| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪言 | 第7-30页 |
| 1 全基因组关联研究 | 第7-13页 |
| 1.1 常用基因作图方法 | 第8-9页 |
| 1.1.1 连锁分析 | 第8-9页 |
| 1.1.2 候选基因重测序研究 | 第9页 |
| 1.1.3 候选基因的关联性研究 | 第9页 |
| 1.2 GWAS的发展和研究 | 第9-13页 |
| 2 遗传力和遗传力缺失 | 第13-23页 |
| 2.1 遗传力的定义 | 第13-14页 |
| 2.2 估计遗传力 | 第14-17页 |
| 2.2.1 传统估计方法 | 第14-16页 |
| 2.2.2 常见的方差估计方法 | 第16-17页 |
| 2.3 遗传力缺失的可能原因 | 第17-21页 |
| 2.3.1 GWAS的局限性 | 第18-19页 |
| 2.3.2 性状的等位基因结构 | 第19-20页 |
| 2.3.3 结构性变异的使用 | 第20页 |
| 2.3.4 基因网络 | 第20页 |
| 2.3.5 其他因素 | 第20-21页 |
| 2.4 遗传力缺失的研究可行性 | 第21-23页 |
| 3 eQTL的研究发展 | 第23-28页 |
| 3.1 基因表达表型的研究背景 | 第23-24页 |
| 3.2 基因表达的调控 | 第24-26页 |
| 3.3 eQTL的研究意义 | 第26-28页 |
| 4 研究思路 | 第28-30页 |
| 4.1 立题依据 | 第28页 |
| 4.2 研究目的 | 第28-30页 |
| 第二章 酵母絮凝性状的遗传力分析 | 第30-48页 |
| 1 材料与方法 | 第30-42页 |
| 1.1 分类性状 | 第30-31页 |
| 1.2 酿酒酵母的絮凝性状 | 第31-32页 |
| 1.3 样本制备和数据收集 | 第32-33页 |
| 1.4 吉布斯抽样 | 第33-42页 |
| 1.4.1 背景介绍 | 第33-34页 |
| 1.4.2 混合线性模型 | 第34-36页 |
| 1.4.3 先验分布和联合后验分布 | 第36-37页 |
| 1.4.4 完全条件后验分布 | 第37页 |
| 1.4.5 抽样策略 | 第37-38页 |
| 1.4.6 收敛性判断 | 第38-42页 |
| 2 絮凝性状的遗传力估计 | 第42-47页 |
| 2.1 模拟数据分析 | 第42-45页 |
| 2.1.1 模拟策略 | 第42-43页 |
| 2.1.2 阈值模型中的Gibbs抽样 | 第43-44页 |
| 2.1.3 模拟数据的遗传力估计结果 | 第44-45页 |
| 2.2 实验数据分析 | 第45-47页 |
| 3 讨论 | 第47-48页 |
| 第三章 人类全基因组eQTL和基因表达水平的遗传力分析 | 第48-74页 |
| 1 材料与方法 | 第48-61页 |
| 1.1 基因表达数据和质量控制 | 第48-51页 |
| 1.1.1 基因表达水平的检测 | 第49页 |
| 1.1.2 基因表达水平的标准化 | 第49-51页 |
| 1.2 选择探针 | 第51-52页 |
| 1.2.1 目标序列的选择 | 第51页 |
| 1.2.2 探针筛选策略 | 第51-52页 |
| 1.3 基因型数据和质量控制 | 第52-53页 |
| 1.4 估计亲缘关系 | 第53页 |
| 1.5 约束最大似然估计 | 第53-56页 |
| 1.6 估计基因表达的遗传力 | 第56-57页 |
| 1.7 eQTL的研究分析 | 第57-61页 |
| 1.7.1 eQTL中的全基因组关联研究 | 第57-59页 |
| 1.7.2 eQTL的检验及遗传力估计 | 第59-61页 |
| 2 结果 | 第61-72页 |
| 2.1 群体结构和亲缘关系 | 第61-62页 |
| 2.2 基因表达水平的遗传力 | 第62-64页 |
| 2.3 eQTL的全基因组关联分析 | 第64-68页 |
| 2.4 eQTL遗传力 | 第68-69页 |
| 2.5 遗传力缺失 | 第69-72页 |
| 4 讨论 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-84页 |
| 附录 | 第84-104页 |
| 致谢 | 第104-105页 |