| 致谢 | 第1-7页 |
| 中文摘要 | 第7-10页 |
| Summary | 第10-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-63页 |
| 第一节 双生病毒的分类和基因组组成 | 第20-37页 |
| ·双生病毒属的划分及基因组结构 | 第20-25页 |
| ·玉米线条病毒属(Mastrevirus) | 第20-21页 |
| ·甜菜曲顶病毒属(Curtovirus) | 第21页 |
| ·番茄伪曲顶病毒属(Topocuvirus) | 第21-22页 |
| ·菜豆金色花叶病毒属(Begomovirus) | 第22-25页 |
| ·双生病毒种的划分 | 第25-27页 |
| ·Mastrevirus种水平的划分标准 | 第25-26页 |
| ·Curtovirus种水平的划分标准 | 第26页 |
| ·Topocuvirus种水平的划分标准 | 第26页 |
| ·Begomovirus种水平的划分标准 | 第26-27页 |
| ·双生病毒种下水平的分类标准 | 第27-30页 |
| ·病毒种下水平的几个概念 | 第27-28页 |
| ·双生病毒株系和变种的划分 | 第28-30页 |
| ·双生病毒的命名 | 第30-31页 |
| ·与双生病毒伴随的卫星DNAβ的分类研究进展 | 第31-33页 |
| ·与双生病毒伴随的卫星DNAβ种的分类标准 | 第31-33页 |
| ·与双生病毒伴随的卫星DNAβ的命名 | 第33页 |
| ·存在问题与展望 | 第33-37页 |
| 第二节 双生病毒的进化与变异 | 第37-49页 |
| ·双生病毒遗传变异的源泉 | 第37-40页 |
| ·突变 | 第38页 |
| ·假重组 | 第38-39页 |
| ·重组 | 第39-40页 |
| ·双生病毒的复合侵染 | 第40-41页 |
| ·双生病毒及其伴随的小分子DNA的进化 | 第41-43页 |
| ·存在问题与展望 | 第43-49页 |
| 第三节 双生病毒与RNA沉默 | 第49-63页 |
| ·植物中RNA沉默途径的多样性 | 第49-51页 |
| ·双生病毒既是RNA沉默的激发子又是其靶标分子 | 第51-53页 |
| ·双生病毒编码的RNA沉默抑制子 | 第53-57页 |
| ·双组份Begomoviruses编码的沉默抑制子 | 第53-56页 |
| ·单组份Begomoviruses编码的沉默抑制子 | 第56页 |
| ·伴随有卫星DNAβ的单组份Begomoviruses编码的沉默抑制子 | 第56-57页 |
| ·Curtoviruses编码的沉默抑制子 | 第57页 |
| ·存在问题与展望 | 第57-63页 |
| 第二章 与赛葵黄脉病毒相伴随的卫星DNAβ的变异及其致病性研究 | 第63-78页 |
| 1 材料与方法 | 第63-68页 |
| ·毒源和植物总DNA的提取 | 第63-65页 |
| ·田间样品的PCR检测 | 第65页 |
| ·序列变异和系统进化分析 | 第65-66页 |
| ·MYVV和DNAβ的侵染性克隆构建 | 第66-67页 |
| ·农杆菌介导的植物接种 | 第67页 |
| ·粉虱传毒实验 | 第67-68页 |
| ·病毒的Southern印迹检测 | 第68页 |
| 2 结果与分析 | 第68-75页 |
| ·MYVV田间分离物均伴随有DNAβ | 第68-69页 |
| ·MYVV DNAβ分子的群体遗传变异 | 第69-71页 |
| ·MYVV和MYVV DNAβ的致病性和寄主范围测定 | 第71-73页 |
| ·MYVV与异源DNAβ的互作 | 第73-75页 |
| 3 讨论 | 第75-78页 |
| 第三章 中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA的致病性研究 | 第78-140页 |
| 第一节 中国番茄曲叶病毒是一个伴随有卫星DNAβ的双生病毒新种 | 第78-101页 |
| 1 材料与方法 | 第79-87页 |
| ·毒源和植物总DNA的提取 | 第79页 |
| ·田间样品的TAS-ELISA和PCR检测 | 第79-80页 |
| ·病毒全长基因组的克隆和序列测定 | 第80页 |
| ·DNA-B组份的寻找方法 | 第80-81页 |
| ·DNAβ全长基因组的克隆和序列测定 | 第81页 |
| ·病毒基因组序列分析和重组检测 | 第81-82页 |
| ·ToLCCNV和DNAβ的侵染性克隆构建 | 第82-86页 |
| ·农杆菌介导的植物接种 | 第86页 |
| ·病毒的Southern印迹检测 | 第86-87页 |
| 2 结果与分析 | 第87-96页 |
| ·病毒分离物的抗原表位谱分析 | 第87页 |
| ·病毒基因组结构与序列分析 | 第87-93页 |
| ·ToLCCNV与其它双生病毒的分子进化分析 | 第87-90页 |
| ·ToLCCNV DNAβ与其它DNAβ的分子进化分析 | 第90-92页 |
| ·ToLCCNV是一个重组病毒 | 第92-93页 |
