| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 第一章 绪论 | 第7-10页 |
| 1.1 寡营养细菌 | 第7-8页 |
| 1.1.1 寡营养细菌的分离和培养 | 第7页 |
| 1.1.2 寡营养细菌的应用 | 第7-8页 |
| 1.2 离子束注入技术 | 第8页 |
| 1.3 比较基因组学 | 第8页 |
| 1.4 选题背景及意义 | 第8-10页 |
| 第二章 离子束注入微生物 | 第10-14页 |
| 2.1 基本原理 | 第10-12页 |
| 2.1.1 离子注入机 | 第10-11页 |
| 2.1.2 生物学效应 | 第11页 |
| 2.1.3 离子注入DNA的损伤和修复 | 第11-12页 |
| 2.2 技术特点 | 第12页 |
| 2.3 本章小结 | 第12-14页 |
| 第三章 DOB细菌的比较基因组学研究 | 第14-39页 |
| 3.1 DOB细菌基因组De novo测序及其基因数据分析 | 第14-19页 |
| 3.1.1 DNA测序技术 | 第14-15页 |
| 3.1.2 全基因组De nove测序 | 第15-16页 |
| 3.1.3 Glimmer和Prodigal方法 | 第16-17页 |
| 3.1.4 结果与讨论 | 第17-19页 |
| 3.2 单核苷酸多态性 | 第19-23页 |
| 3.2.1 Mummer方法 | 第19页 |
| 3.2.2 结果与讨论 | 第19-23页 |
| 3.3 基因组的共线性 | 第23-26页 |
| 3.3.1 Mummer和Mauve方法 | 第23页 |
| 3.3.2 结果与讨论 | 第23-26页 |
| 3.4 同源基因和基因家族 | 第26-29页 |
| 3.4.1 OrthoMCL方法 | 第26页 |
| 3.4.2 结果与讨论 | 第26-29页 |
| 3.5 直系同源簇（COG）注释 | 第29-32页 |
| 3.5.1 COG数据库与Perl和Python方法 | 第29页 |
| 3.5.2 结果与分析 | 第29-32页 |
| 3.6 基因组岛 | 第32-37页 |
| 3.6.1 Islandviewer方法 | 第32-33页 |
| 3.6.2 结果与分析 | 第33-37页 |
| 3.7 基因组进化与系统发育 | 第37-39页 |
| 3.7.1 Clustalw与MEGA方法 | 第37页 |
| 3.7.2 结果与分析 | 第37-39页 |
| 第四章 结论与建议 | 第39-41页 |
| 4.1 结论 | 第39-40页 |
| 4.2 建议 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-45页 |
| 附录 | 第45-47页 |
| 在读期间发表论文及参加学术会议 | 第47-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |