| 摘要 | 第1-15页 |
| Abstract | 第15-21页 |
| 符号说明及缩写词 | 第21-23页 |
| 第一章 文献综述 | 第23-55页 |
| ·质粒概述 | 第23-33页 |
| ·质粒的定义 | 第23-24页 |
| ·质粒基因组 | 第24-31页 |
| ·质粒的作用 | 第31-33页 |
| ·质粒的稳定保存 | 第33-40页 |
| ·质粒存在矛盾论 | 第33-34页 |
| ·解决质粒矛盾论：共同进化的作用 | 第34-36页 |
| ·质粒保存机制 | 第36-40页 |
| ·细菌基因组进化 | 第40-44页 |
| ·原核生物基因组的结构和进化 | 第40-42页 |
| ·细菌的实验室进化 | 第42-43页 |
| ·实验室进化中恒定的细菌基因组进化速率 | 第43-44页 |
| ·粘细菌概述 | 第44-50页 |
| ·粘细菌的生理特点 | 第44-45页 |
| ·粘细菌基因组进化 | 第45-48页 |
| ·粘细菌的遗传学研究 | 第48-50页 |
| ·本课题开展思路及研究内容 | 第50-55页 |
| 第二章 pMF1遗传稳定区功能模式研究 | 第55-97页 |
| ·实验材料 | 第56-63页 |
| ·菌株与质粒 | 第56页 |
| ·培养基 | 第56-57页 |
| ·实验试剂 | 第57-61页 |
| ·仪器设备 | 第61-63页 |
| ·数据库及分析软件 | 第63页 |
| ·实验方法 | 第63-82页 |
| ·质粒复制中间体的提取 | 第63-64页 |
| ·Southern Blot检测复制中间体中的单链DNA | 第64-69页 |
| ·par loci基因改造策略 | 第69页 |
| ·质粒稳定性测定 | 第69-70页 |
| ·蛋白异源表达与纯化 | 第70-73页 |
| ·EMSA检测蛋白与DNA的相互作用 | 第73-75页 |
| ·ParB与ParC相互作用检测 | 第75-79页 |
| ·GST-pulldown检测ParC与ParA的相互作用 | 第79-81页 |
| ·ParC蛋白结晶与结构获得 | 第81-82页 |
| ·实验结果与讨论 | 第82-95页 |
| ·pMF1的复制方式为theta型 | 第82-83页 |
| ·parC在par loci发挥功能过程中具有重要的作用 | 第83-85页 |
| ·parC在粘球菌宿主M.xantus DZ1中表达 | 第85-86页 |
| ·ParC生物信息学分析 | 第86-87页 |
| ·ParC增强ParB与DNA的结合作用 | 第87-88页 |
| ·ParC与par loci及ori均没有结合 | 第88-89页 |
| ·ParC与ParB没有相互作用 | 第89-92页 |
| ·ParA蛋白的异源表达与纯化 | 第92-93页 |
| ·GST-pulldown检测ParC与ParA的相互作用 | 第93页 |
| ·ParC蛋白以多聚体的形式存在 | 第93-94页 |
| ·ParC蛋白晶体获得 | 第94-95页 |
| ·本章小结 | 第95-97页 |
| 第三章 pMF1质粒基因组组成分析 | 第97-119页 |
| ·实验材料 | 第98-100页 |
| ·菌株与质粒 | 第98页 |
| ·培养基 | 第98页 |
| ·实验试剂 | 第98-100页 |
| ·仪器设备 | 第100页 |
| ·数据库及分析软件 | 第100页 |
| ·实验方法 | 第100-106页 |
| ·pMF1.1-pMF1.5/pZJY41载体构建 | 第100-102页 |
| ·大肠杆菌接合实验 | 第102-103页 |
| ·链特异性转录组分析pMF1质粒基因转录水平及操纵子组成 | 第103-104页 |
| ·PCR检测pMF1质粒操纵子组成 | 第104-105页 |
| ·荧光定量PCR检测pMF1质粒基因转录水平 | 第105-106页 |
| ·实验结果与分析 | 第106-117页 |
| ·pMF1质粒编码蛋白功能预测 | 第106-110页 |
| ·pMF1.1-pMF1.5接合功能验证 | 第110-111页 |
| ·pMF1操纵子组成 | 第111-113页 |
| ·pMF1基因转录水平 | 第113-117页 |
| ·本章小结 | 第117-119页 |
| 第四章 pMF1宿主M.fulvus 124B02基因组学 | 第119-145页 |
| ·实验材料 | 第120页 |
| ·菌株与质粒 | 第120页 |
| ·培养基 | 第120页 |
| ·实验试剂 | 第120页 |
| ·实验方法 | 第120-126页 |
| ·粘细菌gDNA的提取 | 第120-121页 |
| ·M.fulvus 124B02全细胞脂肪酸测定 | 第121页 |
| ·基因组测序与组装 | 第121-124页 |
| ·基因组注释 | 第124-125页 |
| ·比较基因组学分析 | 第125页 |
| ·数据统计分析 | 第125-126页 |
| ·实验结果与分析 | 第126-143页 |
| ·橙色粘球菌124B02的菌株特征 | 第126-127页 |
| ·M.fulvus 124B02基因组特征 | 第127-129页 |
| ·M.fulvus 124B02比较基因组学 | 第129-143页 |
| ·本章小结 | 第143-145页 |
| 第五章 pMF1对宿主进化的影响 | 第145-171页 |
| ·实验材料 | 第146-147页 |
| ·菌株与质粒 | 第146页 |
| ·培养基 | 第146页 |
| ·实验试剂 | 第146页 |
| ·仪器设备 | 第146-147页 |
| ·实验方法 | 第147-151页 |
| ·质粒消除 | 第147-148页 |
| ·124B02相关菌株表型性质分析 | 第148-149页 |
| ·实验室传代 | 第149-150页 |
| ·菌株基因组重测序 | 第150-151页 |
| ·粘球菌质粒提取 | 第151页 |
| ·实验结果 | 第151-170页 |
| ·pMF1质粒消除 | 第151-154页 |
| ·pMF1的消除不影响M.fulvus 124B02的表型 | 第154-155页 |
| ·不同菌株在3种传代条件中的表型分析 | 第155-159页 |
| ·pMF1质粒的稳定存在具有条件依赖性 | 第159-163页 |
| ·pMF1质粒在DC条件下稳定存在机制 | 第163-166页 |
| ·pMF1降低宿主M.fulvus 124B02基因组突变率 | 第166-167页 |
| ·pMF1降低宿主M.fulvus 124B02基因组突变率机制 | 第167-170页 |
| ·本章小结 | 第170-171页 |
| 全文总结与展望 | 第171-173页 |
| 附录 论文中用到的主要引物 | 第173-181页 |
| 参考文献 | 第181-191页 |
| 致谢 | 第191-193页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第193-194页 |
| 附件 | 第194-223页 |
| 学位论文评阅及答辩情况隶 | 第223页 |
