| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-17页 |
| ·基因组学简介 | 第9-13页 |
| ·遗传物质及基因组学 | 第9-10页 |
| ·微生物基因组学研究现况 | 第10-11页 |
| ·生物信息学和微生物基因组学 | 第11-13页 |
| ·基因组注释及现况 | 第13-15页 |
| ·基因组转录和表达 | 第15页 |
| ·本文结构 | 第15-17页 |
| 第二章 基因组研究方法 | 第17-27页 |
| ·基因注释简介 | 第17-19页 |
| ·数据库搜索与序列比对 | 第17-18页 |
| ·生物信息数据库 | 第18-19页 |
| ·基因注释及方法 | 第19-22页 |
| ·基因注释软件与新基因发现 | 第19-20页 |
| ·冗余注释基因的识别 | 第20-22页 |
| ·高表达基因的识别 | 第22-23页 |
| ·必需基因及其识别 | 第23-24页 |
| ·基因组岛及其识别 | 第24-25页 |
| ·识别药靶基因 | 第25-27页 |
| 第三章 极端古生嗜气热棒菌基因组重新注释 | 第27-36页 |
| ·材料和方法 | 第27-28页 |
| ·结果与讨论 | 第28-36页 |
| ·新基因 | 第28-30页 |
| ·识别非编码基因 | 第30-31页 |
| ·进一步验证25个ORFs的非编码性 | 第31-33页 |
| ·功能注释 | 第33-36页 |
| 第四章 针对脑膜炎奈瑟菌的药靶基因预测 | 第36-47页 |
| ·数据和方法 | 第37-40页 |
| ·数据 | 第37-38页 |
| ·预测新基因和基因组岛 | 第38-39页 |
| ·生物信息学方法预测必需基因和高表达基因 | 第39页 |
| ·优化药靶基因 | 第39-40页 |
| ·结果与讨论 | 第40-47页 |
| ·新基因和基因组岛 | 第40-43页 |
| ·必需基因,高表达基因和基因组岛 | 第43-44页 |
| ·同源性筛选 | 第44-45页 |
| ·药靶基因的进一步优化 | 第45-47页 |
| 第五章 多个基因组中TRNA使用和氨基酸使用关系研究 | 第47-52页 |
| ·材料和方法 | 第47-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-52页 |
| ·TRNA使用与氨基酸使用间呈共变关系 | 第48-49页 |
| ·基因组成如何影响该共变关系 | 第49-50页 |
| ·表达水平影响共变关系 | 第50-52页 |
| 第六章 结论与展望 | 第52-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-62页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第62页 |