| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-18页 |
| ·分子进化概述 | 第12页 |
| ·一些常见的概念 | 第12-14页 |
| ·常用系统树构建方法 | 第14页 |
| ·系统发育树构建的主要步骤 | 第14-15页 |
| ·类黄酮生物合成途径研究进展 | 第15-18页 |
| 第2章 引言 | 第18-20页 |
| ·研究背景 | 第18-19页 |
| ·本研究的意义 | 第19-20页 |
| 第3章 研究对象与技术路线 | 第20-28页 |
| ·研究对象 | 第20-23页 |
| ·研究对象的设置 | 第20-21页 |
| ·研究对象数据的获取 | 第21-23页 |
| ·技术路线 | 第23-28页 |
| ·分析流程简述 | 第23-24页 |
| ·双向Blast提取数据 | 第24-25页 |
| ·结构域分析 | 第25页 |
| ·直系同源基因拷贝数统计 | 第25页 |
| ·全局比对 | 第25-26页 |
| ·最优系统发育模型预测 | 第26页 |
| ·重建并检验系统发育树 | 第26页 |
| ·密码子偏爱性分析 | 第26页 |
| ·选择压力分析及正选择位点检测 | 第26-27页 |
| ·蛋白质理化性质分析 | 第27-28页 |
| 第4章 同源基因拷贝数的差异及其系统发生 | 第28-36页 |
| ·同源基因拷贝数分析 | 第28-30页 |
| ·各位点同源基因系统发育重建 | 第30-36页 |
| ·C4H同源基因间系统发育图 | 第30-31页 |
| ·CHS同源基因间系统发育图 | 第31页 |
| ·CHI同源基因间系统发育图 | 第31-32页 |
| ·F3H同源基因间系统发育图 | 第32页 |
| ·F3'H同源基因间系统发育图 | 第32-33页 |
| ·F3'5'H同源基因间系统发育图 | 第33页 |
| ·DFR同源基因间系统发育图 | 第33-34页 |
| ·LDOX/ANS同源基因间系统发育图 | 第34页 |
| ·ANR同源基因间系统发育图 | 第34-36页 |
| 第5章 相关基因结构及重要特征分析 | 第36-46页 |
| ·直系同源基因结构差异分析 | 第36-38页 |
| ·同源基因密码子偏爱性分析 | 第38-43页 |
| ·序列GC含量分析 | 第43-46页 |
| 第6章 蛋白质水平的分子进化分析 | 第46-74页 |
| ·直系同源蛋白序列差异分析 | 第46-48页 |
| ·同源蛋白序列差异分析 | 第48-51页 |
| ·直系同源蛋白的系统发育重建 | 第51-57页 |
| ·同源蛋白的系统发育重建 | 第57-61页 |
| ·C4H同源蛋白间系统发育图 | 第57页 |
| ·CHS同源蛋白间系统发育图 | 第57-58页 |
| ·CHI同源蛋白间系统发育图 | 第58页 |
| ·F3H同源蛋白间系统发育图 | 第58-59页 |
| ·F3'H同源蛋白间系统发育图 | 第59页 |
| ·F3'5'H同源蛋白间系统发育图 | 第59-60页 |
| ·DFR同源蛋白间系统发育图 | 第60页 |
| ·LDOX/ANS同源蛋白间系统发育图 | 第60-61页 |
| ·ANR同源蛋白间系统发育图 | 第61页 |
| ·直系同源蛋白的理化性质分析 | 第61-64页 |
| ·同源蛋白的理化性质分析 | 第64-74页 |
| ·云薹属同源蛋白理化性质 | 第64-66页 |
| ·蔷薇科同源蛋白理化性质 | 第66-69页 |
| ·豆科同源蛋白理化性质 | 第69-72页 |
| ·禾本科同源蛋白理化性质 | 第72-74页 |
| 第7章 选择压力及祖先状态重建 | 第74-76页 |
| 第8章 人工微染色体的系统发育分析 | 第76-78页 |
| 第9章 总结 | 第78-80页 |
| ·上游类黄酮基因的旁系同源基因之间已显著歧化和分型,并具有植物类群特征 | 第78页 |
| ·CHS拷贝数高的物种,F3'H的拷贝数可能也高 | 第78页 |
| ·不同科物种的类黄酮生物合成途径密码子偏爱性有很大差异 | 第78页 |
| ·不同科物种的类黄酮生物合成途径基因的GC含量有很大差异 | 第78页 |
| ·单一位点的分子进化无法代表其所在的代谢途径的进化,单一的代谢途径的进化无法代表整个物种的进化 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-86页 |
| 附录1 | 第86-108页 |
| 附图1 C4H多重比对图 | 第86-88页 |
| 附图2 CHS多重比对图 | 第88-92页 |
| 附图3 CHI多重比对图 | 第92-94页 |
| 附图4 F3H多重比对图 | 第94-95页 |
| 附图5 F3'H多重比对图 | 第95-101页 |
| 附图6 F3'5'H多重比对图 | 第101-102页 |
| 附图7 DFR多重比对图 | 第102-104页 |
| 附图8 LDOX/ANS多重比对图 | 第104-106页 |
| 附图9 ANR多重比对图 | 第106-108页 |
| 附录2 物种基因数据来源网站 | 第108-110页 |
| 附录3 基因label、物种、locus对照表 | 第110-118页 |
| 致谢 | 第118-120页 |
| 在校期间发表论文及参与项目 | 第120页 |
