| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-19页 |
| ·生物信息学简介 | 第9-14页 |
| ·生物信息学基本概念 | 第9-12页 |
| ·遗传信息的传递 | 第12-14页 |
| ·生物信息学中的任务 | 第14-16页 |
| ·论文研究的主要内容和创新点 | 第16-18页 |
| ·论文的结构 | 第18-19页 |
| 第二章 蛋白质结构预测与分类 | 第19-35页 |
| ·蛋白质的分子结构 | 第19-23页 |
| ·蛋白质结构预测的意义 | 第23-25页 |
| ·测定蛋白质结构的方法 | 第25-30页 |
| ·蛋白质结构与分类库 | 第30-32页 |
| ·蛋白质结构与分类对高性能计算的需求 | 第32-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 第三章 基于 HPM的 CoSMPs系统的算法优化与并行 | 第35-49页 |
| ·引言 | 第35-36页 |
| ·CoSMPs上性能分析 | 第36-41页 |
| ·CoSMPs对应的HPM模型 | 第36-37页 |
| ·并行性对并行算法性能的影响 | 第37-38页 |
| ·影响性能的存储访问参数 | 第38-39页 |
| ·存储层次结构对并行算法性能的影响 | 第39-40页 |
| ·编程模式的影响 | 第40-41页 |
| ·CoSMPs上性能优化 | 第41-48页 |
| ·SMP间通信的优化 | 第41-42页 |
| ·SMP层的优化 | 第42-45页 |
| ·CoSMPs系统优化实例 | 第45-48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 第四章 生物序列联配算法 | 第49-81页 |
| ·基本概念 | 第49-50页 |
| ·两条序列联配的相关算法 | 第50-56页 |
| ·空位处罚(Gap Penalty) | 第56-64页 |
| ·Smith-Waterman算法在CoSMPS系统上的并行与优化 | 第64-69页 |
| ·两条序列联配统计学上的显著性 | 第69-74页 |
| ·全局序列联配的统计分析 | 第70页 |
| ·局部序列联配的统计-Karlin-Altschul统计方法 | 第70-72页 |
| ·得分矩阵的选取 | 第72-74页 |
| ·多序列联配 | 第74-77页 |
| ·基于HMM序列的相似性算法 | 第77-80页 |
| ·小结 | 第80-81页 |
| 第五章 可扩展并行 Smith-Waterman算法 | 第81-91页 |
| ·引言 | 第81-82页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第82-83页 |
| ·PSW-DC算法 | 第83-86页 |
| ·可扩展并行Smith-Waterman算法 | 第86-88页 |
| ·实验结果 | 第88-89页 |
| ·小结 | 第89-91页 |
| 第六章 基于片断进化距离的蛋白质结构分类 | 第91-109页 |
| ·引言 | 第91-93页 |
| ·支持向量机 | 第93-99页 |
| ·基于支持向量机的分类算法 | 第99-101页 |
| ·基于片断进化距离的内核(PSV KERNEL) | 第101-103页 |
| ·蛋白质分类实验描述 | 第103-105页 |
| ·精度与效率的对比与分析 | 第105-106页 |
| ·小结 | 第106-109页 |
| 第七章结论以及进一步的工作 | 第109-113页 |
| ·论文的主要创新 | 第109-110页 |
| ·进一步的工作 | 第110-113页 |
| 参考文献 | 第113-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 作者简历 | 第122-123页 |
