| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 第一章 绪论 | 第14-59页 |
| 1. 蛋白质组学研究概述 | 第14-24页 |
| 1.1 蛋白质组学产生的背景 | 第14-15页 |
| 1.2 蛋白质组学的定义 | 第15页 |
| 1.3 蛋白质组学的研究内容 | 第15-16页 |
| 1.4 蛋白质组学在各领域的主要应用 | 第16-17页 |
| 1.4.1 在基础生物学研究中的应用 | 第16页 |
| 1.4.2 在模式微生物和病原微生物这两大方面的研究 | 第16页 |
| 1.4.3 蛋白质组学在临床分子医学中的作用 | 第16-17页 |
| 1.4.4 蛋白质组学方法用于动物模型中 | 第17页 |
| 1.4.5 蛋白质组学用于新药开发 | 第17页 |
| 1.5 蛋白质组学的研究方法和技术 | 第17-24页 |
| 1.5.1 蛋白质分离技术 | 第18-20页 |
| 1.5.2 蛋白质的鉴定技术概述 | 第20-21页 |
| 1.5.3 蛋白质芯片技术 | 第21页 |
| 1.5.4 生物信息学分析 | 第21-22页 |
| 1.5.5 酵母双杂交系统 | 第22页 |
| 1.5.6 噬菌体展示技术(Phage display) | 第22-23页 |
| 1.5.7 同位素标记亲和标签技术(Isotope Coded Affinity Tages,ICAT) | 第23-24页 |
| 2. 蛋白质翻译后修饰研究进展 | 第24-28页 |
| 2.1 糖基化 | 第25页 |
| 2.2 磷酸化 | 第25-26页 |
| 2.3 泛素化 | 第26-27页 |
| 2.4 脂基化 | 第27页 |
| 2.5 甲基化 | 第27-28页 |
| 2.6 SUMO化 | 第28页 |
| 3. 蛋白质乙酰化研究进展 | 第28-30页 |
| 3.1 组蛋白动态乙酰化修饰 | 第28-29页 |
| 3.2 非组蛋白的乙酰化 | 第29-30页 |
| 4. 微流控芯片技术 | 第30-42页 |
| 4.1 微流控芯片的发展 | 第31-32页 |
| 4.2 微流控芯片制作 | 第32-33页 |
| 4.2.1 制作芯片的材料 | 第32页 |
| 4.2.2 芯片的制作 | 第32-33页 |
| 4.3 微流控芯片的检测方法 | 第33-35页 |
| 4.3.1 电化学检测法 | 第33页 |
| 4.3.2 光学检测法 | 第33-34页 |
| 4.3.3 质谱检测法 | 第34-35页 |
| 4.4 微流控芯片的应用 | 第35-37页 |
| 4.4.1 用于基因检测 | 第35页 |
| 4.4.2 用于蛋白质和氨基酸分析 | 第35-36页 |
| 4.4.3 用于药物分析与筛选 | 第36页 |
| 4.4.4 用于免疫分析 | 第36-37页 |
| 4.4.5 用于酶分析 | 第37页 |
| 4.4.6 用于单分子检测 | 第37页 |
| 4.5 微流控芯片的表面修饰 | 第37-42页 |
| 4.5.1 气相方法 | 第38-40页 |
| 4.5.2 湿法化学方法 | 第40-42页 |
| 5. 肝癌细胞蛋白质组学的研究 | 第42-45页 |
| 5.1 肝癌简介 | 第42-43页 |
| 5.2 原发性肝癌的蛋白质组学研究 | 第43页 |
| 5.3 生物质谱技术在原发性肝癌蛋白质组学研究中的应用 | 第43-45页 |
| 6. 本论文构思及研究内容 | 第45-47页 |
| 本章参考文献 | 第47-59页 |
| 第二章 基于质谱对肝癌细胞组蛋白H3乙酰化修饰的定量研究 | 第59-84页 |
| 1. 研究背景 | 第59-60页 |
| 2. 实验部分 | 第60-67页 |
| 2.1 试剂和材料 | 第60-61页 |
| 2.2 仪器设备 | 第61-62页 |
| 2.3 提取组蛋白及SDS-PAGE鉴定 | 第62-64页 |
| 2.4 组蛋白H3分子量测定及H3分离收集 | 第64-65页 |
| 2.5 组蛋白H3的western blot验证及MALDI-TOF质谱鉴定 | 第65-66页 |
| 2.6 组蛋白H3酶解肽段的甲基化标记 | 第66页 |
| 2.7 甲基化标记肽段的LTQ-Orbitrap鉴定 | 第66-67页 |
| 3. 结果与讨论 | 第67-80页 |
| 3.1 肝癌细胞株组蛋白的提取及SDS-PAGE鉴定 | 第67-68页 |
| 3.2 组蛋白H3的分离及分子量测定 | 第68-71页 |
| 3.3 组蛋白H3的western blot验证及MALDI-TOF质谱鉴定 | 第71-72页 |
| 3.4 甲基化同位素标记在基于质谱相对定量中的表现 | 第72-74页 |
| 3.5 组蛋白甲基化同位素标记在LTQ-Orbitrap路线中的稳定性 | 第74-76页 |
| 3.6 五种细胞系组蛋白H3乙酰化位点的定量分析 | 第76-80页 |
| 4. 本章小结 | 第80-81页 |
| 本章参考文献 | 第81-84页 |
| 第三章 基于微流控芯片的抗体固定技术富集乙酰化蛋白 | 第84-103页 |
| 1. 研究背景 | 第84-85页 |
| 2. 实验部分 | 第85-89页 |
| 2.1 实验材料和生化试剂 | 第85-86页 |
| 2.2 仪器设备 | 第86页 |
| 2.3 制备微流控芯片 | 第86页 |
| 2.4 微流控芯片表面修饰 | 第86页 |
| 2.5 Protein A/G修饰的PDMS芯片表征 | 第86-87页 |
| 2.6 乙酰化BSA的合成与验证 | 第87-88页 |
| 2.7 乙酰化蛋白和肽段的富集 | 第88页 |
| 2.8 MALDI-MS鉴定富集到的乙酰化蛋白及肽段 | 第88-89页 |
| 3. 结果与讨论 | 第89-98页 |
| 3.1 微流控芯片表面修饰 | 第89-90页 |
| 3.2 Protein A/G修饰的PDMS芯片表征 | 第90-91页 |
| 3.3 乙酰化BSA的合成及鉴定 | 第91-93页 |
| 3.4 固定抗体的芯片用于乙酰化蛋白的富集 | 第93-96页 |
| 3.4.1 富集洗脱条件的优化 | 第93-96页 |
| 3.6 固定抗体的芯片用于乙酰化肽段的富集 | 第96-98页 |
| 4. 本章小结 | 第98-100页 |
| 本章参考文献 | 第100-103页 |
| 第四章 乙酰化蛋白的非共价作用模拟表征 | 第103-119页 |
| 1 研究背景 | 第103-104页 |
| 2 计算部分 | 第104-108页 |
| 2.1 乙酰化蛋白数据库 | 第104-105页 |
| 2.2 量子力学/分子力学(QM/MM)计算法 | 第105-108页 |
| 3 结果和讨论 | 第108-114页 |
| 3.1 乙酰化相关的非共价作用的分类 | 第108-109页 |
| 3.2 乙酰化作用非共价作用的晶体结构研究 | 第109-110页 |
| 3.3 以羰基为受体的氢键 | 第110-111页 |
| 3.4 以次级胺为供体的氢键 | 第111页 |
| 3.5 以甲基为供体的氢键 | 第111页 |
| 3.6 正交多极作用 | 第111-112页 |
| 3.7 反平行偶极作用 | 第112页 |
| 3.8 现实环境中乙酰化蛋白的QM/MM分析 | 第112-114页 |
| 4 本章小结 | 第114-115页 |
| 本章参考文献 | 第115-119页 |
| 第五章 工作总结及下一步工作展望 | 第119-121页 |
| 1 论文总结 | 第119-120页 |
| 2 下一步工作展望 | 第120-121页 |
| 攻博期间的科研成果 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
