| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-26页 |
| ·基因组遗传变异简述 | 第12-15页 |
| ·基因组序列多态性 | 第12页 |
| ·基因组结构变异 | 第12-13页 |
| ·转座元件与基因组进化 | 第13-15页 |
| ·获得与缺失变异的研究进展 | 第15-17页 |
| ·获得与缺失变异概况 | 第15页 |
| ·植物中 PAVs 的研究进展 | 第15-17页 |
| ·全基因组关联分析 | 第17-19页 |
| ·关联分析的策略 | 第17-18页 |
| ·关联分析在植物中的应用 | 第18-19页 |
| ·能源植物甜高粱 | 第19-23页 |
| ·高粱简介 | 第19-20页 |
| ·高粱遗传改良 | 第20-21页 |
| ·高粱基因组测序及比较基因组学研究 | 第21-23页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第23-24页 |
| ·课题来源与本研究的主要内容 | 第24-26页 |
| ·本研究课题的来源 | 第24-25页 |
| ·本论文的主要研究内容 | 第25页 |
| ·本研究的特色及创新点 | 第25-26页 |
| 第2章 材料和方法 | 第26-40页 |
| ·实验材料 | 第26-29页 |
| ·植物材料 | 第26-27页 |
| ·数据库资源 | 第27页 |
| ·分子生物学试剂及生化试剂 | 第27页 |
| ·常用溶液及培养基的配制 | 第27-28页 |
| ·菌种和质粒 | 第28-29页 |
| ·主要仪器设备 | 第29页 |
| ·实验方法 | 第29-40页 |
| ·植物基因组 DNA 提取 | 第29-30页 |
| ·聚合酶链式反应（PCR） | 第30-31页 |
| ·Southern blots 杂交方法 | 第31-34页 |
| ·PAVs分型 | 第34页 |
| ·基因功能注释及富集分析 | 第34-35页 |
| ·基因的染色体定位和共线性分析 | 第35-36页 |
| ·PAVs 形成机制分析 | 第36-37页 |
| ·群体结构分析 | 第37-38页 |
| ·遗传进化分析 | 第38页 |
| ·连锁不平衡分析 | 第38-39页 |
| ·田间试验设计 | 第39页 |
| ·农艺性状调查 | 第39-40页 |
| 第3章 高粱基因组内获得与缺失变异的挖掘及分析 | 第40-52页 |
| ·引言 | 第40-41页 |
| ·高粱基因组内 PAVS的挖掘 | 第41-45页 |
| ·高粱基因组内存在大量的 PAVs | 第41-42页 |
| ·PAVs对基因组序列的影响 | 第42-43页 |
| ·PAVs在基因组上的分布 | 第43-44页 |
| ·PAV在染色体上的分布 | 第44-45页 |
| ·PAVS的功能分析 | 第45-47页 |
| ·PAVs影响基因情况 | 第45-46页 |
| ·基因功能富集分析 | 第46-47页 |
| ·品种间 PAVS 的分布及影响 | 第47-48页 |
| ·本章小结 | 第48-52页 |
| 第4章 高粱基因组内大片段获得与缺失变异（LSPAVS）的验证和分析 | 第52-68页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·高粱基因组内 LSPAVS 的挖掘 | 第53-55页 |
| ·多聚酶链式反应验证 LSPAVS | 第55-57页 |
| ·Pairwise-PCR原理 | 第55-56页 |
| ·Pairwise-PCR方法验证 lsPAVs | 第56-57页 |
| ·lsPAVs断点多态性 | 第57页 |
| ·SOUTHERN杂交验证 LSPAVS | 第57-59页 |
| ·Southern杂交验证 lsPAVs 原理 | 第57-58页 |
| ·Southern杂交验证 lsPAVs | 第58-59页 |
| ·LSPAVS 断点确定 | 第59-60页 |
| ·LSPAVS 遗传力分析 | 第60-64页 |
| ·lsPAVs 在遗传分离群体中的分析 | 第60-63页 |
| ·遗传分离群体中偏分离现象 | 第63-64页 |
| ·LSPAVS 染色体的分布 | 第64-66页 |
| ·本章小结 | 第66-68页 |
| 第5章 高粱 LSPAVS染色体分布及其影响基因的功能分析 | 第68-84页 |
| ·引言 | 第68页 |
| ·LSPAVS影响的基因功能分析 | 第68-75页 |
| ·lsPAVs影响基因的染色体分布 | 第68-69页 |
| ·基因功能注释 | 第69-72页 |
| ·GO 富集分析 | 第72-74页 |
| ·KEGG代谢途径富集分析 | 第74页 |
| ·蛋白质结构域分析 | 第74-75页 |
| ·LSPAVS序列特征及形成机理分析 | 第75-79页 |
| ·lsPAV 序列特征分析 | 第75-77页 |
| ·DNA 转座子在 lsPAVs 形成中的作用 | 第77-78页 |
| ·lsPAVs形成机理分析 | 第78-79页 |
| ·LSPAVS同线性分析 | 第79-81页 |
| ·本章小结 | 第81-84页 |
| 第6章 高粱基因组内LSPAVS遗传多样性分析 | 第84-96页 |
| ·引言 | 第84-85页 |
| ·高粱自交系的收集及创制 | 第85-87页 |
| ·LSPAVS遗传多样性分析 | 第87-90页 |
| ·不同分布频率的LSPAVS功能及序列特征分析 | 第90-93页 |
| ·不同分布频率的LsPAVs分类 | 第90页 |
| ·不同分布频率的lsPAVs功能分析 | 第90-92页 |
| ·序列特征分析 | 第92-93页 |
| ·高粱自然品种进化分析 | 第93-94页 |
| ·本章小结 | 第94-96页 |
| 第7章 高粱基因组内LSPAVS与重要农艺性状的关联分析 | 第96-106页 |
| ·引言 | 第96页 |
| ·高粱农艺性状调查及相关性分析 | 第96-98页 |
| ·高粱自然群体结构分析 | 第98-99页 |
| ·标记间连锁不平衡水平 | 第99-100页 |
| ·LSPAVS与重要农艺性状之间关联分析 | 第100-104页 |
| ·关联分析结果 | 第100-103页 |
| ·与籽实产量性状相关的lsPAVs | 第103-104页 |
| ·与高粱穗长性状相关的lsPAVs | 第104页 |
| ·本章小结 | 第104-106页 |
| 第8章 结论 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-122页 |
| 附录 | 第122-138页 |
| 附表 1. 51 个LSPAVS基本信息 | 第122-126页 |
| 附表 2. LSPAVS影响的 202 个基因信息 | 第126-132页 |
| 附表 3. 96个高粱自然品种信息 | 第132-136页 |
| 附表 4. 51个LSPAVS序列特征信息 | 第136-138页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第138-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
