| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-21页 |
| 1.1 泥火山简介 | 第12-13页 |
| 1.1.1 泥火山的定义及分布 | 第12-13页 |
| 1.1.2 泥火山的研究进展 | 第13页 |
| 1.2 土壤微生物多样性的概述 | 第13-14页 |
| 1.2.1 土壤微生物多样性的含义 | 第13-14页 |
| 1.2.2 研究目的及意义 | 第14页 |
| 1.3 土壤微生物多样性的研究方法 | 第14-19页 |
| 1.3.1 土壤微生物群落传统分析方法 | 第14-16页 |
| 1.3.2 现代分子生物学的分析方法 | 第16-19页 |
| 1.4 课题研究内容及技术路线 | 第19-21页 |
| 1.4.1 课题研究内容 | 第19-20页 |
| 1.4.2 技术路线 | 第20-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-29页 |
| 2.1 泥火山生境概况及土样采集 | 第21-22页 |
| 2.2 实验仪器及主要试剂 | 第22-23页 |
| 2.3 土壤理化性质的测定 | 第23-24页 |
| 2.3.1 土壤含水量的测定 | 第23页 |
| 2.3.2 土壤电导率的测定 | 第23页 |
| 2.3.3 土壤p H的测定 | 第23页 |
| 2.3.4 土壤全氮的测定 | 第23页 |
| 2.3.5 土壤全钾的测定 | 第23-24页 |
| 2.3.6 土壤全磷的测定 | 第24页 |
| 2.3.7 土壤有机质的测定 | 第24页 |
| 2.4 土壤酶活性的测定 | 第24页 |
| 2.5 土壤可培养细菌的分离、鉴定 | 第24-25页 |
| 2.5.1 可培养细菌的群落计数 | 第24页 |
| 2.5.2 可培养细菌的常规鉴定 | 第24页 |
| 2.5.3 菌株最适温度的测定 | 第24-25页 |
| 2.5.4 菌株最适pH的测定 | 第25页 |
| 2.5.5 菌株生长曲线的测定 | 第25页 |
| 2.6 可培养细菌 16SrRNA分子鉴定 | 第25-26页 |
| 2.6.1 菌株基因组DNA的提取 | 第25页 |
| 2.6.2 16SrRNA的扩增 | 第25-26页 |
| 2.6.3 序列分析 | 第26页 |
| 2.7 高通量测序方法 | 第26-29页 |
| 2.7.1 土壤基因组DNA的提取 | 第26页 |
| 2.7.2 土壤细菌 16S rRNA PCR扩增 | 第26页 |
| 2.7.3 Illumina Miseq测序 | 第26-27页 |
| 2.7.4 数据处理 | 第27-29页 |
| 第三章 泥火山土壤理化性质、土壤酶活性与可培养细菌的分离、计数及鉴定 | 第29-45页 |
| 3.1 土壤理化性质测定结果及分析 | 第29-31页 |
| 3.2 土壤酶活性测定结果及分析 | 第31-32页 |
| 3.3 土壤可培养细菌的分离、计数及鉴定结果分析 | 第32-41页 |
| 3.3.1 可培养细菌的群落计数结果 | 第32-33页 |
| 3.3.2 可培养细菌的常规鉴定结果 | 第33-36页 |
| 3.3.3 温度对菌株的生长影响 | 第36页 |
| 3.3.4 pH对菌株的生长影响 | 第36-37页 |
| 3.3.5 菌株的生长曲线 | 第37-38页 |
| 3.3.6 菌株 16SrRNA分子鉴定 | 第38-41页 |
| 3.4 土壤理化性质、酶活性与细菌群落计数相关性分析 | 第41-43页 |
| 3.5 小结 | 第43-45页 |
| 第四章 泥火山土壤细菌群落的Illumina测序结果分析 | 第45-60页 |
| 4.1 细菌 16SrRNA Illumina测序结果初步分析 | 第45-48页 |
| 4.1.1 测序数据统计 | 第45-46页 |
| 4.1.2 稀释曲线 | 第46-47页 |
| 4.1.3 Rank-abundance曲线 | 第47-48页 |
| 4.2 Core microbiome分析 | 第48-49页 |
| 4.3 泥火山细菌群落多样性 | 第49-53页 |
| 4.3.1 Alpha多样性分析 | 第49-50页 |
| 4.3.2 Beta多样性分析 | 第50-52页 |
| 4.3.3 细菌群落多样性和环境因子的相关性 | 第52-53页 |
| 4.4 泥火山土壤细菌群落组成 | 第53-55页 |
| 4.4.1 细菌在门水平的分类比较 | 第53-54页 |
| 4.4.2 细菌在纲水平的分类比较 | 第54-55页 |
| 4.4.3 细菌在属水平的分类比较 | 第55页 |
| 4.5 OTU水平的分析 | 第55-58页 |
| 4.5.1 OTU水平的PCA分析 | 第55-56页 |
| 4.5.2 丰度较高的前20个OTU heatmap图分析 | 第56-57页 |
| 4.5.3 OTU水平的样品聚类 | 第57-58页 |
| 4.6 小结 | 第58-60页 |
| 第五章 结论与展望 | 第60-62页 |
| 5.1 主要结论 | 第60-61页 |
| 5.2 创新点 | 第61页 |
| 5.3 展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 作者简介 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 导师评阅表 | 第71页 |
