| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-51页 |
| 1. 基于质谱的蛋白质组学 | 第13-31页 |
| ·蛋白质组学简介 | 第13页 |
| ·生物质谱技术 | 第13-18页 |
| ·离子源 | 第14-15页 |
| ·基质辅助激光解析离子化(MALDI) | 第14页 |
| ·电喷雾离子化(ESI) | 第14-15页 |
| ·质量分析器和离子检测器 | 第15-18页 |
| ·四级杆质量分析器(quadrupole,Q) | 第16页 |
| ·飞行时间质量分析器(time offlight,TOF) | 第16-17页 |
| ·离子阱质量分析器(ion trap,IT) | 第17-18页 |
| ·傅里叶变换-离子回旋共振质量分析器及Orbitrap质量分析器 | 第18页 |
| ·基于质谱的蛋白质组学研究 | 第18-31页 |
| ·蛋白质的鉴定 | 第19-21页 |
| ·自下而上(Bottom-up)鉴定蛋白的策略 | 第19-20页 |
| ·自上而下(Top-down)鉴定蛋白的策略 | 第20页 |
| ·蛋白质组学分离技术 | 第20-21页 |
| ·蛋白质翻译后修饰的蛋白质组学研究 | 第21-25页 |
| ·磷酸化蛋白质组学研究 | 第21-24页 |
| ·糖基化蛋白质组学研究 | 第24-25页 |
| ·蛋白质定量 | 第25-31页 |
| ·基于一维胶和二维胶的定量 | 第25-27页 |
| ·Label-free定量 | 第27页 |
| ·化学标记定量 | 第27-30页 |
| ·稳定同位素代谢标记定量 | 第30-31页 |
| 2. 病毒蛋白质组学概述 | 第31-51页 |
| ·病毒粒子的蛋白质组学研究 | 第32-39页 |
| ·DNA病毒 | 第36-38页 |
| ·疱疹病毒 | 第36-37页 |
| ·白斑综合症病毒 | 第37-38页 |
| ·其他DNA病毒 | 第38页 |
| ·RNA病毒 | 第38-39页 |
| ·病毒的蛋白相互作用组学 | 第39-43页 |
| ·酵母双杂交 | 第40-41页 |
| ·亲和纯化 | 第41-42页 |
| ·免疫沉淀 | 第42-43页 |
| ·病毒引起的宿主差异蛋白组学 | 第43-51页 |
| ·流感病毒 | 第43-44页 |
| ·登革病毒 | 第44-45页 |
| ·乙型肝炎病毒 | 第45-46页 |
| ·SARS冠状病毒 | 第46-51页 |
| 第二章 HearNPV两种病毒粒子的比较蛋白质组学研究 | 第51-82页 |
| 1. 引言 | 第51-52页 |
| 2 材料与方法 | 第52-60页 |
| ·细胞培养和病毒纯化 | 第52页 |
| ·ODV和BV核衣壳和囊膜组分分离 | 第52-53页 |
| ·SDS-PAGE电泳和胶内酶解 | 第53页 |
| ·溶液内酶解 | 第53-54页 |
| ·C18柱脱盐 | 第54页 |
| ·iTRAQ标记 | 第54页 |
| ·HILIC色谱分离 | 第54-55页 |
| ·SCX色谱分离 | 第55页 |
| ·Ziptip C18脱盐 | 第55-56页 |
| ·IMAC富集磷酸化肽段 | 第56-57页 |
| ·SPEG富集N-糖基化肽段 | 第57页 |
| ·LC-MS/MS分析 | 第57-58页 |
| ·质谱数据分析 | 第58-59页 |
| ·磷酸化位点确定性分析 | 第59页 |
| ·数据的统计学分析 | 第59-60页 |
| ·蛋白免疫印迹 | 第60页 |
| 3 实验结果 | 第60-76页 |
| ·SDS-PAGE分离蛋白何胶内酶解质谱分析 | 第60-61页 |
| ·“鸟枪法”分析BV,ODV蛋白 | 第61-62页 |
| ·iTRAQ方法对病毒蛋白的亚细胞定位 | 第62-67页 |
| ·蛋白免疫印迹对病毒蛋白的亚细胞定位 | 第67-70页 |
| ·病毒粒子的翻译后修饰蛋白质组学研究 | 第70-75页 |
| ·病毒粒子相关的宿主蛋白 | 第75-76页 |
| 4. 讨论 | 第76-81页 |
| ·病毒粒子蛋白组成 | 第76-79页 |
| ·病毒粒子蛋白的翻译后修饰 | 第79-80页 |
| ·和病毒相关的宿主蛋白 | 第80页 |
| ·本研究所使用的方法对其他病毒蛋白质组学研究的意义 | 第80-81页 |
| 5. 小结 | 第81-82页 |
| 第三章 日本乙型脑炎病毒入侵HeLa细胞的定量蛋白质组学分析 | 第82-117页 |
| 1. 前言 | 第82-83页 |
| 2. 实验方法和材料 | 第83-93页 |
| ·病毒和细胞培养 | 第83页 |
| ·SILAC培养基配制及细胞培养 | 第83-84页 |
| ·病毒感染细胞 | 第84-85页 |
| ·核质分离 | 第85-86页 |
| ·溶液内酶解和C18脱盐 | 第86页 |
| ·SCX分离肽段和Ziptip C18脱盐 | 第86-87页 |
| ·LC-MS/MS分析样品 | 第87页 |
| ·蛋白质鉴定 | 第87-88页 |
| ·蛋白质定量 | 第88页 |
| ·Gene Ontology分析 | 第88页 |
| ·STRING分析和Cytoscape作图 | 第88-89页 |
| ·蛋白免疫印迹 | 第89页 |
| ·免疫荧光 | 第89-90页 |
| ·细胞RNA的提取 | 第90页 |
| ·反转录 | 第90-91页 |
| ·PCR和琼脂糖电泳 | 第91页 |
| ·qRT-PCR | 第91页 |
| ·RNA转染 | 第91-92页 |
| ·RNA和DNA共转染 | 第92页 |
| ·双荧光素酶报告基因测定 | 第92页 |
| ·空斑实验 | 第92-93页 |
| 3. 实验结果 | 第93-112页 |
| ·JEV在HeLa细胞中的活性检测 | 第93-95页 |
| ·定量蛋白质组学分析 | 第95-97页 |
| ·蛋白免疫印迹验证质谱数据 | 第97页 |
| ·免疫荧光检测变化蛋白 | 第97-100页 |
| ·Gene Ontology分析 | 第100-101页 |
| ·STRING分析 | 第101-105页 |
| ·显著变化蛋白对JEV复制的影响 | 第105-109页 |
| ·IFITM3,RANBP2,SAMD9和VAMP8功能的探索 | 第109-112页 |
| 4. 讨论 | 第112-116页 |
| 5. 小结 | 第116-117页 |
| 第四章 总结与展望 | 第117-118页 |
| 引用文献 | 第118-137页 |
| 附表 | 第137-150页 |
| 英文缩写对照表 | 第150-152页 |
| 攻博期间发表的科研成果 | 第152-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
