| 摘要 | 第1-12页 |
| Abstract | 第12-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-41页 |
| 1 功能基因组学及其研究方法 | 第16-26页 |
| ·功能基因组学简介 | 第16页 |
| ·表达序列标签在功能基因组学中的应用 | 第16-17页 |
| ·全基因组表达谱分析技术在功能基因组学中的应用 | 第17-21页 |
| ·基因表达谱芯片实验设计 | 第17-18页 |
| ·基因表达谱芯片实验流程 | 第18-21页 |
| ·RNA-seq技术在功能基因组学中的应用 | 第21-26页 |
| ·RNA-seq技术的实验流程 | 第21-24页 |
| ·RNA-seq与微阵列分析技术的比较 | 第24-26页 |
| 2 长雄野生稻地下茎与耐冷性状研究进展 | 第26-39页 |
| ·长雄野生稻地下茎与耐冷性状研究意义 | 第26-27页 |
| ·长雄野生稻地下茎发生发育研究进展 | 第27-34页 |
| ·地下茎概述 | 第27-28页 |
| ·植物分枝发育的遗传控制 | 第28-33页 |
| ·长雄野生稻地下茎发生发育研究进展 | 第33-34页 |
| ·水稻冷胁迫相关信号机制研究进展 | 第34-39页 |
| ·植物冷胁迫相关信号机制 | 第34-38页 |
| ·水稻耐冷性研究进展 | 第38-39页 |
| 3 本论文研究主要目的和意义 | 第39-41页 |
| 第二章 长雄野生稻地下茎茎尖均一化cDNA文库ESTs分析 | 第41-64页 |
| 1 前言 | 第41页 |
| 2 材料和方法 | 第41-44页 |
| ·植物材料和cDNA文库构建 | 第41-42页 |
| ·测序以及测序数据组装 | 第42页 |
| ·EST序列的比较分析 | 第42页 |
| ·将ESTs定位到地下茎相关QTLs上 | 第42页 |
| ·实时荧光定量PCR和组织原位杂交分析 | 第42-44页 |
| 3 结果和讨论 | 第44-63页 |
| ·ESTs序列分析 | 第44页 |
| ·非重复序列在水稻基因组定位分析 | 第44-45页 |
| ·ESTs的功能分类 | 第45-46页 |
| ·长雄野生稻基因的可变剪接形式 | 第46页 |
| ·SSR分析 | 第46页 |
| ·非重复序列与水稻和高粱中地下茎相关QTLs共定位分析 | 第46-62页 |
| ·OLRR1的原位表达分析 | 第62-63页 |
| 4 小结 | 第63-64页 |
| 第三章 拟高粱组织特异性异源芯片表达谱分析 | 第64-87页 |
| 1 前言 | 第64页 |
| 2 材料和方法 | 第64-67页 |
| ·植物材料和总RNA提取 | 第64页 |
| ·芯片杂交 | 第64-65页 |
| ·数据分析 | 第65页 |
| ·聚类分析、功能分类和顺式调控元件分析 | 第65页 |
| ·实时荧光定量PCR分析和组织原位杂交分析 | 第65-67页 |
| 3 结果 | 第67-83页 |
| ·拟高粱cDNA杂交水稻芯片 | 第67页 |
| ·拟高粱组织高水平表达基因的鉴定 | 第67-69页 |
| ·组织高水平表达基因的顺式调控元件分析 | 第69-70页 |
| ·地下茎特异高表达基因与地下茎相关QTLs共定位分析 | 第70页 |
| ·组织高水平表达基因的实时荧光定量PCR和组织原位杂交验证 | 第70-72页 |
| ·长雄野生稻和拟高粱地下茎高水平表达基因的比较分析 | 第72-83页 |
| 4 讨论 | 第83-85页 |
| 5 小结 | 第85-87页 |
| 第四章 拟高粱地下茎、地上茎比较转录组学分析 | 第87-108页 |
| 1 前言 | 第87页 |
