| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一部分 文献综述 | 第9-25页 |
| 1. 植物 miRNA 的发现和特征 | 第9-10页 |
| 1.1 miRNA 的发现 | 第9页 |
| 1.2 植物 miRNA 的特征 | 第9-10页 |
| 2. 植物 miRNA 的生物合成机制 | 第10-11页 |
| 3. miRNA 在逆境胁迫中的作用 | 第11-14页 |
| 3.1 miRNA 参与氧化胁迫 | 第12页 |
| 3.2 miRNA 参与干旱胁迫 | 第12页 |
| 3.3 miRNA 参与盐胁迫 | 第12-13页 |
| 3.4 miRNA 参与 ABA 胁迫 | 第13页 |
| 3.5 miRNA 参与营养胁迫 | 第13-14页 |
| 3.6 miRNA 参与生物胁迫 | 第14页 |
| 4. miRNA 的研究方法 | 第14-18页 |
| 4.1 miRNA 的克隆方法 | 第14-16页 |
| 4.1.1 直接克隆法 | 第14-15页 |
| 4.1.2 高通量深度测序法 | 第15页 |
| 4.1.3 生物信息学预测 miRNA | 第15-16页 |
| 4.1.4 寻找 miRNA 靶基因的方法 | 第16页 |
| 4.2 植物 miRNA 的鉴定和实验验证法 | 第16-18页 |
| 4.2.1 Northern blotting | 第17页 |
| 4.2.2 实时荧光定量 PCR 法 | 第17页 |
| 4.2.3 miRNA 芯片技术 | 第17-18页 |
| 展望 | 第18页 |
| 参考文献 | 第18-25页 |
| 第二部分 实验部分 | 第25-75页 |
| 第一章 高盐胁迫下盐穗木根的 miRNA 文库的构建及文库数据的分析 | 第25-42页 |
| 1 实验材料与试剂 | 第25页 |
| 1.1 材料 | 第25页 |
| 1.2 盐穗木的胁迫处理 | 第25页 |
| 1.3 试剂 | 第25页 |
| 2 实验方法 | 第25-26页 |
| 2.1 盐穗木总 RNA 的提取 | 第25页 |
| 2.2 文库构建过程 | 第25-26页 |
| 2.3 文库数据的初级分析 | 第26页 |
| 3 结果 | 第26-42页 |
| 3.1 文库数据的分析 | 第26-42页 |
| 3.1.1 对照组和处理组中小 RNA 的分布分析 | 第26-29页 |
| 3.1.2 对照组和处理组中已知 miRNA 的统计 | 第29-30页 |
| 3.1.3 对照组和处理组的非编码小 RNA 的比对统计 | 第30-31页 |
| 3.1.4 对照组和处理组中小 RNA 的分类注释 | 第31-33页 |
| 3.1.5 候选 miRNA 的表达谱信息 | 第33-37页 |
| 3.1.6 对照组和处理组中已知和新 miRNA 的差异分析 | 第37-39页 |
| 3.1.7 对照组和处理组中已知和新 miRNA 的靶基因位点预测和统计 | 第39-40页 |
| 3.1.8 从对照组和处理组文库中 miRNA 的候选 | 第40-42页 |
| 第二章 miR398 和 miR395 的靶基因 CSD1、CSD2 和 APS1 核心片段的克隆 | 第42-51页 |
| 1 实验材料与试剂 | 第42-43页 |
| 1.1 材料 | 第42页 |
| 1.2 试剂 | 第42页 |
| 1.3 培养基 | 第42页 |
| 1.4 实验引物 | 第42-43页 |
| 2 实验方法 | 第43-48页 |
| 2.1 盐穗木总 RNA 的提取 | 第43-44页 |
| 2.2 cDNA 的合成 | 第44页 |
| 2.3 核心片段的 PCR 扩增 | 第44-45页 |
