向日葵—锈菌互作的转录组分析及抗病基因的挖掘
| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 1 引言 | 第9-13页 |
| 1.1 向日葵锈病研究概述 | 第9-10页 |
| 1.1.1 向日葵锈病的分布与危害 | 第9页 |
| 1.1.2 向日葵锈病病原菌 | 第9页 |
| 1.1.3 向日葵锈病的防治 | 第9-10页 |
| 1.2 植物与病原菌的互作研究 | 第10-11页 |
| 1.2.1 植物抗病性反应 | 第10-11页 |
| 1.2.2 植物与病原菌互作的分子机制 | 第11页 |
| 1.2.3 植物抗病基因 | 第11页 |
| 1.3 转录组学研究与第二代测序技术 | 第11-12页 |
| 1.3.1 转录组测序的研究及应用 | 第11-12页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第12页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第12-13页 |
| 2 向日葵-锈菌互作的转录组学研究 | 第13-27页 |
| 2.1 试验材料 | 第13-14页 |
| 2.1.1 供试菌种及繁殖材料 | 第13页 |
| 2.1.2 所用试剂 | 第13页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第13-14页 |
| 2.1.4 所用耗材 | 第14页 |
| 2.1.5 主要生物数据库 | 第14页 |
| 2.2 试验方法 | 第14-19页 |
| 2.2.1 植物材料与处理 | 第14页 |
| 2.2.2 向日葵叶片总RNA提取与质量检测 | 第14-15页 |
| 2.2.3 总RNA的纯化及检测 | 第15页 |
| 2.2.4 样品制备与质量检验 | 第15-17页 |
| 2.2.5 数据处理与分析 | 第17-19页 |
| 2.3 试验结果 | 第19-25页 |
| 2.3.1 RNA质量分析 | 第19-20页 |
| 2.3.2 RNA-seq测序结果质量评价 | 第20-21页 |
| 2.3.3 序列比对结果 | 第21-22页 |
| 2.3.4 转录本组装结果 | 第22-24页 |
| 2.3.5 表达量分析结果 | 第24-25页 |
| 2.4 结论与讨论 | 第25-27页 |
| 3 差异表达基因 | 第27-52页 |
| 3.1 差异表达基因分析 | 第27-28页 |
| 3.1.1 差异表达基因的筛选 | 第27页 |
| 3.1.2 差异基因表达模式聚类分析 | 第27页 |
| 3.1.3 差异表达基因GO注释和富集 | 第27-28页 |
| 3.1.4 差异表达基因Pathway注释和富集 | 第28页 |
| 3.2 差异表达基因研究结果 | 第28-45页 |
| 3.2.1 差异表达基因统计结果 | 第28-32页 |
| 3.2.2 差异基因表达聚类分析结果 | 第32-33页 |
| 3.2.3 GO注释及富集结果 | 第33-41页 |
| 3.2.4 Pathway注释及富集结果 | 第41-45页 |
| 3.3 抗锈相关基因的筛选结果 | 第45-49页 |
| 3.3.1 病程相关(PR)蛋白基因的筛选 | 第45页 |
| 3.3.2 蛋白激酶基因的筛选 | 第45-46页 |
| 3.3.3 转录因子基因的筛选 | 第46页 |
| 3.3.4 光合作用相关基因的筛选 | 第46页 |
| 3.3.5 谷胱甘肽S-转移酶相关基因的筛选 | 第46页 |
| 3.3.6 植物与病原菌的相互作用路径的筛选 | 第46页 |
| 3.3.7 苯丙烷生物合成路径的筛选 | 第46-49页 |
| 3.3.8 小结 | 第49页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第49-52页 |
| 致谢 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 作者简介 | 第61页 |
