| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第17-18页 |
| 第一章 引言 | 第18-28页 |
| 1.1 动物外耳性状的遗传学研究 | 第18-22页 |
| 1.1.1 耳的基本结构 | 第18-19页 |
| 1.1.2 外耳的形成与发育 | 第19页 |
| 1.1.3 影响外耳性状的候选基因 | 第19-20页 |
| 1.1.4 外耳性状的QTL定位研究进展 | 第20-22页 |
| 1.2 全基因组关联分析 | 第22-27页 |
| 1.2.1 GWAS统计分析原理 | 第23页 |
| 1.2.2 GWAS的样本量大小 | 第23页 |
| 1.2.3 GWAS试验设计类型 | 第23-24页 |
| 1.2.4 GWAS的性状选择 | 第24页 |
| 1.2.5 GWAS的局限性 | 第24页 |
| 1.2.6 GWAS在动物遗传育种中的应用 | 第24-25页 |
| 1.2.7 猪 60K全基因组SNP芯片 | 第25-27页 |
| 1.3 本研究目的及意义 | 第27-28页 |
| 第二章 猪耳面积性状GWAS研究 | 第28-44页 |
| 2.1 试验材料 | 第28-31页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第28-29页 |
| 2.1.2 试验样品与数据采集 | 第29页 |
| 2.1.3 主要仪器与试剂 | 第29-31页 |
| 2.2 试验方法 | 第31-36页 |
| 2.2.1 耳面积的测量与计算 | 第31-32页 |
| 2.2.2 基因组DNA的提取和检测 | 第32-33页 |
| 2.2.3 SNP基因型判定 | 第33-34页 |
| 2.2.4 基因型数据的质量控制 | 第34页 |
| 2.2.5 数据分析 | 第34-36页 |
| 2.3 全基因组关联分析结果 | 第36-41页 |
| 2.3.1 质量控制 | 第36-37页 |
| 2.3.2 猪耳面积性状描述性统计分析 | 第37页 |
| 2.3.3 全基因组关联分析 | 第37-41页 |
| 2.4 讨论 | 第41-43页 |
| 2.4.1 试验群体 | 第41页 |
| 2.4.2 GWAS | 第41-42页 |
| 2.4.3 GWAS结果讨论 | 第42-43页 |
| 2.5 本章小结 | 第43-44页 |
| 第三章 猪耳面积性状主效候选基因筛选 | 第44-60页 |
| 3.1 试验材料 | 第44页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第44页 |
| 3.1.2 仪器与试剂 | 第44页 |
| 3.2 试验方法 | 第44-52页 |
| 3.2.1 祖代共享单倍型分析与连锁不平衡分析 | 第44-45页 |
| 3.2.2 选择性清除分析 | 第45-52页 |
| 3.3 试验结果 | 第52-57页 |
| 3.3.1 连锁不平衡分析和共享单倍型分析把显著区间缩小至 3.07Mb | 第52-56页 |
| 3.3.2 选择性清除分析把显著区间缩小至约 450Kb | 第56-57页 |
| 3.4 讨论 | 第57-59页 |
| 3.4.1 单倍型分析 | 第57页 |
| 3.4.2 选择性清除分析 | 第57-58页 |
| 3.4.3 候选基因的筛选 | 第58-59页 |
| 3.5 本章小结 | 第59-60页 |
| 第四章 猪耳面积性状候选基因分子克隆与功能验证 | 第60-107页 |
| 4.1 试验材料. | 第60-61页 |
| 4.1.1 组织样本的采集 | 第60页 |
| 4.1.2 主要仪器与试剂 | 第60-61页 |
| 4.2 试验方法 | 第61-71页 |
| 4.2.1 WIF1、LEMD3、HMGA2 cDNA分子克隆 | 第61-67页 |
| 4.2.2 WIF1、LEMD3、HMGA2及其蛋白序列分析 | 第67-68页 |
| 4.2.3 WIF1、LEMD3、HMGA2基因多态位点鉴别 | 第68-69页 |
| 4.2.4 多态位点群体关联分析 | 第69页 |
| 4.2.5 组织表达谱分析 | 第69-70页 |
| 4.2.6 大白猪、二花脸猪耳软骨中基因和蛋白表达差异分析 | 第70-71页 |
| 4.3 试验结果 | 第71-101页 |
| 4.3.1 RACE结果 | 第71-75页 |
| 4.3.2 WIF1、LEMD3、HMGA2及其蛋白序列分析 | 第75-87页 |
| 4.3.3 WIF1、LEMD3、HMGA2基因多态位点鉴别 | 第87-88页 |
| 4.3.4 WIF1、LEMD3、HMGA2多态位点群体关联分析 | 第88-97页 |
| 4.3.5 组织表达谱分析 | 第97-98页 |
| 4.3.6 耳软骨中WIF1、LEMD3和HMGA2 mRNA和蛋白表达差异分析 | 第98-101页 |
| 4.4 讨论 | 第101-106页 |
| 4.4.1 WIF1 | 第102-104页 |
| 4.4.2 LEMD3 | 第104-105页 |
| 4.4.3 HMGA2 | 第105-106页 |
| 4.5 本章小结 | 第106-107页 |
| 第五章 全文结论 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-119页 |
| 附录 | 第119-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 作者简历 | 第127页 |
