| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 符号说明 | 第18-20页 |
| 0 引言 | 第20-21页 |
| 第一章 文献综述 | 第21-53页 |
| 1.1 植物病原菌群体遗传学的研究进展 | 第21-37页 |
| 1.1.1 植物病原菌群体遗传学研究意义 | 第21-22页 |
| 1.1.2 群体遗传学的基本概念 | 第22-23页 |
| 1.1.3 影响遗传多样性的进化因素 | 第23-27页 |
| 1.1.4 在病原菌遗传变异中利用的分子标记 | 第27-30页 |
| 1.1.5 微卫星标记在植物病原菌上的应用 | 第30-37页 |
| 1.2 水稻纹枯病菌群体遗传学研究进展 | 第37-43页 |
| 1.2.1 水稻纹枯病的发生和危害 | 第37页 |
| 1.2.2 水稻纹枯病的病原菌 | 第37-38页 |
| 1.2.3 水稻纹枯病的流行特征 | 第38-39页 |
| 1.2.4 水稻纹枯病菌的致病机制 | 第39-40页 |
| 1.2.5 水稻纹枯病的防治 | 第40-41页 |
| 1.2.6 分子标记在水稻纹枯病菌群体遗传结构中的应用 | 第41-43页 |
| 1.3 稻瘟病菌群体遗传学研究进展 | 第43-51页 |
| 1.3.1 稻瘟病的发生和危害 | 第43页 |
| 1.3.2 稻瘟病的症状 | 第43-44页 |
| 1.3.3 稻瘟病的病原菌 | 第44页 |
| 1.3.4 稻瘟病的侵染循环 | 第44页 |
| 1.3.5 稻瘟病菌的致病性 | 第44-46页 |
| 1.3.6 稻瘟病的防治 | 第46-48页 |
| 1.3.7 分子标记在稻瘟病菌群体遗传结构中的应用 | 第48-51页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第51-53页 |
| 第二章 水稻纹枯病菌多态性微卫星位点的筛选 | 第53-65页 |
| 前言 | 第53-54页 |
| 2.1 材料与方法 | 第54-60页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第54页 |
| 2.1.2 主要试剂和仪器设备 | 第54-56页 |
| 2.1.3 水稻纹枯病菌基因组DNA提取 | 第56页 |
| 2.1.4 基因组DNA酶切及回收纯化 | 第56页 |
| 2.1.5 酶切片段与接头连接 | 第56-57页 |
| 2.1.6 生物素标记探针与含微卫星DNA片段杂交 | 第57-58页 |
| 2.1.7 亲和捕捉微卫星DNA片段 | 第58页 |
| 2.1.8 富集微卫星DNA片段 | 第58页 |
| 2.1.9 克隆与连接转化 | 第58-59页 |
| 2.1.10 重组质粒的筛选 | 第59页 |
| 2.1.11 测序和引物设计 | 第59-60页 |
| 2.1.12 微卫星多态性的检验及分析 | 第60页 |
| 2.2 结果与分析 | 第60-63页 |
| 2.2.1 基因组DNA的酶切 | 第60-61页 |
| 2.2.2 含微卫星位点阳性克隆的筛选 | 第61页 |
| 2.2.3 微卫星DNA片段的序列 | 第61-63页 |
| 2.2.4 微卫星位点的多态性检测 | 第63页 |
| 2.3 讨论 | 第63-65页 |
| 2.3.1 微卫星位点筛选及其适用性分析 | 第63-64页 |
| 2.3.2 影响磁珠富集效率的关键因素 | 第64页 |
| 2.3.3 阳性克隆的鉴定和测序 | 第64-65页 |
| 第三章 基于微卫星标记的中国南方水稻纹枯病菌群体遗传结构研究 | 第65-82页 |
| 前言 | 第65-66页 |
| 3.1 材料与方法 | 第66-71页 |
| 3.1.1 样品的采集 | 第66-67页 |
| 3.1.2 主要试剂和仪器设备 | 第67页 |
