| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第14-27页 |
| 1.1 课题背景 | 第14-20页 |
| 1.1.1 课题来源 | 第15页 |
| 1.1.2 药物虚拟筛选简介 | 第15-17页 |
| 1.1.3 药物虚拟筛选面临的挑战 | 第17页 |
| 1.1.4 虚拟筛选软件D3DOCKxb简介 | 第17-19页 |
| 1.1.5 MIC众核协处理器简介 | 第19-20页 |
| 1.2 相关工作 | 第20-24页 |
| 1.2.1 DOVIS2.0 | 第20-21页 |
| 1.2.2 使用GPU加速Autodock | 第21页 |
| 1.2.3 Autodock4.lga.MPI | 第21-22页 |
| 1.2.4 mp Auto Dock4 | 第22-23页 |
| 1.2.5 Auto DockC loud | 第23-24页 |
| 1.2.6 Launcher | 第24页 |
| 1.3 本文的主要工作及贡献 | 第24-25页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第25-27页 |
| 第二章 基于CPU多核的D3DOCKxb高效并行技术研究 | 第27-37页 |
| 2.1 D3DOCKxb程序分析 | 第27-28页 |
| 2.1.1 程序执行流程分析 | 第27页 |
| 2.1.2 程序热点分析 | 第27-28页 |
| 2.2 基于CPU多核的D3DOCKxb设计与实现 | 第28-32页 |
| 2.2.1 内存分配优化 | 第28-29页 |
| 2.2.2 文件读写优化 | 第29-30页 |
| 2.2.3 数据依赖优化 | 第30-31页 |
| 2.2.4 多线程优化 | 第31-32页 |
| 2.3 性能评估 | 第32-35页 |
| 2.3.1 实验平台和数据 | 第32页 |
| 2.3.2 内存分配及IO优化效果 | 第32-33页 |
| 2.3.3 加速效果 | 第33-35页 |
| 2.3.4 对接精确性分析 | 第35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 基于CPU-MIC协同的D3DOCKxb并行技术研究 | 第37-48页 |
| 3.1 基于Intel协处理器MIC的D~3DOCKxb移植 | 第37-41页 |
| 3.1.1 面向MIC程序运行方式的选择 | 第37-38页 |
| 3.1.2 适应编译器特性 | 第38页 |
| 3.1.3 并行域合并方法 | 第38-39页 |
| 3.1.4 MIC上内存复用策略 | 第39页 |
| 3.1.5 面向SIMD的向量化优化算法 | 第39-41页 |
| 3.2 CPU-MIC异构协同的mD3DOCKxb设计与实现 | 第41-42页 |
| 3.2.1 基于异步传输的CPU-MIC协同方案 | 第41页 |
| 3.2.2 基于任务独立的CPU-MIC协同方案 | 第41-42页 |
| 3.3 性能评估 | 第42-47页 |
| 3.3.1 实验平台和数据 | 第42页 |
| 3.3.2 offload模式VS native模式 | 第42-43页 |
| 3.3.3 单MIC卡加速效果 | 第43-46页 |
| 3.3.4 CPU-MIC协同加速效果 | 第46-47页 |
| 3.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 基于天河二号的大规模高通量药物虚拟筛选平台 | 第48-59页 |
| 4.1 高通量虚拟筛选主要挑战 | 第48-49页 |
| 4.1.1 IO挑战 | 第48页 |
| 4.1.2 通信挑战 | 第48-49页 |
| 4.2 高通量虚拟筛选算法设计与实现 | 第49-51页 |
| 4.2.1 总体架构 | 第49页 |
| 4.2.2 分段处理与多层控制算法 | 第49-50页 |
| 4.2.3 进程梯度休眠算法 | 第50页 |
| 4.2.4 文件操作优化 | 第50-51页 |
| 4.2.5 通信引擎可扩展性分析 | 第51页 |
| 4.3 性能评估 | 第51-55页 |
| 4.3.1 测试准备 | 第52页 |
| 4.3.2 单层主从模式可扩展性极限 | 第52页 |
| 4.3.3 梯度睡眠作用 | 第52-53页 |
| 4.3.4 强可扩展性VS弱可扩展性 | 第53-54页 |
| 4.3.5 IO和通信延迟 | 第54-55页 |
| 4.3.6 对接精确性分析 | 第55页 |
| 4.4 应用研究 | 第55-57页 |
| 4.4.1 目标 | 第55-56页 |
| 4.4.2 对接准备 | 第56页 |
| 4.4.3 结果收集 | 第56页 |
| 4.4.4 不同平台效率对比 | 第56-57页 |
| 4.4.5 埃博拉特效药物研发目前进展 | 第57页 |
| 4.5 本章小节 | 第57-59页 |
| 第五章 结束语 | 第59-61页 |
| 5.1 工作总结 | 第59-60页 |
| 5.2 研究展望 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第68页 |
| 发表的学术论文 | 第68页 |
| 申请的专利 | 第68页 |
| 学科竞赛 | 第68页 |