| 2.4 PCR 产物的回收 | 第45页 |
| 2.5 连接 pMD18-T | 第45-46页 |
| 2.6 重组质粒的转化 | 第46页 |
| 2.7 重组质粒的菌液 PCR 鉴定 | 第46-47页 |
| 2.8 质粒的小量提取 | 第47页 |
| 2.9 重组质粒的质粒 PCR 鉴定 | 第47-48页 |
| 3 实验结果 | 第48-51页 |
| 3.1 盐穗木总 RNA 的提取 | 第48页 |
| 3.2 盐穗木 CSD1、CSD2 和 APS1 的克隆 | 第48-50页 |
| 3.3 克隆获得的 CSD1、CSD2 和 APS1 核心片段的分析 | 第50-51页 |
| 第三章 RACE 克隆盐穗木 CSD1、CSD2 和 APS1 全长 | 第51-65页 |
| 1 主要试剂 | 第51页 |
| 2 实验方法 | 第51-55页 |
| 2.1 盐穗木总 RNA 的提取 | 第51页 |
| 2.2 RACE cDNA 的合成 | 第51-52页 |
| 2.3 5' RACE | 第52-53页 |
| 2.4 3' RACE | 第53-54页 |
| 2.5 CSD1、CSD2 和 APS1 的生物信息学分析 | 第54-55页 |
| 2.6 miRNA 与靶基因的生物信息学分析 | 第55页 |
| 3 结果 | 第55-65页 |
| 3.1 盐穗木 CSD1、CSD2 和 APS1 的 RACE 克隆 | 第55-56页 |
| 3.2 盐穗木 CSD1、CSD2 和 APS1 的信息学分析 | 第56-65页 |
| 3.2.1 盐穗木 CSD1 全长序列的分析 | 第56-57页 |
| 3.2.2 盐穗木 CSD2 全长序列的分析 | 第57-58页 |
| 3.2.3 盐穗木 APS1 全长序列的分析 | 第58-59页 |
| 3.2.4 CSD1、CSD2 和 APS1 的同源性分析 | 第59-60页 |
| 3.2.5 CSD1、CSD2 和 APS1 的氨基酸序列信号肽分析 | 第60-61页 |
| 3.2.6 CSD1、CSD2 和 APS1 的氨基酸序列亲/疏水性分析 | 第61-62页 |
| 3.2.7 CSD1、CSD2 和 APS1 的氨基酸序列二级结构分析 | 第62-64页 |
| 3.2.8 CSD1、CSD2 和 APS1 的氨基酸序列跨膜结构域分析 | 第64-65页 |
| 第四章 CSD1, CSD2 和 APS1 的靶向 miRNA 的信息学分析及 miR398 和 miR395 在高盐胁迫下的表达规律 | 第65-75页 |
| 1 实验材料与试剂 | 第65-66页 |
| 1.1 植物材料 | 第65页 |
| 1.2 主要试剂盒 | 第65页 |
| 1.3 引物设计 | 第65-66页 |
| 2 实验方法 | 第66-68页 |
| 2.1 CSD1、CSD2 和 APS1 的靶向 miRNA 的信息学分析 | 第66-67页 |
| 2.2 盐穗木的胁迫处理 | 第67页 |
| 2.3 盐穗木总 RNA 的提取 | 第67页 |
| 2.4 poly(A)加尾及反转录反应 | 第67页 |
| 2.5 Real Time PCR 反应 | 第67-68页 |
| 3 结果 | 第68-72页 |
| 3.1 miR398、miR395 与其靶基因的生物信息学分析 | 第68-71页 |
| 3.2 总 RNA 的提取 | 第71页 |
| 3.3 miR398 和 miR395 的表达量 | 第71-72页 |
| 4 讨论 | 第72-75页 |
| 第三部分 结论与展望 | 第75-77页 |
| 结论 | 第75-76页 |
| 展望 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
| 个人简历 | 第80页 |
