| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 图表清单 | 第10-12页 |
| 缩写词 | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-36页 |
| ·引言 | 第14-15页 |
| ·根瘤菌-豆科植物共生体系的建立过程 | 第15-19页 |
| ·根瘤菌多样性研究进展 | 第19-22页 |
| ·根瘤菌表型多样性研究 | 第19-20页 |
| ·根瘤菌遗传多样性研究 | 第20-21页 |
| ·根瘤菌共生多样性研究 | 第21-22页 |
| ·根瘤菌多样性研究展望 | 第22页 |
| ·根瘤菌进化历史的研究 | 第22-27页 |
| ·生物进化的基本概念 | 第22-23页 |
| ·进化机制 | 第23-24页 |
| ·根瘤菌的进化 | 第24-25页 |
| ·基于基因组和比较基因组学研究根瘤菌进化历史 | 第25-27页 |
| ·宏基因组学方法在微生物多样性研究上的应用与进展 | 第27-31页 |
| ·宏基因组学概念的提出 | 第27-28页 |
| ·基于宏基因组学的微生物生态学研究方法 | 第28-29页 |
| ·宏基因组学的研究过程 | 第29-30页 |
| ·宏基因组学的应用 | 第30-31页 |
| ·大豆接种根瘤菌剂的研究进展 | 第31-33页 |
| ·接种根瘤菌剂的必要性 | 第31-32页 |
| ·影响大豆根瘤菌剂有效性的因素 | 第32-33页 |
| ·立题依据及目的 | 第33-35页 |
| ·技术路线 | 第35页 |
| ·项目资助 | 第35-36页 |
| 第二章 大豆快生根瘤菌共生基因的遗传分化 | 第36-78页 |
| ·实验材料 | 第36-39页 |
| ·供试菌株的分离信息 | 第36-39页 |
| ·培养基 | 第39页 |
| ·分析方法 | 第39-47页 |
| ·根瘤菌DNA的提取 | 第39-40页 |
| ·核心基因与共生基因PCR扩增及测序 | 第40-41页 |
| ·PCR简并引物设计 | 第41-44页 |
| ·核苷酸序列分析 | 第44页 |
| ·系统发育学分析 | 第44-45页 |
| ·各基因序列多态性分析 | 第45页 |
| ·遗传分化及基因流 | 第45页 |
| ·Structure分析 | 第45-46页 |
| ·基因重组事件分析 | 第46-47页 |
| ·重组断点RDP分析 | 第47页 |
| ·基于McDonald-Kreitman(MK)中性检验的分子水平自然选择 | 第47页 |
| ·结果与分析 | 第47-73页 |
| ·持家基因thrA系统发育分析 | 第47-49页 |
| ·三个持家基因(SMc00019,truA,thrA)系统发育分析 | 第49页 |
| ·三个复制子共生基因系统发育分析 | 第49-57页 |
| ·不同基因核酸多态性的研究 | 第57-58页 |
| ·基因流与遗传分化分析 | 第58-61页 |
| ·种群结构分析 | 第61-63页 |
| ·Sinorhizobium种群进化过程中的重组事件 | 第63-67页 |
| ·核心基因与共生基因最大似然树SH检验结果 | 第67-68页 |
| ·基因重组断点的研究 | 第68-70页 |
| ·分子水平的自然选择 | 第70-73页 |
| ·讨论 | 第73-78页 |
| ·与大豆共生结瘤的Sinorhizobium划分为五个种群 | 第73-74页 |
| ·依赖于复制子的共生基因的进化 | 第74-78页 |
| 第三章 快慢生根瘤菌对土壤微生物的影响比较 | 第78-114页 |
| ·材料和方法 | 第78-86页 |
| ·大豆品种及菌株 | 第78页 |
| ·培养基和试剂 | 第78-79页 |
| ·试验田接种实验 | 第79页 |
| ·小区采样 | 第79-80页 |
| ·土壤总DNA的提取 | 第80-81页 |
| ·土壤DNA rpoB基因的扩增 | 第81页 |
| ·根瘤菌占瘤率测定 | 第81-83页 |
| ·环境微生物群落多样性分析 | 第83-86页 |
| ·结果 | 第86-108页 |
| ·土壤DNA提取结果 | 第86-87页 |
| ·rpoB基因的扩增 | 第87页 |
| ·开花初期瘤数统计及根瘤中根瘤菌的分离 | 第87-89页 |
| ·土壤环境因子指标测定 | 第89-92页 |
| ·α-多样性分析 | 第92-101页 |
| ·β-多样性分析 | 第101-106页 |
| ·土壤与根瘤中的根瘤菌属与模式菌定种结果 | 第106-108页 |
| ·分析与讨论 | 第108-114页 |
| 结论与展望 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-132页 |
| 致谢 | 第132-134页 |
| 附录 | 第134-150页 |
| 个人简历 | 第150页 |
