| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4页 |
| 1 绪论 | 第8-12页 |
| 1.1 分子模拟背景 | 第8-9页 |
| 1.2 研究对象 | 第9-11页 |
| 1.3 本论文研究内容及选题意义 | 第11页 |
| 1.4 本章小结 | 第11-12页 |
| 2 蛋白质模拟的理论及方法 | 第12-26页 |
| 2.1 同源建模的理论及方法 | 第12-14页 |
| 2.2 分子动力学的理论及方法 | 第14-22页 |
| 2.2.1 分子力场 | 第14-16页 |
| 2.2.2 分子力学 | 第16-18页 |
| 2.2.3 分子动力学 | 第18-22页 |
| 2.3 分子对接 | 第22-24页 |
| 2.4 本章小结 | 第24-26页 |
| 3 蛋白质结构模型的建立 | 第26-40页 |
| 3.1 实验材料 | 第26页 |
| 3.2 实验软件 | 第26-27页 |
| 3.3 实验过程 | 第27-36页 |
| 3.3.1 HDAC1和p300模型构建 | 第28-32页 |
| 3.3.2 Sp1蛋白模型构建 | 第32-34页 |
| 3.3.3 模型优化 | 第34-36页 |
| 3.3.4 模型评价 | 第36页 |
| 3.4 实验结果和讨论 | 第36-39页 |
| 3.4.1 模型优化及分子动力学模拟结果讨论 | 第36-37页 |
| 3.4.2 模型评价结果与讨论 | 第37-39页 |
| 3.4.3 模型结构讨论 | 第39页 |
| 3.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 4 转录因子Sp1与HDAC1、p300的对接研究 | 第40-48页 |
| 4.1 实验材料 | 第40页 |
| 4.2 实验软件 | 第40页 |
| 4.3 实验过程 | 第40-41页 |
| 4.3.1 受体蛋白和配体蛋白的准备 | 第40页 |
| 4.3.2 分子对接过程 | 第40-41页 |
| 4.4 对接结果讨论 | 第41-48页 |
| 4.4.1 对接结果 | 第41-44页 |
| 4.4.2 对接结果分析 | 第44-48页 |
| 5 结论与展望 | 第48-50页 |
| 5.1 研究工作总结 | 第48页 |
| 5.2 本研究展望 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |