| 致谢 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第13-30页 |
| 1.1 辅抑制因子家族Gro/TLE及其生物学功能 | 第13-16页 |
| 1.1.1 Gro/TLE的结构基础 | 第13-14页 |
| 1.1.2 Gro/TLE蛋白功能多样性 | 第14-15页 |
| 1.1.3 Gro/TLE介导蛋白抑制机理 | 第15-16页 |
| 1.2 Gro/TLE蛋白家族成员 | 第16-17页 |
| 1.3 Gro/TLE蛋白三维结构的研究 | 第17-19页 |
| 1.3.1 人的TLE1 N末端结构域的结构 | 第17-18页 |
| 1.3.2 酵母Tup1 Q结构域的结构 | 第18-19页 |
| 1.4 植物Gro/TLE家族蛋白转录辅抑制因子 | 第19-21页 |
| 1.5 植物转录抑制因子TPL/TPR蛋白 | 第21-24页 |
| 1.5.1 植物胚胎顶端细胞命运决定 | 第21-22页 |
| 1.5.2 TPL/TPR蛋白参与植物信号通路 | 第22-24页 |
| 1.5.2.1 茉莉酮酯酸信号通路中接头蛋白NINJA | 第22-23页 |
| 1.5.2.2 植物生长激素信号通路中的IAA抑制蛋白 | 第23页 |
| 1.5.2.3 独脚金内酯信号通路中的D53抑制蛋白 | 第23-24页 |
| 1.6 植物中的EAR基序介导的转录抑制 | 第24-25页 |
| 1.7 TPL/TPR蛋白在多种生物途径中作为通用辅抑制因子 | 第25-30页 |
| 1.7.1 TPL/TPR蛋白在植物发育程序中作为辅抑制因子 | 第26-27页 |
| 1.7.2 TPL/TPR蛋白在植物激素反应中作为辅抑制因子 | 第27页 |
| 1.7.3 TPL/TPR蛋白在花转变过程中作用 | 第27-30页 |
| 第二章 试验方法和材料 | 第30-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第30-35页 |
| 2.1.1 材料和试剂 | 第30-35页 |
| 2.1.1.1 常用培养基，菌株和细胞 | 第30页 |
| 2.1.1.2 药品与试剂 | 第30-31页 |
| 2.1.1.3 晶体结晶常用试剂盒 | 第31-32页 |
| 2.1.1.4 蛋白表达纯化常用储液与缓冲液 | 第32-33页 |
| 2.1.1.4.1 常用的储液 | 第32页 |
| 2.1.1.4.2 常用的缓冲液 | 第32-33页 |
| 2.1.1.4.3 抗生素的配制 | 第33页 |
| 2.1.1.4.4 IPTG的配制 | 第33页 |
| 2.1.1.5 常用仪器与设备 | 第33-35页 |
| 2.2 实验方法 | 第35-46页 |
| 2.2.1 TPL/TPR基因克隆的构建 | 第35-36页 |
| 2.2.2 TPL/TPR基因的定点突变 | 第36页 |
| 2.2.3 小量表达 | 第36-37页 |
| 2.2.4 beads binding鉴定蛋白表达量 | 第37页 |
| 2.2.5 蛋白大量培养 | 第37-38页 |
| 2.2.6 细菌高压破碎 | 第38页 |
| 2.2.7 Ni-NTA亲和层析柱的处理 | 第38-39页 |
| 2.2.8 样品上Ni-NTA和FPLC洗脱 | 第39页 |
| 2.2.9 酶切，透析 | 第39-40页 |
| 2.2.10 凝胶层析 | 第40页 |
| 2.2.11 硒代甲硫氨酸蛋白的表达 | 第40-41页 |
| 2.2.12 蛋白结晶 | 第41-42页 |
| 2.2.13 数据收集和结构的解析 | 第42-43页 |
| 2.2.14 Alpha Screen功能性实验 | 第43-44页 |
| 2.2.15 哺乳动物双杂交实验 | 第44页 |
| 2.2.16 动态光散射实验（DLS） | 第44-45页 |
| 2.2.17 Thermal shift assay（TSA） | 第45-46页 |
| 第三章 实验结果与分析 | 第46-97页 |
| 3.1 TPL/TPR蛋白质初步研究 | 第46-51页 |
| 3.1.1 TPL/TPR蛋白质基本构成 | 第46页 |
| 3.1.2 EAR基序结合TPL/TPR蛋白质N莫端结构域（NTD） | 第46-50页 |
| 3.1.3 TPL/TPR N末端保守结构域氨基酸序列比对 | 第50-51页 |
| 3.2 TPL/TPR TPD同源蛋白的表达，纯化与结晶 | 第51-58页 |
| 3.2.1 TPL/TPR TPD结构域表达筛选（Beads binding） | 第51-52页 |
| 3.2.2 TPL/TPR TPD蛋白大量表达纯化 | 第52-56页 |
| 3.2.3 TPL/TPR TPD蛋白结晶实验 | 第56-58页 |
| 3.3 OsTPR2 TPD Apo以及其复合物晶体结构解析 | 第58-69页 |
