| 缩略语表 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| Introduction | 第14-16页 |
| 文献回顾 | 第16-47页 |
| 1 转录组学概述 | 第16-17页 |
| 2 转录组学研究的传统方法 | 第17-34页 |
| 3 基于新一代测序技术的高通量转录组学研究方法 | 第34-45页 |
| 4 肝癌的转录组学研究 | 第45-47页 |
| Study contents | 第47-86页 |
| Part 1：HCC sample preparation and RNA-sequencing | 第47-65页 |
| 1 materials | 第47-48页 |
| ·Patients and tissue specimens | 第47页 |
| ·Regents | 第47-48页 |
| ·Experimental equipment | 第48页 |
| 2 Methods | 第48-57页 |
| 3 Results | 第57-64页 |
| ·The clinical features of the patients | 第57-58页 |
| ·Total RNA concentration and integrity test | 第58-59页 |
| ·RNA-seq analysis of 10 matched pairs of HCC and adjacent non-cancerous tissues | 第59-60页 |
| ·evaluation of data quality and sequencing depth required for transcriptome analysis | 第60-62页 |
| ·Comparison between RNA-seq and microarray | 第62-64页 |
| 4 Discussion | 第64-65页 |
| Part 2 Global analysis of HCC transcriptome | 第65-86页 |
| 1 Material | 第65页 |
| ·Experimental Equipment | 第65页 |
| ·Reagents | 第65页 |
| 2 Method | 第65-70页 |
| ·RNA extraction | 第65页 |
| ·RT-PCR | 第65-66页 |
| ·Real time RT-PCR | 第66页 |
| ·TaqMan RT-PCR | 第66页 |
| ·SYBGreen RT-PCR | 第66页 |
| ·Primers or Probes and PCR conditions for real time RT-PCR | 第66-70页 |
| ·Global analysis of RNA-seq data | 第70页 |
| ·Alignment of sequenced reads | 第70页 |
| ·Evaluation of data quality and sequencing depth | 第70页 |
| ·Differential expression analysis of gene, exon and novel exon-exon junction | 第70页 |
| ·Comparison between RNA-seq and public microarray data | 第70页 |
| ·Functional annotation and positional gene enrichment analysis | 第70页 |
| ·Identification of novel differentially expressed exon-exon junctions | 第70页 |
| 3 Results | 第70-82页 |
| ·Differential gene expression and validation | 第70-73页 |
| ·The chromosome locations of DEGs | 第73-74页 |
| ·Functional annotation of DEGs | 第74-76页 |
| ·Exon expression level analysis | 第76-81页 |
| ·Identification of novel DE exon-exon junctions | 第81-82页 |
| 4 Discussion | 第82-86页 |
| conclusion | 第86-87页 |
| Supplementary | 第87-97页 |
| Supplementary 1 | 第87页 |
| Supplementary 2 | 第87-93页 |
| Supplementary 3 | 第93-94页 |
| Supplementary 4 | 第94页 |
| Supplementary 5 | 第94-95页 |
| Supplementary 6 | 第95-97页 |
| References | 第97-112页 |
| 个人简历和研究成果 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113页 |
