| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| Contents | 第5-6页 |
| Chapter 1 Introduction | 第6-13页 |
| 1.1 Definition and Scope of methylation | 第6-7页 |
| 1.2 The biological consequences of DNA methylation/demethylation | 第7-8页 |
| 1.3 Hereditary environmental stamp via DNA methylation | 第8页 |
| 1.4 DNA methylation assays | 第8-11页 |
| 1.4.1 Digestion-based methods | 第9页 |
| 1.4.2 Methylated DNA enrichment | 第9-10页 |
| 1.4.3 Bisulfite conversion | 第10-11页 |
| 1.5 Methylation calling tools for sequencing data | 第11-13页 |
| Chapter 2 An HMM method to call methylation | 第13-25页 |
| 2.1 Motivation | 第13-14页 |
| 2.1.1 DNA methylation and CpG island | 第13页 |
| 2.1.2 HMM chain and biological sequence analysis | 第13-14页 |
| 2.2 Data and Methods | 第14-17页 |
| 2.3 Results | 第17-22页 |
| 2.3.1 Compatibility with the gold standard | 第17-19页 |
| 2.3.2 Comparison with independent gene expression data | 第19-22页 |
| 2.4 Discussion | 第22-25页 |
| References | 第25-32页 |
| 后记 | 第32-33页 |
