| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 词汇对照表 | 第9-12页 |
| 1 文献综述 | 第12-21页 |
| 1.1 m~6A的发现及生成 | 第12-14页 |
| 1.1.1 m~6A的发现 | 第12-13页 |
| 1.1.2 m~6A的生成 | 第13-14页 |
| 1.2 m~6A相关酶组分及动态可逆的调控过程 | 第14-16页 |
| 1.2.1 m~6A的甲基转移酶/去甲基化酶结合蛋白 | 第14-15页 |
| 1.2.2 m~6A动态可逆的调控过程 | 第15-16页 |
| 1.3 m~6A的生物学功能 | 第16-17页 |
| 1.4 MeRIP-seq技术及m~6A分布特征 | 第17-21页 |
| 1.4.1 MeRIP-seq检测技术 | 第17-18页 |
| 1.4.2 MeRIP-seq技术鉴定m~6A的分布特征 | 第18-21页 |
| 1.4.2.1 m~6A在基因组的分布特征 | 第19页 |
| 1.4.2.2 m~6A在不同组织中的分布特征 | 第19-20页 |
| 1.4.2.3 不同群体间的m~6A甲基化修饰特征 | 第20-21页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-33页 |
| 2.1 试验动物 | 第21页 |
| 2.2 样品采集及性能测定 | 第21-22页 |
| 2.3 主要仪器设备与试剂 | 第22-24页 |
| 2.3.1 主要仪器设备 | 第22-23页 |
| 2.3.2 主要试剂及配制 | 第23-24页 |
| 2.4 MeRIP-seq技术流程 | 第24-29页 |
| 2.4.1 文库构建 | 第24-27页 |
| 2.4.1.1 总RNA抽提 | 第24-25页 |
| 2.4.1.2 总RNA质检 | 第25-26页 |
| 2.4.1.3 mRNA分离纯化 | 第26-27页 |
| 2.4.1.3.1 mRNA片段 | 第26-27页 |
| 2.4.1.4 cDNA链合成及末端补齐 | 第27页 |
| 2.4.2 m~6A斑点印迹(Dot blot)检测 | 第27-28页 |
| 2.4.3 m~6A-免疫沉淀 | 第28-29页 |
| 2.5 差异甲基化基因GPIHBP1功能验证 | 第29-30页 |
| 2.5.1 基因组DNA提取 | 第29页 |
| 2.5.2 引物设计及RT-qPCR | 第29-30页 |
| 2.6 数据分析方法 | 第30-33页 |
| 2.6.1 原始数据的质量评估及预处理 | 第30-31页 |
| 2.6.2 测序序列与参考基因组比对 | 第31页 |
| 2.6.3 鉴定m~6A修饰Peak | 第31-32页 |
| 2.6.4 m~6A保守序列识别鉴定 | 第32页 |
| 2.6.5 组织及品种差异表达基因分析 | 第32页 |
| 2.6.6 基因表达与功能分析 | 第32页 |
| 2.6.7 统计学分析 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-50页 |
| 3.1 猪全转录组m~6A甲基化修饰位点检测 | 第33-38页 |
| 3.1.1 m~6A富集质量检测与样品测序数据的质量检测 | 第33-35页 |
| 3.1.2 猪肌肉和脂肪组织reads统计 | 第35页 |
| 3.1.3 猪全转录组m~6A peak统计 | 第35-37页 |
| 3.1.4 猪肌肉和脂肪组织的m~6A保守序列鉴定 | 第37-38页 |
| 3.2 猪m~6A peak的分布特点 | 第38-40页 |
| 3.2.1 m~6A peak在猪mRNA上的分布特点 | 第38-39页 |
| 3.2.2 m~6A peak在猪染色体上的分布情况 | 第39-40页 |
| 3.3 m~6A修饰位点富集于核转录因子,参与重要的生物学通路 | 第40-41页 |
| 3.3.1 肌肉和脂肪组织m~6A共表达基因鉴定及功能分析 | 第40页 |
| 3.3.2 肌肉和脂肪组织m~6A共表达基因在不同区间的分析 | 第40页 |
| 3.3.3 m~6A甲基化修饰参与核基因的转录调控 | 第40-41页 |
| 3.4 组织间差异甲基化基因鉴定及生物学功能分析 | 第41-47页 |
| 3.4.1 组织特异性基因鉴定及参与的生物学功能 | 第41-42页 |
| 3.4.2 组织动态性甲基化基因鉴定与功能注释 | 第42-44页 |
| 3.4.3 不同基因区间的甲基化基因鉴定及功能分析 | 第44页 |
| 3.4.4 m~6A甲基化修饰水平与差异基因表达水平间的关联分析 | 第44页 |
| 3.4.5 脂肪组织差异甲基化基因GPIHBP1的功能验证 | 第44-47页 |
| 3.4.5.1 GPIHBP1基因在各组织中的转录水平检测 | 第44-45页 |
| 3.4.5.2 GPIHBP1基因的遗传效应分析 | 第45-47页 |
| 3.5 品种间差异甲基化基因鉴定及潜在生物学功能 | 第47-50页 |
| 3.5.1 不同猪品种的m~6A甲基化水平 | 第47页 |
| 3.5.2 品种特异性甲基化基因鉴定及功能注释 | 第47-49页 |
| 3.5.3 品种动态性甲基化基因鉴定及功能注释分析 | 第49-50页 |
| 4 分析讨论 | 第50-54页 |
| 4.1 哺乳动物与植物的m~6A甲基化拓扑结构模式及保守序列 | 第50-51页 |
| 4.2 m~6A甲基化在某些转录本中高度富集可能是适应/需要这些转录本的转录调控 | 第51-52页 |
| 4.3 差异的m~6A甲基化基因在细胞、组织和器官中的潜在功能 | 第52-53页 |
| 4.4 差异的m~6A甲基化基因在不同群体间的潜在调控功能 | 第53-54页 |
| 5 结沦 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 附录 | 第64-72页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第72页 |
