| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-14页 |
| §1.1 课题背景 | 第11-12页 |
| §1.2 主要研究机构 | 第12页 |
| §1.3 本课题主要研究内容 | 第12-13页 |
| §1.4 论文结构 | 第13-14页 |
| 第二章 miRNA和课题相关知识介绍 | 第14-32页 |
| §2.1 miRNA的生成和成熟 | 第14-15页 |
| §2.2 miRNA的作用机制 | 第15-16页 |
| §2.3 miRNA的注册 | 第16-17页 |
| §2.4 与miRNA相关的主要关数据库 | 第17-20页 |
| ·miRBase | 第17-18页 |
| ·TarBase | 第18-19页 |
| ·Gene Ontology(GO) | 第19-20页 |
| §2.5 Markov链 | 第20-21页 |
| §2.6 miRNA靶标预测研究现状 | 第21-31页 |
| ·TargetScan和TargetScanS | 第24-25页 |
| ·miRanda | 第25-27页 |
| ·PicTar | 第27-28页 |
| ·rna22 | 第28-29页 |
| ·靶标基因表达与miRNA表达的关系 | 第29页 |
| ·几个主流算法的比较 | 第29-31页 |
| §2.7 小结 | 第31-32页 |
| 第三章 fix-microRNA算法 | 第32-42页 |
| §3.1 fix-microRNA算法描述 | 第32-34页 |
| §3.2 动态算法 | 第34-35页 |
| §3.3 种子筛选 | 第35-36页 |
| §3.4 miRNA3'端自由能筛选 | 第36-38页 |
| §3.5 G:U筛选 | 第38-39页 |
| §3.6 保守性筛选 | 第39-41页 |
| ·FastCompare | 第39-41页 |
| ·运用FastCompare计算候选靶标的保守分数 | 第41页 |
| §3.7 小结 | 第41-42页 |
| 第四章 结果分析及方法评估 | 第42-57页 |
| §4.1 fix-microRNA对TarBase部分数据的测试结果 | 第42-47页 |
| ·数据来源 | 第42页 |
| ·fix-microRNA与miRanda的比较 | 第42-44页 |
| ·miRNA5'端位点2对miRNA3'区域在靶标预测中的作用的影响 | 第44-45页 |
| ·fix-microRNA对各miRNA的重要性有预测作用 | 第45-46页 |
| ·用真实靶标数据对fix-microRNA的评估结果 | 第46-47页 |
| §4.2 信噪比分析 | 第47-53页 |
| ·已有的混洗策略 | 第47页 |
| ·本文的混洗策略 | 第47-48页 |
| ·验证数据的来源 | 第48页 |
| ·各参数对fix-microRNA预测miRNA靶标的效果 | 第48-53页 |
| §4.3 3'UTR的长度与其被命中的次数 | 第53-54页 |
| §4.4 Gene Ontology分析 | 第54-55页 |
| §4.3 小结 | 第55-57页 |
| 第五章 结论 | 第57-59页 |
| §5.1 工作总结 | 第57页 |
| §5.2 未来工作展望 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 攻读硕士期间发表论文 | 第65页 |
