细菌重组修复酶系进化分析
| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 引言 | 第9-22页 |
| 1.1 概要 | 第9-10页 |
| 1.2 RecBCD的分子结构和功能 | 第10-11页 |
| 1.3 三维结构 | 第11-12页 |
| 1.4 RecBCD和AddAB关系 | 第12-14页 |
| 1.4.1 RecBCD和AddAB的相同点 | 第12-13页 |
| 1.4.2 RecBCD和AddAB的差异性 | 第13-14页 |
| 1.5 Chi序列 | 第14-16页 |
| 1.5.1 Chi序列特点 | 第14-15页 |
| 1.5.2 Chi序列检测 | 第15-16页 |
| 1.6 系统分析 | 第16-17页 |
| 1.6.1 距离矩阵法 | 第16页 |
| 1.6.2 最大简约法 | 第16-17页 |
| 1.6.3 最大似然法 | 第17页 |
| 1.7 蛋白质共进化 | 第17-20页 |
| 1.7.1 系统树拓扑结构比较 | 第17-18页 |
| 1.7.2 系统树枝长比较法 | 第18-19页 |
| 1.7.3 距离矩阵法 | 第19页 |
| 1.7.4 系统发育谱法 | 第19-20页 |
| 1.7.5 表达偏好法 | 第20页 |
| 1.8 本研究的内容、目的和意义 | 第20-22页 |
| 第2章 材料与方法 | 第22-31页 |
| 2.1 材料 | 第22-23页 |
| 2.2 构建系统树 | 第23-25页 |
| 2.2.1 获得query | 第23页 |
| 2.2.2 查找同源序列 | 第23-24页 |
| 2.2.3 序列比对 | 第24页 |
| 2.2.4 构建系统树 | 第24-25页 |
| 2.3 共进化分析 | 第25-28页 |
| 2.3.1 系统树拓扑结构比较 | 第25页 |
| 2.3.2 距离矩阵法 | 第25-26页 |
| 2.3.3 系统树枝长比较法 | 第26-27页 |
| 2.3.4 表达偏好法 | 第27页 |
| 2.3.5 系统发育谱法 | 第27-28页 |
| 2.4 保守位点和三维结构分析 | 第28-29页 |
| 2.5 Chi序列与识别域分析 | 第29-31页 |
| 第3章 结果与分析 | 第31-50页 |
| 3.1 保守位点分布及功能 | 第31-33页 |
| 3.2 系统分析 | 第33-36页 |
| 3.2.1 RecBCD和AddAB的起源 | 第33-34页 |
| 3.2.2 中间状态 | 第34-35页 |
| 3.2.3 进化速率 | 第35-36页 |
| 3.3 频繁地水平基因转移(HGT) | 第36-38页 |
| 3.4 RecD家族历史的独立部分 | 第38-42页 |
| 3.5 基间的共进化 | 第42-48页 |
| 3.5.1 系统树拓扑结构比较 | 第43-44页 |
| 3.5.2 距离矩阵法 | 第44-45页 |
| 3.5.3 系统树枝长比较法 | 第45-46页 |
| 3.5.4 表达偏好法 | 第46-47页 |
| 3.5.5 系统发育谱法 | 第47-48页 |
| 3.6 Chi与识别域的进化关系 | 第48-50页 |
| 第4章 小结与展望 | 第50-56页 |
| 4.1 RecBCD进化讨论 | 第50-51页 |
| 4.2 保守位点分布与功能关系 | 第51-52页 |
| 4.3 共进化分析方法比较 | 第52-53页 |
| 4.4 抗菌药物的新靶标 | 第53-54页 |
| 4.5 展望 | 第54-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