| 3.3.1 Apo OsTPR TPD是一个延伸状四聚体结构 | 第58-64页 |
| 3.3.1.1 Apo OsTPR2 TPD四聚体蛋白结构 | 第58-61页 |
| 3.3.1.2 OsTPR2 TPD四聚体结构鉴定以及结构确认 | 第61-62页 |
| 3.3.1.3 对比OsTPR2 TPD蛋白分子内不同单体结构 | 第62-63页 |
| 3.3.1.4 确定OsTPR2 TPD蛋白分子锌离子 | 第63页 |
| 3.3.1.5 OsTPR2 TPD蛋白结构中的锌指结构 | 第63-64页 |
| 3.3.2 NINJA多肽结合CTLH基序口袋 | 第64-66页 |
| 3.3.2.1 OsTPR2 TPD蛋白与NINJA多肽复合物结构 | 第64-65页 |
| 3.3.2.2 Apo OsTPR2 TPD与NINJA多肽复合物三维结构对比 | 第65-66页 |
| 3.3.2.3 NINJA多肽结合到Os TPR2 TPD蛋白疏水口袋 | 第66页 |
| 3.3.3 OsTPR2 TPD蛋白与IAA10、IAA1多肽复合物结构解析揭示EAR基序结合保守性 | 第66-69页 |
| 3.4 OsTPR2 TPD蛋白关键氨基酸突变分析研究 | 第69-71页 |
| 3.5 EAR基序序列不同与TPD蛋白亲和力存在着差异 | 第71-73页 |
| 3.6 抑制因子不同聚集状态影响与TPD蛋白亲和力 | 第73-74页 |
| 3.7 独角金内酯信号通路中的抑制因子D53蛋白 | 第74-78页 |
| 3.7.1 D53蛋白结构组成 | 第74-75页 |
| 3.7.2 保守EAR基序与辅抑制因子OsTPR2 TPD相互作用 | 第75-78页 |
| 3.8 D53多肽与TPD蛋白复合物的结构 | 第78-80页 |
| 3.9 单独位点1或位点2氨基酸残基突变都不能消除TPD蛋白与D53多肽相互作用 | 第80-84页 |
| 3.10 TPD蛋白与D53多肽作用界面1和 2 同时突变，作用消失 | 第84-86页 |
| 3.11 D53多肽丙氨酸诱变筛选 | 第86-87页 |
| 3.12 D53多肽介导TPD蛋白四聚体相互作用 | 第87-91页 |
| 3.13 TPD蛋白分子间相互作用模式的确认解释了TPL/TPR（N176H）显隐性外显型 | 第91-93页 |
| 3.13.1 TPL/TPR（N176H）表达纯化过程中产生聚集 | 第91-92页 |
| 3.13.2 TPL/TPR（N176H）蛋白聚集是由四聚体相互作用导致 | 第92-93页 |
| 3.14 TPL/TPR与核小体存在相互作用 | 第93-95页 |
| 3.15 D53多肽能够稳定TPD与核小体的相互作用 | 第95-97页 |
| 四 结论与讨论 | 第97-104页 |
| 4.1 结论 | 第97-100页 |
| 4.2 讨论 | 第100-104页 |
| 4.2.1 辅抑制因子TPL/TPR与LxLxL类型EAR基序结合一般机制 | 第100-101页 |
| 4.2.2 为我们了解果蝇和人类Gro/TLE辅抑制因子蛋白N末端相互作用提供分子基础 | 第101页 |
| 4.2.3 辅抑制因子在信号通路中的中心地位 | 第101-102页 |
| 4.2.4 D53是单子叶植物中双向亲和EAR基序 | 第102-103页 |
| 4.2.5 D53多肽诱导OsTPR2 TPD更高层次的聚集 | 第103页 |
| 4.2.6 TPR2 TPD与核小体的组蛋白H3，H4存在相互作用 | 第103页 |
| 4.2.7 D53多肽稳定OsTPR2 TPD与核小体的相互作用 | 第103-104页 |
| 目前存在的问题和下一步计划 | 第104-105页 |
| 蛋白数据库入口PDB号 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-110页 |
| 附录 | 第110-120页 |
| 附表一 TPR2 TPD蛋白晶体的X-ray diffraction以及Refinement数据 | 第110-111页 |
| 附表二 OsTPR2 TPD与NINJA，IAA10，IAA1蛋白复合物结构的晶体衍射以及Refinement数据 | 第111-112页 |
| 附表三 OsTPR2 TPD WT及位点突变蛋白与D53多肽蛋白复合物结构的晶体衍射以及Refinement数据 | 第112-113页 |
| 附录四 11个EAR基序相对WT NINJA多肽的亲和力 | 第113-114页 |
| 附录五 IAA10多肽氨基酸突变对亲和力的影响 | 第114-115页 |
| 附录六 D53多肽丙氨酸诱变多肽相对WT D53多肽的亲和力 | 第115-116页 |
| 附录七 用于蛋白表达和纯化的TPL/TPR TPD同源基因氨基酸序列 | 第116-120页 |
| 作者简历 | 第120页 |
| 发表文章目录 | 第120页 |
