| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 英文摘要 | 第9-14页 |
| 前言 | 第14-32页 |
| 1.功能基因组的组织与基因选择性表达 | 第14-18页 |
| 2.基因组中远距离增强元件的作用机制 | 第18-25页 |
| 3.两类珠蛋白基因簇的结构与表达调控 | 第25-28页 |
| 4.染色质结构域构象研究的技术进展 | 第28-30页 |
| 5.本课题研究的理论问题与实验设计 | 第30-32页 |
| 材料与方法 | 第32-47页 |
| 1.实验材料 | 第32-33页 |
| ·实验用小鼠 | 第32页 |
| ·BAC克隆 | 第32页 |
| ·交联试剂 | 第32页 |
| ·蛋白酶抑制剂 | 第32页 |
| ·限制性内切酶及连接酶 | 第32页 |
| ·抗体 | 第32页 |
| ·其它主要试剂及试剂盒 | 第32-33页 |
| ·引物合成 | 第33页 |
| ·主要仪器 | 第33页 |
| 2.实验方法 | 第33-47页 |
| ·本课题研究的基本技术路线 | 第33-34页 |
| ·染色质构象定量分析 | 第34-41页 |
| ·染色质构象定量分析(3C)的技术流程 | 第34页 |
| ·交联固定的细胞核的制备 | 第34-36页 |
| ·天孕鼠的准备 | 第35页 |
| ·小鼠胚胎肝、脑组织单细胞的分离与固定 | 第35页 |
| ·细胞裂解与细胞核的分离 | 第35页 |
| ·台盼蓝染色检测细胞裂解情况 | 第35页 |
| ·非特异结合蛋白的洗脱与SDS的中和 | 第35-36页 |
| ·固定细胞核的保存 | 第36页 |
| ·细胞核内染色质DNA的限制性内切酶消化与鉴定 | 第36页 |
| ·细胞核的限制性内切酶消化 | 第36页 |
| ·限制性内切消化效率的鉴定 | 第36页 |
| ·交联固定的染色质复合物内DNA分子的连接 | 第36-37页 |
| ·细胞核的裂解与SDS的中和 | 第36页 |
| ·染色质复合物内DNA分子的连接 | 第36-37页 |
| ·连接产物DNA的制备与定量 | 第37页 |
| ·染色质复合物的解交联 | 第37页 |
| ·DNA片段的纯化、回收与定量 | 第37页 |
| ·对照模板的制备与分析 | 第37-38页 |
| ·BAC DNA的小量制备 | 第37页 |
| ·BAC DNA的混合与限制性内切酶消化 | 第37-38页 |
| ·消化产物的连接 | 第38页 |
| ·连接产物的纯化回收 | 第38页 |
| ·引物设计与鉴定 | 第38-39页 |
| ·连接产物DNA线性扩增范围的确定 | 第39页 |
| ·定量分析连接效率 | 第39-41页 |
| ·连接产物DNA的PCR扩增 | 第39-41页 |
| ·PCR扩增产物的定量分析 | 第41页 |
| ·染色质免疫共沉淀 | 第41-44页 |
| ·小鼠胚胎肝、脑细胞的单细胞分离与固定 | 第41页 |
| ·交联固定后细胞核的裂解与保存 | 第41页 |
| ·染色质DNA的超声打断及鉴定 | 第41-42页 |
| ·特异抗体与染色质复合物的结合 | 第42页 |
| ·抗体与染色质复合物的沉淀和洗涤 | 第42页 |
| ·沉淀产物的洗脱 | 第42-43页 |
| ·染色质复合物的解交联与DNA片段的纯化、回收 | 第43页 |
| ·PCR定量分析 | 第43-44页 |
| ·基因表达的RT-PCT定量分析 | 第44-47页 |
| ·小鼠胚胎14.5天肝、脑总RNA的提取与鉴定 | 第44-45页 |
| ·逆转录合成第一链cDNA | 第45页 |
| ·PCR定量分析 | 第45-47页 |
| 实验结果 | 第47-73页 |
| 1.染色质构象定量分析的建立 | 第47-57页 |
| ·交联染色质复合物限制性酶切效率的鉴定 | 第47-48页 |
| ·不同交联强度的限制性酶切效率的鉴定 | 第48-50页 |
| ·限制性内切酶内切片段的分析 | 第50-52页 |
| ·对照模板DNA的连接 | 第52页 |
| ·定量分析的引物鉴定 | 第52-53页 |
| ·交联染色质复合物的连接 | 第53-55页 |
| ·PCR的线性扩增梯度 | 第55-57页 |
| 2.α珠蛋白基因簇的染色质结构域构象研究 | 第57-62页 |
| ·小鼠胚胎14.5天α珠蛋白基因的表达 | 第57-58页 |
| ·α1珠蛋白基因启动子片段为定点引物的构象分析 | 第58-60页 |
| ·高敏位点HS26片段为定点引物的构象分析 | 第60-62页 |
| 3.α珠蛋白基因簇的染色质组蛋白修饰 | 第62-67页 |
| ·组蛋白H3总乙酰化的分析 | 第62-65页 |
| ·组蛋白H4总乙酰化的分析 | 第65-67页 |
| 4.α珠蛋白基因簇所处大尺度染色质结构域的构象研究 | 第67-73页 |
| ·区域内结构基因的组织特异性表达的分析 | 第67-68页 |
| ·α1珠蛋白基因启动子片段为定点引物的构象分析 | 第68-70页 |
| ·C16orf33基因启动子片段为定点引物的构象分析 | 第70-71页 |
| ·MPG基因启动子片段为定点引物的构象分析 | 第71-73页 |
| 讨论 | 第73-88页 |
| 1.染色质构象研究的方法学探讨 | 第73-75页 |
| 2.α珠蛋白远距离元件通过成环作用激活转录 | 第75-79页 |
| 3.管家基因基因簇在细胞核内形成区室化组织 | 第79-83页 |
| 4.远距离调控元件对于分化发育具有重要作用 | 第83-86页 |
| 5.远距离调控元件对于基因簇调控的研究展望 | 第86-88页 |
| 小结 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-97页 |
| 文献综述 | 第97-117页 |
| 英文名词及缩写 | 第117-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 个人简历 | 第121页 |