HIV-1IN与抑制剂的分子对接研究
| 第一章 计算机辅助药物设计 | 第1-53页 |
| ·药物作用的基本理论 | 第12-34页 |
| ·受体学说及药物受体相互作用的方式和本质 | 第13-18页 |
| ·占领学说 | 第14页 |
| ·亲和力和内在活性学说 | 第14-15页 |
| ·绞链学说 | 第15页 |
| ·速率学说 | 第15页 |
| ·诱导契合学说 | 第15-16页 |
| ·大分子微扰学说 | 第16-17页 |
| ·二态模型的占领-活化学说 | 第17-18页 |
| ·药物-受体的相互作用力及其立体因素的影响 | 第18-19页 |
| ·药物-受体相互作用模型 | 第19-20页 |
| ·药物的化学结构与生物活性的关系(SAR) | 第20-25页 |
| ·基本概念 | 第20-22页 |
| ·药效基团、药动基团和毒性基团 | 第22-24页 |
| ·药效构象 | 第24-25页 |
| ·定量构效关系(QSAR) | 第25-31页 |
| ·线性自由能相关方法 | 第26-27页 |
| ·Free-Wilson模型 | 第27-28页 |
| ·分子连接性法 | 第28-29页 |
| ·模式识别法 | 第29-31页 |
| ·人工神经网络方法 | 第31页 |
| ·三维定量构效关系(3D-QSAR) | 第31-34页 |
| ·3D-QSAR 的提出 | 第31-32页 |
| ·分子的三维结构 | 第32-33页 |
| ·3D-QSAR 的研究方法 | 第33-34页 |
| ·3D-QSAR 的评价 | 第34页 |
| ·有关理论计算、技术 | 第34-49页 |
| ·理论计算基础 | 第34-41页 |
| ·量子化学 | 第35-36页 |
| ·分子力学 | 第36-39页 |
| ·分子动力学 | 第39-41页 |
| ·重要技术 | 第41-49页 |
| ·x 射线晶体学 | 第41-43页 |
| ·核磁共振技术 | 第43-44页 |
| ·其他结构分子生物学测定技术 | 第44-45页 |
| ·计算机分子模型技术 | 第45-49页 |
| ·计算机辅助药物设计的意义 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-53页 |
| 第二章 计算机辅助药物设计方法学 | 第53-90页 |
| ·三维结构搜索 | 第55-60页 |
| ·三维化学结构数据库 | 第56-57页 |
| ·搜寻标准 | 第57页 |
| ·三维结构搜寻的搜寻算法 | 第57-60页 |
| ·三维几何搜寻 | 第58-59页 |
| ·三维相似性搜寻 | 第59页 |
| ·柔性构象搜寻 | 第59-60页 |
| ·大分子三维结构搜寻 | 第60页 |
| ·全新药物设计(直接药物设计) | 第60-67页 |
| ·模板定位法 | 第61-62页 |
| ·原子生长法 | 第62-64页 |
| ·分子碎片法 | 第64-66页 |
| ·碎片连接法 | 第64页 |
| ·碎片生长法 | 第64-66页 |
| ·其他方法 | 第66-67页 |
| ·间接药物设计 | 第67-76页 |
| ·活性类似物法 | 第68-69页 |
| ·假想受点点阵 | 第69页 |
| ·距离几何法 | 第69-70页 |
| ·分子形状分析 | 第70-72页 |
| ·比较分子场分析 | 第72-76页 |
| ·药效基团模型法 | 第76页 |
| ·国内外的研究现状及分析 | 第76-83页 |
| ·分子对接的步骤 | 第77-79页 |
| ·分子表面的描述模型 | 第79-81页 |
| ·分子对接方法中尚待解决的困难 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-90页 |
| 第三章 分子对接方法及应用 | 第90-113页 |
| ·分子对接的理论基础与机制 | 第90-95页 |
| ·配体-受体识别过程的相互作用力 | 第90-93页 |
| ·配体-受体相互作用的热力学过程 | 第93-94页 |
| ·配体-受体识别作用中的立体化学因素 | 第94-95页 |
| ·分子对接与药物设计 | 第95-98页 |
| ·分子对接方法的分类 | 第98-99页 |
| ·分子对接中常用的模拟方法 | 第99-103页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第99-100页 |
| ·蒙特卡洛方法 | 第100-101页 |
| ·模拟退火技术 | 第101-102页 |
| ·遗传算法 | 第102-103页 |
| ·几种有代表性的分子对接软件及方法 | 第103-111页 |
| ·实时图形处理途径 | 第104页 |
| ·Docking | 第104-105页 |
| ·DOCK | 第105-106页 |
| ·AutoDock | 第106-107页 |
| ·Affinity | 第107-111页 |
| 参考文献 | 第111-113页 |
| 第四章 整合酶和抑制剂分子对接研究 | 第113-129页 |
| ·概述 | 第113-116页 |
| ·整合酶的结构及功能 | 第114-115页 |
| ·整合酶抑制剂的研究进展 | 第115-116页 |
| ·计算方法 | 第116-117页 |
| ·模型搭建与优化 | 第116-117页 |
| ·分子对接研究 | 第117页 |
| ·结果与讨论 | 第117-126页 |
| ·与5CITEP 的分子对接 | 第117-124页 |
| ·单Mg2+体系 | 第117-121页 |
| ·双Mg2+体系 | 第121-124页 |
| ·结论 | 第124页 |
| ·与β-二酮酸类衍生物的分子对接 | 第124-126页 |
| ·展望 | 第126页 |
| 参考文献 | 第126-129页 |
| 摘要 | 第129-132页 |
| Abstract | 第132-136页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137页 |