| 3.1.3 水稻纹枯病菌的分离与鉴定 | 第67-68页 |
| 3.1.4 基因组DNA的提取 | 第68页 |
| 3.1.5 SSR荧光标记引物的合成 | 第68页 |
| 3.1.6 PCR扩增 | 第68-69页 |
| 3.1.7 电泳检测及基因分型 | 第69页 |
| 3.1.8 数据统计与分析 | 第69-71页 |
| 3.2 结果与分析 | 第71-79页 |
| 3.2.1 水稻纹枯病菌的融合群鉴定 | 第71页 |
| 3.2.2 微卫星位点的遗传变异 | 第71-73页 |
| 3.2.3 遗传多样性分析 | 第73-74页 |
| 3.2.4 Hardy-Weinberg平衡检测 | 第74-75页 |
| 3.2.5 群体间的遗传分化和基因交流 | 第75-76页 |
| 3.2.6 分子方差分析 | 第76页 |
| 3.2.7 群体间的遗传距离和聚类分析 | 第76-78页 |
| 3.2.8 遗传结构分析 | 第78-79页 |
| 3.3 讨论 | 第79-82页 |
| 3.3.1 中国南方水稻纹枯病菌群体的遗传多样性 | 第79页 |
| 3.3.2 中国南方水稻纹枯病菌群体的Hardy-Weinberg平衡 | 第79-80页 |
| 3.3.3 中国南方水稻纹枯病菌群体的遗传分化 | 第80页 |
| 3.3.4 中国南方水稻纹枯病菌群体空间遗传结构 | 第80页 |
| 3.3.5 基于水稻纹枯病菌群体遗传特性的防治策略 | 第80-82页 |
| 第四章 中国南方水稻纹枯病菌群体致病力分化研究 | 第82-89页 |
| 前言 | 第82-83页 |
| 4.1 材料与方法 | 第83-84页 |
| 4.1.1 供试水稻品种 | 第83页 |
| 4.1.2 供试水稻纹枯病菌 | 第83页 |
| 4.1.3 水稻纹枯病菌的致病力测定 | 第83页 |
| 4.1.4 鉴别品种抗性鉴定的划分标准 | 第83页 |
| 4.1.5 数据统计与分析 | 第83-84页 |
| 4.2 结果与分析 | 第84-88页 |
| 4.2.1 水稻纹枯病菌的致病力差异 | 第84-85页 |
| 4.2.2 鉴别品种对水稻纹枯病菌的抗感反应 | 第85-86页 |
| 4.2.3 水稻纹枯病菌致病力的聚类判别分析 | 第86-87页 |
| 4.2.4 水稻纹枯病菌致病力分化与地理区域的关系 | 第87-88页 |
| 4.3 讨论 | 第88-89页 |
| 4.3.1 中国南方水稻纹枯病菌存在一定程度的致病力分化 | 第88页 |
| 4.3.2 水稻纹枯病菌致病力分化的划分方法 | 第88-89页 |
| 第五章 基于ITS序列分析的中国南方水稻纹枯病菌群体遗传结构研究 | 第89-98页 |
| 前言 | 第89-90页 |
| 5.1 材料与方法 | 第90-91页 |
| 5.1.1 供试水稻纹枯病菌 | 第90页 |
| 5.1.2 ITS-5.8S rDNA序列的扩增 | 第90页 |
| 5.1.3 ITS-5.8S rDNA序列的测序 | 第90页 |
| 5.1.4 数据分析 | 第90-91页 |
| 5.2 结果与分析 | 第91-96页 |
| 5.2.1 ITS-5.8S rDNA序列多样性 | 第91-92页 |
| 5.2.2 水稻纹枯病菌群体的遗传结构分析 | 第92-93页 |
| 5.2.3 水稻纹枯病菌群体间的遗传分化 | 第93-94页 |
| 5.2.4 ITS-5.8S rDNA序列单倍型的系统发育 | 第94-96页 |
| 5.3 讨论 | 第96-98页 |
| 5.3.1 中国南方水稻纹枯病菌群体的遗传多样性 | 第96-97页 |
| 5.3.2 中国南方水稻纹枯病菌群体的遗传分化 | 第97页 |
| 5.3.3 中国南方水稻纹枯病菌群体的繁殖方式 | 第97-98页 |
| 第六章 基于微卫星标记的中国南方稻瘟病菌群体遗传结构研究 | 第98-113页 |
| 前言 | 第98-99页 |
