甲型流感病毒M2质子通道质子传导机理的分子动力学模拟
| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-24页 |
| ·流感病毒概述 | 第14-20页 |
| ·甲型流感病毒的结构 | 第15-18页 |
| ·甲型流感病毒的复制循环 | 第18-19页 |
| ·甲型流感病毒的药物研究进展 | 第19-20页 |
| ·甲型流感病毒中M2概况 | 第20-22页 |
| ·甲型流感病毒中M2蛋白的结构与功能 | 第21-22页 |
| ·甲型流感病毒M2蛋白的质子传递机理 | 第22页 |
| ·本章小结 | 第22-24页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第24-41页 |
| ·计算机模拟概述 | 第24-27页 |
| ·量化计算的简要介绍 | 第25-27页 |
| ·分子动力学方法 | 第27-29页 |
| ·分子动力学简要介绍 | 第27-28页 |
| ·分子动力学模拟基本理论 | 第28-29页 |
| ·分子动力学模拟中的分子力场 | 第29-33页 |
| ·分子力场简介及表达方式 | 第29-30页 |
| ·分子力场的选择 | 第30-33页 |
| ·牛顿运动方程的数值求解 | 第33-34页 |
| ·分子动力学计算流程 | 第34-35页 |
| ·分子动力学模拟的初始化 | 第35-37页 |
| ·构象初始化 | 第36页 |
| ·速度初始化 | 第36-37页 |
| ·分子动力学的结果分析 | 第37-39页 |
| ·轨迹分析 | 第37页 |
| ·自由能的计算 | 第37-39页 |
| ·生物大分子体系处理常用的分子动力学模拟软件 | 第39-40页 |
| ·本章小结 | 第40-41页 |
| 第三章 实验操作 | 第41-46页 |
| ·实验材料的选择 | 第41-43页 |
| ·M2蛋白的来源 | 第41-42页 |
| ·细胞膜的选择 | 第42-43页 |
| ·M2蛋白的预处理 | 第43-44页 |
| ·初始蛋白的准备 | 第43-44页 |
| ·脂质双分子层的准备 | 第44页 |
| ·体系浸入溶剂 | 第44页 |
| ·模拟细节 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第四章 结果分析与讨论 | 第46-55页 |
| ·构象结构分析 | 第46-48页 |
| ·通道半径分析 | 第48-50页 |
| ·通道内水分子密度分布 | 第50-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第五章 全文总结 | 第55-57页 |
| ·主要工作 | 第55-56页 |
| ·后续工作 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第66页 |
