觉基因家族鉴定 | 第60-61页 |
| 1.2 味觉基因家族鉴定 | 第61页 |
| 1.3 内源性消化酶基因家族鉴定 | 第61页 |
| 2 结果 | 第61-70页 |
| 2.1 内源性消化酶基因家族分析 | 第61-63页 |
| 2.2 嗅觉基因家族分析 | 第63-66页 |
| 2.3 味觉基因家族结果分析 | 第66-70页 |
| 3 讨论 | 第70-71页 |
| 小结 | 第71-73页 |
| 第四章 团头鲂RNase1生物学功能研究 | 第73-99页 |
| 1 材料与方法 | 第74-83页 |
| 1.1 实验材料与仪器 | 第74-75页 |
| 1.2 样本采集 | 第75页 |
| 1.3 RNase1序列鉴定与特征分析 | 第75-76页 |
| 1.4 不同发育阶段及组织表达模式研究 | 第76-79页 |
| 1.5 RNase1重组蛋白的制备 | 第79-82页 |
| 1.6 RNase1重组蛋白生物学功能研究 | 第82-83页 |
| 2 结果 | 第83-96页 |
| 2.1 团头鲂RNase1基因序列特征分析 | 第83-85页 |
| 2.2 多序列比对 | 第85-87页 |
| 2.3 RNase1三级结构分析 | 第87-88页 |
| 2.4 RNase1序列进化 | 第88-90页 |
| 2.5 RNase1基因在不同组织中的表达模式 | 第90-92页 |
| 2.6 RNase1重组蛋白的表达 | 第92-94页 |
| 2.7 RNase1重组蛋白的消化活性 | 第94-96页 |
| 2.8 RNase1重组蛋白的抗菌活性 | 第96页 |
| 3 讨论 | 第96-98页 |
| 小结 | 第98-99页 |
| 第五章 不同食性鱼类外源性消化系统比较研究 | 第99-121页 |
| 1 材料与方法 | 第100-104页 |
| 1.1 试剂与仪器 | 第100-101页 |
| 1.2 样本采集 | 第101页 |
| 1.3 肠道内容物酶活性测定 | 第101页 |
| 1.4 细菌基因组DNA的提取 | 第101-102页 |
| 1.5 PCR扩增16S rRNA基因 | 第102-103页 |
| 1.6 基于Illumina Miseq高通量测序的数据分析 | 第103-104页 |
| 2 结果 | 第104-118页 |
| 2.1 样本信息及测序数据统计 | 第104-106页 |
| 2.2 物种多样性分析 | 第106-109页 |
| 2.3 微生物群落结构组成 | 第109-116页 |
| 2.4 肠道微生物菌群功能富集 | 第116页 |
| 2.5 肠道微生物组成与酶活性的相关性 | 第116-118页 |
| 3 讨论 | 第118-120页 |
| 小结 | 第120-121页 |
| 本论文主要研究结果及创新点 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-142页 |
| 附录 | 第142-145页 |
| 致谢 | 第145-147页 |