| 6.1 材料与方法 | 第99-103页 |
| 6.1.1 样品的采集 | 第99-100页 |
| 6.1.2 主要试剂和仪器设备 | 第100-101页 |
| 6.1.3 稻瘟病菌的分离 | 第101页 |
| 6.1.4 基因组DNA的提取 | 第101页 |
| 6.1.5 SSR荧光标记引物的合成 | 第101-102页 |
| 6.1.6 PCR扩增 | 第102页 |
| 6.1.7 电泳检测及基因分型 | 第102页 |
| 6.1.8 数据统计与分析 | 第102-103页 |
| 6.2 结果与分析 | 第103-109页 |
| 6.2.1 微卫星位点的遗传变异 | 第103-105页 |
| 6.2.2 遗传多样性分析 | 第105页 |
| 6.2.3 Hardy-Weinberg遗传平衡检测 | 第105-106页 |
| 6.2.4 群体间的遗传分化和基因交流 | 第106-107页 |
| 6.2.5 分子方差分析 | 第107页 |
| 6.2.6 群体间的遗传距离和聚类分析 | 第107-109页 |
| 6.2.7 遗传结构分析 | 第109页 |
| 6.3 讨论 | 第109-113页 |
| 6.3.1 中国南方稻瘟病菌群体的遗传多态性水平 | 第109-110页 |
| 6.3.2 中国南方稻瘟病菌群体的繁殖方式 | 第110页 |
| 6.3.3 中国南方稻瘟病菌群体的遗传分化及基因流 | 第110-111页 |
| 6.3.4 中国南方稻瘟病菌群体遗传变异的空间分布特征 | 第111-112页 |
| 6.3.5 基于稻瘟病菌群体遗传特性的防治策略 | 第112-113页 |
| 第七章 中国南方稻瘟病菌群体致病力变异研究 | 第113-119页 |
| 前言 | 第113页 |
| 7.1 材料与方法 | 第113-115页 |
| 7.1.1 供试的稻瘟病菌 | 第113页 |
| 7.1.2 水稻鉴别品种 | 第113页 |
| 7.1.3 接种体 | 第113-114页 |
| 7.1.4 致病性测定 | 第114页 |
| 7.1.5 生理小种的划分 | 第114页 |
| 7.1.6 无毒基因引物设计及PCR扩增 | 第114-115页 |
| 7.2 结果与分析 | 第115-117页 |
| 7.2.1 稻瘟病菌生理小种的鉴定 | 第115-116页 |
| 7.2.2 稻瘟病菌无毒基因组成与分布 | 第116-117页 |
| 7.3 讨论 | 第117-119页 |
| 7.3.1 中国南方稻瘟病菌生理小种的分布 | 第117页 |
| 7.3.2 中国南方稻瘟病菌无毒基因的分布 | 第117-119页 |
| 第八章 全文结论 | 第119-122页 |
| 8.1 研究结论 | 第119-121页 |
| 8.1.1 开发了适用于水稻纹枯病菌的微卫星标记 | 第119页 |
| 8.1.2 揭示了中国南方水稻纹枯病菌群体的遗传变异 | 第119页 |
| 8.1.3 明确了中国南方水稻纹枯病菌群体的致病力分化 | 第119页 |
| 8.1.4 揭示了中国南方稻瘟病菌群体的遗传变异水平 | 第119-120页 |
| 8.1.5 揭示了中国南方稻瘟病菌群体的致病力分化 | 第120页 |
| 8.1.6 证实了水稻纹枯病菌和稻瘟病菌的扩散传播方式存在差异 | 第120页 |
| 8.1.7 水稻纹枯病菌和稻瘟病菌遗传重组的分子证据 | 第120页 |
| 8.1.8 明确了地理隔离对水稻纹枯病菌和稻瘟病菌遗传变异的影响 | 第120-121页 |
| 8.1.9 制定基于群体遗传学的病害防治策略 | 第121页 |
| 8.2 创新点 | 第121页 |
| 8.3 问题与展望 | 第121-122页 |
| 参考文献 | 第122-134页 |
| 附录 | 第134-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
| 博士研究生期间发表的论文 | 第140-141页 |
