| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-36页 |
| ·长非编码RNA | 第18-23页 |
| ·长非编码RNA | 第18页 |
| ·长非编码RNA的特征 | 第18-20页 |
| ·长非编码RNA的作用机制 | 第20-21页 |
| ·长非编码RNA的功能 | 第21-23页 |
| ·研究背景与意义 | 第23-26页 |
| ·二代测序成为主流生物实验技术 | 第23页 |
| ·长非编码RNA成为热点研究领域 | 第23-24页 |
| ·家养动物十分重要 | 第24页 |
| ·挑战和意义 | 第24-26页 |
| ·国内外研究现状 | 第26-31页 |
| ·区分编码和非编码转录本 | 第26-28页 |
| ·鉴定长非编码RNA | 第28-30页 |
| ·长非编码RNA数据库 | 第30页 |
| ·长非编码RNA与其他细胞因子的交互 | 第30-31页 |
| ·主要内容及章节安排 | 第31-36页 |
| ·主要内容 | 第31-33页 |
| ·章节安排 | 第33-36页 |
| 第二章 基于k-mer方案的长非编码RNA和mRNA判定方法 | 第36-54页 |
| ·概述 | 第36-37页 |
| ·方法 | 第37-43页 |
| ·训练数据和测试数据描述 | 第38页 |
| ·构建含有indel测序错误的仿真数据集 | 第38-41页 |
| ·预处理含有indel测序错误的真实数据集 | 第41-42页 |
| ·改进的k-mer方案 | 第42-43页 |
| ·构建分类模型 | 第43页 |
| ·结果 | 第43-49页 |
| ·mRNA和lncRNA有不同的k-mer使用频率 | 第43-44页 |
| ·跨物种预测的准确性 | 第44-45页 |
| ·几个工具在小鼠数据集上的准确性比较 | 第45-47页 |
| ·仿真数据上对indel测序错误的鲁棒性 | 第47页 |
| ·含有indel测序错误的真实数据集上的鲁棒性 | 第47-48页 |
| ·计算性能 | 第48-49页 |
| ·讨论 | 第49-51页 |
| ·小结 | 第51-54页 |
| 第三章 家养动物长非编码RNA鉴定和数据库平台构建 | 第54-78页 |
| ·概述 | 第54-55页 |
| ·方法 | 第55-66页 |
| ·鉴定lncRNA使用的数据集 | 第55-59页 |
| ·鉴定lncRNA的流程 | 第59-61页 |
| ·表达谱分析 | 第61-64页 |
| ·数据库构建 | 第64-66页 |
| ·结果 | 第66-75页 |
| ·家养动物lncRNA数据 | 第66页 |
| ·家养动物lncRNA和mRNA基因表达数据 | 第66页 |
| ·数据库平台 | 第66-74页 |
| ·数据库平台使用案例分析 | 第74-75页 |
| ·可用性和后续工作 | 第75页 |
| ·讨论 | 第75-76页 |
| ·小结 | 第76-78页 |
| 第四章 识别家养动物RNA交互关系和构建分析平台 | 第78-90页 |
| ·概述 | 第78-79页 |
| ·RNA交互关系的识别 | 第79-81页 |
| ·miRNA-mRNA交互关系的识别 | 第79-81页 |
| ·miRNA-lncRNA交互关系的识别 | 第81页 |
| ·SNP对RNA交互关系的影响 | 第81-83页 |
| ·miRNA中的SNP对RNA交互关系的影响 | 第81-82页 |
| ·靶标区域中的SNP对RNA交互关系的影响 | 第82-83页 |
| ·miRBond数据存储与分析平台 | 第83-88页 |
| ·平台构建 | 第83-84页 |
| ·RNA-RNA交互关系分析平台 | 第84-88页 |
| ·小结 | 第88-90页 |
| 第五章 总结与展望 | 第90-94页 |
| ·总结 | 第90-91页 |
| ·后续工作与展望 | 第91-94页 |
| 附录A 使用PLEKModelling.py创建新的分类器 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-108页 |
| 致谢 | 第108-110页 |
| 作者简介 | 第110-112页 |
