| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| 第一章 综述 | 第15-24页 |
| 1 甘蔗黑穗病研究概述 | 第15-16页 |
| 2 新一代测序技术 | 第16-18页 |
| ·新一代测序技术概况 | 第16-17页 |
| ·基于 RNA 测序的新一代测序技术应用 | 第17-18页 |
| ·miRNA 测序 | 第17页 |
| ·转录组测序 | 第17-18页 |
| ·数字化表达谱 | 第18页 |
| 3 电子克隆及其在基因克隆的应用 | 第18-20页 |
| ·表达序列标签（EST） | 第18-19页 |
| ·电子克隆 | 第19-20页 |
| 4 MAPK 级联信号途径研究 | 第20-22页 |
| ·MAPK 级联信号途径研究概述 | 第20页 |
| ·拟南芥中的 MAPK 级联信号途径 | 第20-21页 |
| ·烟草中的 MAPK 信号级联途径 | 第21-22页 |
| ·水稻种的 MAPK 信号级联途径 | 第22页 |
| 5 本研究立题依据、目的与意义 | 第22-24页 |
| 第二章 甘蔗响应黑穗病菌侵染的表达谱分析 | 第24-36页 |
| 1 材料与方法 | 第24-26页 |
| ·实验材料 | 第24页 |
| ·实验方法 | 第24-26页 |
| ·实验材料的处理 | 第24-25页 |
| ·总 RNA 的提取 | 第25页 |
| ·表达谱测序 | 第25-26页 |
| 2 结果与分析 | 第26-34页 |
| ·样品总 RNA 电泳检测 | 第26-27页 |
| ·表达谱测序样品 RNA 的质量评估 | 第27-28页 |
| ·表达谱测序结果与分析 | 第28-34页 |
| ·测序质量 | 第28-30页 |
| ·Clean tag 拷贝数分布 | 第30页 |
| ·Clean tag 比对 | 第30-31页 |
| ·差异表达 EST 筛选 | 第31-34页 |
| ·差异表达 EST 列表 | 第31-33页 |
| ·差异表达 EST 参与的主要代谢途径 | 第33-34页 |
| 3 本章小结 | 第34-36页 |
| 第三章 差异表达基因的电子克隆与生物信息学分析 | 第36-55页 |
| 1 材料与方法 | 第36-37页 |
| ·电子克隆获得新基因序列的方法 | 第36页 |
| ·生物信息学分析使用的软件 | 第36-37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-53页 |
| ·电子克隆获得的甘蔗差异表达基因 | 第37-38页 |
| ·甘蔗 BAK 1 的电子克隆与生物信息学分析 | 第38-43页 |
| ·甘蔗 BAK 1 蛋白的等电位点和分子量预测 | 第39-40页 |
| ·甘蔗 BAK 1 蛋白的亲水洗/疏水性分析 | 第40页 |
| ·甘蔗 BAK 1 蛋白的二级结构预测与功能预测分析 | 第40-41页 |
| ·甘蔗 BAK 1 蛋白的亚细胞定位与跨膜结构预测 | 第41-42页 |
| ·甘蔗 BAK 1 蛋白三维结构预测 | 第42-43页 |
| ·甘蔗 Mapkk 的电子克隆与生物信息学分析 | 第43-48页 |
| ·甘蔗 Mapkk 蛋白的等电位点和分子量预测 | 第44-45页 |
| ·甘蔗 Mapkk 蛋白的亲水洗/疏水性分析 | 第45页 |
| ·甘蔗 Mapkk 蛋白的二级结构预测与功能预测分析 | 第45-47页 |
| ·甘蔗 Mapkk 蛋白的亚细胞定位与跨膜结构预测 | 第47页 |
| ·甘蔗 Mapkk 蛋白三维结构预测 | 第47-48页 |
| ·甘蔗 Glo 1 的电子克隆与生物信息学分析 | 第48-53页 |
