| 中文摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 前言 | 第10-12页 |
| 一、材料和方法 | 第12-32页 |
| 1 同源序列收集及序列-结构比对 | 第12-14页 |
| 2 统计耦合分析 | 第14-16页 |
| 3 互信息分析 | 第16-19页 |
| 4 残基相关分析 | 第19-20页 |
| 5 聚类分析 | 第20-21页 |
| 6 结构比对分析 | 第21页 |
| 7 分子动力学模拟方法 | 第21-26页 |
| 8 分子动力学轨迹分析 | 第26-27页 |
| 9 氨基酸网络分析 | 第27-32页 |
| 二、结果 | 第32-62页 |
| 1 丝氨酸/苏氨酸激酶催化域分子内共进化网络分析 | 第32-48页 |
| 2 酪氨酸激酶催化域分子内共进化网络分析 | 第48-53页 |
| 3 激酶催化域结构及序列比对分析 | 第53-56页 |
| 4 PKA催化亚基与底物多肽相互作用的分子动力学模拟研究 | 第56-60页 |
| 5 PKA催化亚基与底物多肽相互作用的氨基酸网络分析 | 第60-62页 |
| 三、讨论 | 第62-70页 |
| 1 共进化网络的可靠性分析和检验 | 第62-64页 |
| 2 共进化网络的生物学意义 | 第64-66页 |
| 3 共进化网络的进化意义 | 第66-67页 |
| 4 丝氨酸/苏氨酸激酶与酪氨酸激酶在催化域的序列差异 | 第67-68页 |
| 5 其他需要说明的问题 | 第68-70页 |
| 小结 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-76页 |
| 文献综述 | 第76-91页 |
| 参考文献 | 第87-91页 |
| 附录 | 第91-95页 |
| 缩略词表 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-99页 |
