| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 第一章 文献研究 | 第13-26页 |
| 第一节 基因组规模代谢网络模型的简介 | 第13-17页 |
| 一、基因组规模代谢网络的概述 | 第13-14页 |
| 二、基因组代谢网络模型的研究现状和应用 | 第14-15页 |
| 三、大肠杆菌基因组规模代谢网络模型简介 | 第15-17页 |
| 第二节 基因组规模代谢网络模型的分析方法 | 第17-23页 |
| 一、代谢网络模型的编码语言 | 第17页 |
| 二、代谢模型分析的主要方法 | 第17页 |
| 三、本研究使用的主要模拟方法 | 第17-23页 |
| 第三节 合成生物学与代谢网络模型 | 第23-26页 |
| 一、合成生物学 | 第23页 |
| 二、代谢网络模型在代谢工程中的应用 | 第23-26页 |
| 第二章 基因组代谢网络模型的分析应用 | 第26-82页 |
| 第一节 大肠杆菌BL21(DE3)的代谢网络模型的基本模拟 | 第26-45页 |
| 一、实验材料 | 第26页 |
| 二、大肠杆菌BL21 (DE)模型下载 | 第26-27页 |
| 三、iB21_1397模型的基本参数 | 第27-28页 |
| 四、iB21_1397模型的可视化分析 | 第28-31页 |
| 五、以葡萄糖为碳源分析iB21_1397模型中的生长表型 | 第31-36页 |
| 六、以甘油为碳源分析iB21_1397模型中的生长表型 | 第36-38页 |
| 七、以NH_4~+为氮源分析iB21_1397模型中的生长表型 | 第38-40页 |
| 八、iB21_1397模型中葡萄糖对ATP产量的影响 | 第40-42页 |
| 九、iB21_1397模型的必需基因预测 | 第42-44页 |
| 十、讨论 | 第44-45页 |
| 第二节 重组大肠杆菌BL21(DE3)产羟基-L-脯氨酸的模拟研究 | 第45-65页 |
| 一、羟基-L-脯氨酸简介 | 第45页 |
| 二、羟基-L-脯氨酸的合成 | 第45页 |
| 三、修改iB21_1397模型 | 第45-46页 |
| 四、营养源稳健性分析 | 第46-50页 |
| 五、模拟数据与袁春伟等的文章实验数据的对比 | 第50-53页 |
| 六、FVA分析 | 第53-56页 |
| 七、必需基因检测 | 第56-57页 |
| 八、IdealKnock分析 | 第57-59页 |
| 九、OptKnock分析 | 第59-60页 |
| 十、GDLS分析 | 第60-61页 |
| 十一、讨论 | 第61-65页 |
| 第三节 重组大肠杆菌BL21(DE3)产葫芦巴碱的模拟研究 | 第65-82页 |
| 一、葫芦巴碱的简介 | 第65页 |
| 二、葫芦巴碱的合成 | 第65页 |
| 三、修改iB21_1397模型 | 第65-66页 |
| 四、可用营养源研究 | 第66-67页 |
| 五、营养源稳健性分析 | 第67-70页 |
| 六、FVA分析 | 第70-73页 |
| 七、必需基因检测 | 第73-74页 |
| 八、IdealKnock分析 | 第74-75页 |
| 九、OptKnock分析 | 第75-77页 |
| 十、GDLS分析 | 第77-78页 |
| 十一、讨论 | 第78-82页 |
| 第三章 实验研究 | 第82-105页 |
| 第一节 结合模拟结果对M9培养基的优化研究 | 第82-91页 |
| 一、实验材料 | 第82页 |
| 二、培养基优化 | 第82-83页 |
| 三、大肠杆菌BL21(DE3)在不同培养基上生长情况的研究 | 第83-90页 |
| 四、讨论 | 第90-91页 |
| 第二节 大肠杆菌重组合成葫芦巴碱合成酶的研究 | 第91-105页 |
| 一、实验材料 | 第91-93页 |
| 二、实验方法 | 第93-97页 |
| 三、实验结果 | 第97-103页 |
| 四、讨论 | 第103-105页 |
| 结语 | 第105-108页 |
| 参考文献 | 第108-112页 |
| 附录 | 第112-133页 |
| 在校期间发表论文情况 | 第133-134页 |
| 附件1 统计学处理合格证明 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