| ·甘蔗 Glo 1 蛋白的等电位点和分子量预测 | 第49页 |
| ·甘蔗 Glo 1 蛋白的亲水洗/疏水性分析 | 第49-50页 |
| ·甘蔗 Glo 1 蛋白的二级结构预测与功能预测分析 | 第50-51页 |
| ·甘蔗 Glo 1 蛋白的亚细胞定位与跨膜结构预测 | 第51-52页 |
| ·甘蔗 Glo 1 蛋白三维结构预测 | 第52-53页 |
| 3 本章小结 | 第53-55页 |
| 第四章 差异表达基因的实验克隆与初步鉴定 | 第55-80页 |
| 1 材料与方法 | 第55-60页 |
| ·实验材料 | 第55-56页 |
| ·植物材料 | 第55页 |
| ·主要试剂 | 第55页 |
| ·主要仪器设备 | 第55-56页 |
| ·实验方法 | 第56-60页 |
| ·总 RNA 的提取 | 第56页 |
| ·制备无 DNA 的总 RNA | 第56页 |
| ·第一链 cDNA 的制备 | 第56-57页 |
| ·引物设计 | 第57页 |
| ·RT-PCR 反应体系与程序 | 第57页 |
| ·PCR 产物电泳检测 | 第57页 |
| ·目的片段回收 | 第57-58页 |
| ·目的片段的克隆与测序 | 第58-59页 |
| ·实时荧光定量 PCR | 第59-60页 |
| 2 结果与分析 | 第60-77页 |
| ·甘蔗 BAK 1 基因的克隆与初步鉴定 | 第60-66页 |
| ·甘蔗 BAK 1 基因的 cDNA 序列克隆 | 第60-61页 |
| ·甘蔗 BAK 1 基因的同源性分析 | 第61-63页 |
| ·甘蔗 BAK 1 基因在黑穗病菌胁迫下的表达分析 | 第63-66页 |
| ·荧光定量 PCR 引物扩增效率的确定 | 第63-64页 |
| ·BAK 1 与 2 5S rRNA 引物溶解曲线分析 | 第64-65页 |
| ·甘蔗 BAK 1 基因在黑穗病菌胁迫下的表达情况 | 第65-66页 |
| ·甘蔗 Mapkk 基因的克隆与初步鉴定 | 第66-72页 |
| ·甘蔗 Mapkk 基因的 cDNA 序列克隆 | 第66-67页 |
| ·甘蔗 Mapkk 基因的同源性分析 | 第67-69页 |
| ·甘蔗 Mapkk 基因在黑穗病菌胁迫下的表达分析 | 第69-72页 |
| ·荧光定量 PCR 引物扩增效率的确定 | 第69-70页 |
| ·Mapkk 与 2 5S rRNA 引物溶解曲线分析 | 第70-71页 |
| ·甘蔗 Mapkk 基因在黑穗病菌胁迫下的表达情况 | 第71-72页 |
| ·甘蔗 Glo 1 基因的克隆与初步鉴定 | 第72-77页 |
| ·甘蔗 Glo 1 基因的 cDNA 序列克隆 | 第72-73页 |
| ·甘蔗 Glo 1 基因的同源性分析 | 第73-75页 |
| ·甘蔗 Glo 1 基因在黑穗病菌胁迫下的表达分析 | 第75-77页 |
| ·荧光定量 PCR 引物扩增效率的确定 | 第75页 |
| ·Glo 1 与 2 5S rRNA 引物溶解曲线分析 | 第75-77页 |
| ·甘蔗 Glo 1 基因在黑穗病菌胁迫下的表达情况 | 第77页 |
| 3 本章小结 | 第77-80页 |
| 第五章 讨论 | 第80-84页 |
| 1 Solexa 测序与差异表达基因发现 | 第80-81页 |
| 2 MAPK 级联信号传导途径与 BAK 1、Mapkk 和 Glo 1 基因 | 第81-82页 |
| 3 关于后续研究 | 第82-84页 |
| 参考文献 | 第84-90页 |
| 附录Ⅰ缩写词 | 第90-91页 |
| 附录Ⅱ 差异表达基因的电子克隆 cDNA 序列 | 第91-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
