| 中文摘要 | 第1-8页 |
| 英文摘要 | 第8-10页 |
| 引言 | 第10-13页 |
| 1 文献综述 | 第13-22页 |
| 1．1 EST技术及其应用 | 第13-20页 |
| 1．1．1 EST技术的形成 | 第13-14页 |
| 1．1．2 EST技术的原理和方法 | 第14-15页 |
| 1．1．3 EST技术的应用 | 第15-19页 |
| 1．1．3．1 构建遗传学图谱 | 第15-16页 |
| 1．1．3．2 分离与鉴定新基因 | 第16-17页 |
| 1．1．3．3 基因表达谱的研究 | 第17-18页 |
| 1．1．3．4 比较基因组学研究 | 第18-19页 |
| 1．1．3．5 用于制备DNA芯片 | 第19页 |
| 1．1．4 小结 | 第19-20页 |
| 1．2 生物信息学在EST技术中的应用 | 第20-22页 |
| 1．2．1 生物信息学 | 第20页 |
| 1．2．2 EST数据库 | 第20-21页 |
| 1．2．3 EST序列分析软件 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-30页 |
| 2．1 实验材料 | 第22-24页 |
| 2．1．1 水稻茎cDNA文库 | 第22页 |
| 2．1．2 水稻材料 | 第22-23页 |
| 2．1．3 酶、主要试剂及部分实验器材 | 第23-24页 |
| 2．2 96孔板大量质粒抽提和纯化 | 第24-25页 |
| 2．2．1 细菌培养 | 第24页 |
| 2．2．2 质粒抽提 | 第24-25页 |
| 2．3 cDNA序列测定 | 第25页 |
| 2．4 生物信息学分析 | 第25-26页 |
| 2．4．1 序列编辑 | 第25-26页 |
| 2．4．2 序列格式转化及GenBank数据库提交17 | 第26页 |
| 2．4．3 序列同一性分析及Cluster归类 | 第26页 |
| 2．4．4 茎Unique genes数据库的构建 | 第26页 |
| 2．5 总RNA的抽提 | 第26-27页 |
| 2．6 探针的同位素标记 | 第27页 |
| 2．7 RNA微阵列杂交膜制备 | 第27-28页 |
| 2．8 RNA微阵列杂交和数据分析 | 第28-30页 |
| 2．8．1 预杂交 | 第28页 |
| 2．8．2 杂交 | 第28页 |
| 2．8．3 洗膜 | 第28页 |
| 2．8．4 RNA微阵列杂交数据分析 | 第28-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-54页 |
| 3．1 大规模质粒提取纯化及测序结果概况 | 第30页 |
| 3．2 序列提交 | 第30页 |
| 3．3 序列同一性分析及Cluster归类 | 第30-33页 |
| 3．4 基因表达丰度分析 | 第33-34页 |
| 3．5 与NCBI水稻数据库Blast n查询结果 | 第34-36页 |
| 3．6 对已知功能和具有推测功能的EST分析 | 第36-39页 |
| 3．7 高丰度表达中已知功能基因分析 | 第39-48页 |
| 3．7．1 光合作用相关基因 | 第39页 |
| 3．7．2 细胞骨架蛋白基因 | 第39-40页 |
| 3．7．3 逆境反应相关基因 | 第40-43页 |
| 3．7．3．1 苯丙氨酸解氨酶 | 第40-41页 |
| 3．7．3．2 细胞壁蛋白基因 | 第41-42页 |
| 3．7．3．3 脱落酸和逆境诱导蛋白 | 第42页 |
| 3．7．3．4 脂类转运蛋白 | 第42-43页 |
| 3．7．4 信号转导相关基因 | 第43页 |
| 3．7．5 转录和翻译相关基因 | 第43-46页 |
| 3．7．5．1 高度移动性群体蛋白 | 第43页 |
| 3．7．5．2 翻译起始因子 | 第43-44页 |
| 3．7．5．3 伸长因子 | 第44页 |
| 3．7．5．4 核糖体蛋白 | 第44-45页 |
| 3．7．5．5 遍在蛋白 | 第45-46页 |
| 3．7．6 核基因组 | 第46页 |
| 3．7．7 糖代谢基因 | 第46-48页 |
| 3．8 RNA微阵列杂交结果分析 | 第48-54页 |
| 3．8．1 RNA微阵列数据的可靠性和重现性分析 | 第48-49页 |
| 3．8．2 基因表达变化总体趋势 | 第49-51页 |
| 3．8．3 茎组织中基因表达情况 | 第51-54页 |
| 4 讨论 | 第54-58页 |
| 4．1 EST测序、cDNA文库和处理方法的探讨 | 第54页 |
| 4．2 水稻茎组织基因表达谱 | 第54-55页 |
| 4．3 茎组织特异性高表达基因分析 | 第55-58页 |
| 参考文献 | 第58-64页 |
| 致谢 | 第64页 |
