| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-32页 |
| 1 引言 | 第12-13页 |
| 2 基因家族的相关概念及基因家族成员的识别 | 第13-14页 |
| 3 基因家族的数据库资源 | 第14-16页 |
| 4 基因家族序列分析的应用 | 第16-23页 |
| ·鉴定物种的起源 | 第16-17页 |
| ·估计物种分化的时间 | 第17-18页 |
| ·探索物种分化的机制 | 第18-21页 |
| ·检测自然选择和表型效应 | 第21-23页 |
| 5 基因家族序列分析的研究展望 | 第23页 |
| 6 参考文献 | 第23-32页 |
| 第二章 人类基因家族倍增的时间分布:在不同GO分类中呈现差异而在不同细胞表达位置中呈现一致 | 第32-49页 |
| 1 摘要 | 第32页 |
| 2 介绍 | 第32-33页 |
| 3 材料和方法 | 第33-36页 |
| ·基因组数据 | 第33页 |
| ·识别和计算倍增时间 | 第33-34页 |
| ·对基因进行GO功能注释 | 第34-35页 |
| ·蛋白质子细胞定位 | 第35页 |
| ·进化分析三个信号转导相关的基因超家族 | 第35-36页 |
| 4 结果 | 第36-43页 |
| ·所有人类非冗余序列的时间分布模式 | 第36-37页 |
| ·不同功能分类中的相关性 | 第37-40页 |
| ·三个信号转导相关基因超家族的基因倍增时间分布 | 第40-42页 |
| ·不同子细胞位置的基因倍增事件的时间分布 | 第42-43页 |
| 5 讨论 | 第43-46页 |
| 6 参考文献 | 第46-49页 |
| 第三章 全基因组倍增后基因的功能分化:脊椎动物基因家族实例研究 | 第49-60页 |
| 1 摘要 | 第49页 |
| 2 介绍 | 第49页 |
| 3 材料与方法 | 第49-52页 |
| ·数据收集 | 第49-51页 |
| ·统计检测Ⅰ型功能分化 | 第51页 |
| ·计算特定子基因家族的功能分化 | 第51-52页 |
| 4 结果和讨论 | 第52-57页 |
| ·Ⅰ型功能分化系数 | 第52-53页 |
| ·具有三个直系同源基因簇的基因家族的两种功能分化模式 | 第53页 |
| ·模式Ⅰ:第一次基因倍增后其中一个拷贝保持原来的功能 | 第53-55页 |
| ·子模式Ⅰ | 第53-54页 |
| ·子模式Ⅱ | 第54-55页 |
| ·模式Ⅱ:一个拷贝在第二次基因倍增后保持原来的功能 | 第55-57页 |
| 5 总结 | 第57页 |
| 6 参考文献 | 第57-60页 |
| 第四章 初步分析由基因家族序列估计的基因多效性 | 第60-73页 |
| 1 摘要 | 第60页 |
| 2 介绍 | 第60-61页 |
| 3 材料和方法 | 第61-63页 |
| ·脊椎动物的序列分析 | 第61-62页 |
| ·估计基因的多效性 | 第62-63页 |
| 4 结果与讨论 | 第63-71页 |
| ·基因多效性的范围 | 第63-65页 |
| ·基因多效性的生物学相关性 | 第65-67页 |
| ·高多效性和低多效性的基因及其序列保守性 | 第67-71页 |
| 5 参考文献 | 第71-73页 |
| 第五章 Genepleio:基因多效性计算软件的开发和应用 | 第73-89页 |
| 1 摘要 | 第73页 |
| 2 介绍 | 第73-74页 |
| 3 材料和方法 | 第74-77页 |
| ·序列数据 | 第74页 |
| ·非同义突变与同义突变比(ω=d_N/dS)的计算 | 第74-75页 |
| ·进化树 | 第75-76页 |
| ·基因多效性的估计 | 第76页 |
| ·基因多效性的估计误差 | 第76-77页 |
| ·位点的多效性 | 第77页 |
| 4 结果与讨论 | 第77-82页 |
| ·基因多效性计算软件(Genepleio)的开发 | 第77-78页 |
| ·序列随机抽样造成的估算误差 | 第78-80页 |
| ·三个重要参数的关系研究 | 第80页 |
| ·三类不同物种的基因多效性的分布比较 | 第80-81页 |
| ·疾病相关基因及位点基因多效性的计算 | 第81-82页 |
| 5 讨论与总结 | 第82-84页 |
| 6 参考文献 | 第84-89页 |
| 附录1 利用进化分析估计基因的倍增时间 | 第89-90页 |
| 附录2 两个基因间共享的基因多效性数目 | 第90-93页 |
| 附录3 基因多效性方差计算公式的推导 | 第93-95页 |
| 附录4 H和d_N/d_S之间的关系及H的分布 | 第95-96页 |
| 附录5 孟得尔遗传144个人类疾病相关基因的多效性 | 第96-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