| ·ToLCCNV和ToLCCNV DNAβ的致病性和寄主范围测定 | 第93-95页 |
| ·ToLCCNV与异源DNAβ的互作 | 第95-96页 |
| 3 讨论 | 第96-101页 |
| 第二节 中国番茄曲叶病毒卫星DNA的βC1蛋白的结构与功能研究 | 第101-130页 |
| 1 材料与方法 | 第102-114页 |
| ·材料 | 第102-103页 |
| ·植物材料 | 第102页 |
| ·质粒和菌株 | 第102-103页 |
| ·抗体 | 第103页 |
| ·βC1蛋白的生物信息学分析 | 第103页 |
| ·Overlap-PCR | 第103-104页 |
| ·载体构建 | 第104-107页 |
| ·农杆菌浸润接种 | 第107-109页 |
| ·GFP荧光观察和拍照 | 第109页 |
| ·RNA的提取及Northern印迹分析 | 第109-112页 |
| ·SDS-PAGE电泳和Western印迹分析 | 第112-113页 |
| ·农杆菌介导的植物接种 | 第113页 |
| ·病毒的Southern印迹检测 | 第113页 |
| ·野生型βC1和突变体βC1的亚细胞定位 | 第113-114页 |
| ·激光共聚焦显微镜观察 | 第114页 |
| 2 结果与分析 | 第114-126页 |
| ·ToLCCNV DNAβ编码的βC1蛋白为RNA沉默的弱抑制子 | 第114-116页 |
| ·维持βC1蛋白的RNA沉默抑制子功能的关键氨基酸区域 | 第116-118页 |
| ·βC1蛋白缺失突变体的侵染性和致病性 | 第118-120页 |
| ·ToLCCNV DNAβ编码的βC1蛋白及其突变体在烟草表皮细胞中的定位 | 第120-126页 |
| 3 讨论 | 第126-130页 |
| 第三节 中国番茄曲叶病毒及其卫星DNA侵染组织中small RNA的克隆和鉴定 | 第130-140页 |
| 1 材料与方法 | 第130-134页 |
| ·材料 | 第130页 |
| ·RNA的提取及分离低分子量的RNA | 第130-131页 |
| ·器皿和容器的处理 | 第131页 |
| ·植物总RNA的提取 | 第131页 |
| ·低分子量RNA的分离 | 第131页 |
| ·割胶回收低分子量的RNA | 第131-132页 |
| ·3′-接头连接 | 第132页 |
| ·5′-接头连接 | 第132页 |
| ·回收连接产物 | 第132-133页 |
| ·RT-PCR扩增small RNA | 第133页 |
| ·将PCR产物连入Invitrogen的PCR(?)2.1-TOPO载体并导入大肠杆菌TOP 10F′ | 第133-134页 |
| ·菌落PCR筛选插入片段 | 第134页 |
| ·Northern印迹杂交 | 第134页 |
| 2 结果与分析 | 第134-137页 |
| ·small RNA的直接克隆及其大小分布 | 第134-136页 |
| ·来源于病毒的small RNA的二级结构分析及其在病毒基因组上的分布 | 第136-137页 |
| 3 讨论 | 第137-140页 |
| 第四章 泰国番茄黄化曲叶病毒-Y72分离物是一个伴随有卫星DNAβ的单组份双生病毒 | 第140-151页 |
| 1 材料与方法 | 第140-143页 |
| ·毒源和植物总DNA的提取 | 第140页 |
| ·DNA-B组份的检测 | 第140-141页 |
| ·TYLCTHV-Y72的侵染性克隆的构建 | 第141-143页 |
| ·TYLCTHV-Y72 DNAβ的侵染性克隆的构建 | 第143页 |
| ·农杆菌介导的植物接种 | 第143页 |
| ·病毒的Southern印迹检测 | 第143页 |
| 2 结果与分析 | 第143-147页 |
| ·TYLCTHV-Y72不含有DNA-B组份 | 第143-144页 |
| ·TYLCTHV-Y72单独侵染可以诱导产生严重症状 | 第144-146页 |
| ·TYLCTHV的卫星DNAβ可以提高TYLCTHV的核酸积累水平 | 第146-147页 |
| 3 讨论 | 第147-151页 |
| 第五章 广西省番茄曲叶病田间复合侵染调查 | 第151-159页 |
| 1 材料与方法 | 第151-152页 |
| ·毒源和植物总DNA的提取 | 第151页 |
| ·田间样品的PCR检测 | 第151-152页 |
| ·田间样品的病毒卫星的Southern印迹检测 | 第152页 |
| ·田间样品的RCA-PCR检测 | 第152页 |
| 2 结果与分析 | 第152-156页 |
| ·PCR检测病毒复合侵染 | 第152-153页 |
| ·卫星DNAβ复合侵染检测 | 第153-156页 |
| 3 讨论 | 第156-159页 |
| 全文总结 | 第159-160页 |
| 附录A 本论文所用缩写词及中英文对照 | 第160-162页 |
| 附录B 本论文所用病毒缩写及中英文对照 | 第162-164页 |
| 附录C 常用化学试剂、分子生物学试剂及仪器 | 第164-165页 |
| 附录D 本论文常用试剂及缓冲液的配制 | 第165-169页 |
| 作者简介 | 第169页 |
