用加强的后缀数组查找MUM

摘要	第1-5页
Abstract	第5-8页
第一章 绪论	第8-12页
·引言	第8-10页
·本文的主要工作	第10-12页
第二章 整基因组比对	第12-26页
·背景	第12-13页
·MUMmer的产生	第13-14页
·MUMmer的系统演化	第14-25页
·MUM的定义	第14-15页
·MUMmer1	第15-22页
·MUMmer2	第22-24页
·MUMmer3	第24-25页
·总结	第25-26页
第三章 加强的后缀数组	第26-46页
·概述	第26-27页
·基本定义	第27-28页
·后缀数组基本信息的计算	第28-33页
·后缀数组的构造	第28-31页
·线性时间的lcp计算	第31-33页
·后缀数组的lcp-interval树	第33-36页
·lcp interval	第33-34页
·lcp-interval树	第34-36页
·自顶向下遍历	第36-41页
·child表的构造	第37-39页
·以常量的时间确定孩子interval	第39-40页
·一个例子：怎样确定串P在串S中的出现	第40-41页
·加入后缀链	第41-43页
·后缀链	第41-42页
·一个简单的后缀链表的构造算法	第42-43页
·实现细节	第43-46页
·lcp表	第43页
·child表	第43-44页
·后缀链表	第44-46页
第四章 用加强的后缀数组替换后缀树查找MUM	第46-60页
·概述	第46页
·基于加强的后缀数组性质计算MUM的算法	第46-49页
·查找两基因组间的MUM	第46-48页
·查找多个基因组间的MUM	第48-49页
·基于加强的后缀数组的流匹配算法	第49-56页
·一个线性时间的后缀链interval的构造算法	第50-53页
·计算MUM的流匹配算法	第53-56页
·实验结果及分析	第56-60页
第五章 结束语	第60-62页
致谢	第62-64页
参考文献	第64-68页
研究成果	第68页