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基于茶树鲜叶离体失水转录组的CsSnRK2s和CsADC基因鉴定与功能分析

摘要第8-10页
Abstract第10-11页
缩略词表(Abbreviation)第12-13页
第一章 文献综述第13-27页
    1 植物应对非生物逆境胁迫的分子机理第13-15页
        1.1 胁迫的感知与信号转导第14页
        1.2 蛋白激酶的响应第14页
        1.3 转录因子的调控第14-15页
    2 ABA与非生物逆境胁迫第15-17页
        2.1 ABA依赖型响应非生物逆境胁迫信号网络第15-16页
        2.2 ABA不依赖型响应非生物逆境胁迫信号网络第16页
        2.3 ABA调控通路中的重要因子第16-17页
    3 植物SnRK蛋白激酶家族研究进展第17-22页
        3.1 植物SnRK1亚家族研究进展第18-19页
        3.2 植物SnRK2亚家族研究进展第19-22页
        3.3 植物SnRK3亚家族研究进展第22页
    4 转录因子ICE1第22-23页
    5 精氨酸脱羧酶基因ADC研究进展第23-24页
    6 茶树CsICE1、CsSnRK和CsADC研究进展第24-26页
        6.1 茶树CsICE1的研究进展第24-25页
        6.2 茶树CsSnRK的研究进展第25页
        6.3 茶树CsADC的研究进展第25-26页
    7 高通量测序技术在植物研究上的应用第26页
    8 问题的提出及研究思路第26-27页
第二章 鄂茶1号鲜叶离体失水的转录组分析第27-44页
    1 引言第27页
    2 材料与方法第27-32页
        2.1 试验材料第27页
            2.1.1 植物材料第27页
        2.2 试验方法第27-32页
            2.2.1 试验样品的制备及RNA提取第27-28页
            2.2.2 茶鲜叶离体失水过程中的含水量测定第28页
            2.2.3 茶鲜叶离体失水过程中POD活性的测定第28页
            2.2.4 高通量测序及Unigene组装拼接第28-29页
            2.2.5 转录本基因功能注释第29页
            2.2.6 qRT-PCR验证RNA-seq数据第29-32页
    3 结果与分析第32-43页
        3.1 茶鲜叶离体失水过程中的含水量变化第32页
        3.2 茶鲜叶离体失水过程中POD活性的变化第32-33页
        3.3 转录组测序原始数据分析第33-34页
        3.4 转录组数据组装及基因功能注释第34-36页
        3.5 GO注释第36页
        3.6 KOG注释第36-37页
        3.7 差异表达分析第37-38页
        3.8 差异基因KEGG富集分析第38-40页
        3.9 植物激素信号转导途径相关差异基因分析第40-41页
        3.10 qRT-PCR验证RNA-Seq数据第41-43页
    4 讨论与结论第43-44页
第三章 茶树蛋白激酶CsSnRK2s、CsADC的克隆及生物信息学分析第44-69页
    1 引言第44页
    2 材料与方法第44-51页
        2.1 试验材料第44-46页
            2.1.1 植物材料第44-45页
            2.1.2 菌株和载体材料第45页
            2.1.3 主要试剂及试剂盒第45页
            2.1.4 引物设计、合成及序列测定第45-46页
        2.2 试验方法第46-51页
            2.2.1 样品总RNA的提取第46-47页
            2.2.2 cDNA的制备第47-48页
            2.2.3 琼脂糖凝胶回收第48-49页
            2.2.4 连接转化第49-50页
            2.2.5 质粒回收第50-51页
            2.2.6 生物信息学分析第51页
    3 结果与分析第51-67页
        3.1 CsICE1、CsSnRK2s及CsADC的克隆第51-52页
            3.1.1 样品的RNA提取质量第51-52页
            3.1.2 CsICE1、CsSnRK2s与CsADC基因的克隆第52页
        3.2 CsICE1、CsSnRK2s和CsADC的生物信息学分析第52-67页
            3.2.1 CsICE1、CsSnRK2s及Cs ADC的理化性质分析第52-54页
            3.2.2 CsICE1、CsSnRK2s及Cs ADC的跨模性及疏水性预测分析第54-56页
            3.2.3 CsSnRK2s和CsADC的系统进化树分析第56-58页
            3.2.4 CsSnRK2.6 和CsADC的多序列比对分析第58-61页
            3.2.5 CsICE1、CsSnRK2s及Cs ADC的二级结构预测分析第61页
            3.2.6 CsICE1、CsSnRK2s及Cs ADC的结构域预测分析第61-63页
            3.2.7 CsICE1、CsSnRK2s及Cs ADC的磷酸化位点预测分析第63-65页
            3.2.8 CsICE1、CsSnRK2s及Cs ADC的结合位点预测分析第65页
            3.2.9 CsICE1、CsSnRK2s及CsADC的亚细胞定位预测分析第65-67页
    4 讨论与结论第67-69页
        4.1 CsSnRK2s、CsICE1和CsADC基因的克隆第67-68页
        4.2 结论第68-69页
第四章 蛋白互作分析第69-93页
    1 引言第69-70页
    2 材料与方法第70-80页
        2.1 试验材料第70-72页
            2.1.1 主要菌株第70页
            2.1.2 主要载体第70页
            2.1.3 主要试剂、试剂盒及工具酶第70-71页
            2.1.4 引物设计、合成及序列测定第71-72页
            2.1.5 仪器设备第72页
        2.2 试验方法第72-80页
            2.2.1 构建载体引物设计第72-73页
            2.2.2 主要载体的构建方法第73-75页
            2.2.3 酵母感受态细胞的制备第75-76页
            2.2.4 转化子的制备第76-77页
            2.2.5 自激活性检测第77-78页
            2.2.6 His检测蛋白互作第78-79页
            2.2.7 Ura检测蛋白互作第79页
            2.2.8 X-Gal显色检测蛋白互作第79-80页
    3 结果与分析第80-89页
        3.1 “诱饵”载体的构建第80-82页
            3.1.1 “诱饵”入门载体的构建第80-81页
            3.1.2 LR重组反应构建“诱饵”目标载体第81-82页
        3.2 “诱饵”载体的自激活性检测第82-83页
        3.3 “猎物”载体的构建第83-85页
            3.3.1 “猎物”入门载体的构建第83-84页
            3.3.2 LR重组反应构建“猎物”表达载体第84-85页
        3.4 蛋白互作分析第85-89页
            3.4.1 CsICE1与CsSnRK2.6 蛋白互作分析第85-87页
            3.4.2 CsICE1与CsADC蛋白互作分析第87-89页
    4 讨论与结论第89-93页
        4.1 “诱饵”载体自激活检测第89-90页
        4.2 CsICE1与CsSnRK2.6 的蛋白互作第90-91页
        4.3 CsICE1与CsADC的蛋白互作第91-92页
        4.4 结论第92-93页
第五章 不同品种茶树鲜叶离体失水荧光定量分析第93-100页
    1 引言第93页
    2 材料与方法第93-96页
        2.1 试验材料第93页
            2.1.1 植物材料第93页
        2.2 试验方法第93-96页
            2.2.1 试验样品的制备第93页
            2.2.2 样品总RNA的提取第93-95页
            2.2.3 cDNA的制备第95页
            2.2.4 荧光定量引物设计第95-96页
    3 结果与分析第96-99页
    4 讨论与结论第99-100页
附录 1:ADC与部分物种的多序列比对结果第100-101页
附录 2:基因测序分析比对图第101-108页
附录 3:学习期间取得的成果第108-109页
参考文献第109-120页
致谢第120页

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