| 2 材料和方法 | 第87-90页 |
| ·植物材料和总RNA提取 | 第87页 |
| ·RNA测序和序列读长定位到高粱基因组 | 第87-88页 |
| ·功能注释和顺式调控元件分析 | 第88页 |
| ·实时荧光定量PCR验证 | 第88-90页 |
| 3 结果与讨论 | 第90-106页 |
| ·拟高粱转录组的RNA深度测序 | 第90-91页 |
| ·地上茎和地下茎差异表达基因分析 | 第91-95页 |
| ·地上茎和地下茎特异表达基因的顺式调控元件分析 | 第95页 |
| ·地下茎和地上茎中差异表达的转录因子 | 第95-97页 |
| ·RNA测序数据的可变剪接鉴定 | 第97-99页 |
| ·高粱的地下茎特异或高水平表达基因比较分析 | 第99页 |
| ·地下茎特异和高水平表达基因与拟高粱地下茎相关QTLs共定位 | 第99-103页 |
| ·长雄野生稻和拟高粱地下茎高水平表达基因的比较分析 | 第103-106页 |
| 4 小结 | 第106-108页 |
| 第五章 LTH和IR29冷胁迫比较转录组学分析 | 第108-127页 |
| 1 前言 | 第108页 |
| 2 材料和方法 | 第108-110页 |
| ·植物材料和冷处理 | 第108页 |
| ·生理指标测定 | 第108-109页 |
| ·芯片杂交和数据分析 | 第109页 |
| ·功能分类和顺式调控元件分析 | 第109-110页 |
| ·实时荧光定量PCR分析 | 第110页 |
| 3 结果与讨论 | 第110-126页 |
| ·LTH和IR29在冷胁迫下的表型和生理指标分析 | 第110-112页 |
| ·LTH和IR29在冷胁迫下的全基因组表达谱分析 | 第112-113页 |
| ·LTH和IR29中基因组成型差异表达谱 | 第113-115页 |
| ·LTH和IR29冷胁迫比较转录组分析 | 第115页 |
| ·冷胁迫时LTH和IR29中早期反应基因 | 第115-118页 |
| ·冷胁迫时LTH和IR29中晚期反应基因 | 第118-119页 |
| ·LTH和IR29冷胁迫后恢复条件下的转录组学分析 | 第119-120页 |
| ·冷胁迫时LTH和IR29中转录因子分析 | 第120-123页 |
| ·冷胁迫早期反应和晚期反应阶段上调表达基因的顺式调控元件分析 | 第123页 |
| ·差异表达基因与冷胁迫相关QTLs的共定位 | 第123-126页 |
| 4 小结 | 第126-127页 |
| 第六章 长雄野生稻冷胁迫转录组分析 | 第127-144页 |
| 1 前言 | 第127页 |
| 2 材料与方法 | 第127-128页 |
| ·植物材料和冷处理 | 第127-128页 |
| ·RNA文库构建、测序与数据分析 | 第128页 |
| ·功能注释和顺式调控元件分析 | 第128页 |
| 3 结果与讨论 | 第128-143页 |
| ·长雄野生稻转录组的RNA深度测序 | 第128-130页 |
| ·冷胁迫时地上茎和地下茎差异表达基因分析 | 第130-133页 |
| ·地上茎和地下茎冷胁迫上调表达基因顺式调控元件分析 | 第133-134页 |
| ·地上茎和地下茎RNA测序数据的可变剪接、新转录本和融合基因鉴定 | 第134-137页 |
| ·地上茎和地下茎冷胁迫诱导表达基因与冷胁迫相关QTLs共定位 | 第137页 |
| ·长雄野生稻、LTH和IR29冷胁迫全基因组表达谱比较分析 | 第137-143页 |
| 4 小结 | 第143-144页 |
| 全文结论 | 第144-146页 |
| 参考文献 | 第146-176页 |
| 在读期间发表及待发表的论文 | 第176-177页 |
| 致谢 | 第177-178页 |
