| 摘要 | 第11-13页 |
| ABSTRACT | 第13-15页 |
| 第1章 文献综述 | 第16-35页 |
| 1.1 水稻胚珠发育过程研究 | 第16-20页 |
| 1.1.1 水稻胚珠发育过程概述 | 第16-17页 |
| 1.1.2 胚珠发育过程中孢子体与配子体之间的相互作用 | 第17-18页 |
| 1.1.3 开花后胚珠孢子体组织程序化死亡机理研究进展 | 第18-20页 |
| 1.2 胚珠发育相关基因表达研究 | 第20-24页 |
| 1.2.1 植物激素相关基因表达与胚珠发育 | 第20-22页 |
| 1.2.2 水稻胚珠发育相关基因研究手段 | 第22-24页 |
| 1.3 植物miRNA表达研究 | 第24-28页 |
| 1.3.1 miRNA的产生及作用机理 | 第24-25页 |
| 1.3.2 miRNA在植物生长发育中的作用 | 第25-27页 |
| 1.3.3 miRNA研究手段 | 第27-28页 |
| 1.4 植物中的DNA甲基化研究 | 第28-33页 |
| 1.4.1 植物中的DNA甲基化作用机制 | 第29-30页 |
| 1.4.2 DNA甲基化作用在植物中的功能 | 第30-32页 |
| 1.4.3 DNA甲基化研究手段 | 第32-33页 |
| 1.5 本研究目的及意义 | 第33-35页 |
| 第2章 水稻胚珠发育过程的基因表达特征研究 | 第35-69页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-43页 |
| 2.1.1 水稻材料 | 第35页 |
| 2.1.2 取材时期的确定 | 第35-36页 |
| 2.1.3 总RNA提取 | 第36-38页 |
| 2.1.4 测序技术流程 | 第38页 |
| 2.1.5 原始测序数据处理 | 第38-39页 |
| 2.1.6 与参考基因组比对 | 第39页 |
| 2.1.7 基因长度分布统计 | 第39页 |
| 2.1.8 基因表达量计算 | 第39页 |
| 2.1.9 基因在不同染色体上表达情况统计 | 第39页 |
| 2.1.10 显著差异表达基因的筛选与分析 | 第39-40页 |
| 2.1.11 差异基因表达模式聚类分析 | 第40页 |
| 2.1.12 Gene Ontology (GO)功能显著性富集 | 第40页 |
| 2.1.13 KEGG与MapMan通路分析 | 第40页 |
| 2.1.14 转录因子相关基因分析 | 第40-41页 |
| 2.1.15 荧光定量PCR验证 | 第41-43页 |
| 2.2 结果与分析 | 第43-65页 |
| 2.2.1 取材时期的确定 | 第43-44页 |
| 2.2.2 RNA提取质量 | 第44-45页 |
| 2.2.3 测序质量评估结果 | 第45页 |
| 2.2.4 与参考基因组比对结果 | 第45-47页 |
| 2.2.5 基因在样本中的分布统计 | 第47-48页 |
| 2.2.6 基因在染色体上的表达情况 | 第48-49页 |
| 2.2.7 差异基因筛选结果 | 第49-50页 |
| 2.2.8 差异基因表达模式聚类结果 | 第50-52页 |
| 2.2.9 Gene ontology (GO)功能显著性富集结果 | 第52-53页 |
| 2.2.10 Pathway分析结果 | 第53-60页 |
| 2.2.11 转录因子基因分析结果 | 第60-63页 |
| 2.2.12 植物激素相关基因表达分析 | 第63-64页 |
| 2.2.13 荧光定量PCR验证结果 | 第64-65页 |
| 2.3 讨论 | 第65-69页 |
| 第3章 水稻胚珠发育过程的miRNA表达特征研究 | 第69-94页 |
| 3.1 材料与方法 | 第69-77页 |
| 3.1.1 水稻材料 | 第69页 |
| 3.1.2 总RNA提取 | 第69页 |
| 3.1.3 小RNA文库的构建与测序 | 第69-70页 |
| 3.1.4 原始数据质量控制 | 第70页 |
| 3.1.5 与参考基因组比对 | 第70-71页 |
| 3.1.6 差异表达miRNA分析 | 第71页 |
| 3.1.7 新miRNA的预测 | 第71页 |
| 3.1.8 miRNA靶基因分析 | 第71-72页 |
| 3.1.9 荧光定量PCR验证miRNA表达量 | 第72-74页 |
| 3.1.10 5'RACE验证实验 | 第74-77页 |
| 3.2 结果与分析 | 第77-90页 |
| 3.2.1 测序结果总体分析 | 第77-79页 |
| 3.2.2 已知miRNA分析 | 第79-80页 |
| 3.2.3 差异表达已知miRNA的筛选结果 | 第80-81页 |
| 3.2.4 miRNA靶基因预测结果 | 第81-84页 |
| 3.2.5 miRNA与靶基因表达联合分析结果 | 第84-86页 |
| 3.2.6 新miRNA预测结果 | 第86-89页 |
| 3.2.7 验证实验结果 | 第89-90页 |
| 3.3 讨论 | 第90-94页 |
| 第4章 水稻胚珠发育过程的全基因组甲基化研究 | 第94-115页 |
| 4.1 材料与方法 | 第94-98页 |
| 4.1.1 水稻材料 | 第94页 |
| 4.1.2 基因组DNA的提取 | 第94-95页 |
| 4.1.3 测序技术流程 | 第95页 |
| 4.1.4 数据处理分析流程 | 第95-96页 |
| 4.1.5 重亚硫酸盐测序验证 | 第96-98页 |
| 4.2 结果与分析 | 第98-111页 |
| 4.2.1 测序质量评估结果 | 第98-99页 |
| 4.2.2 全基因组甲基化水平分析结果 | 第99-101页 |
| 4.2.3 甲基化C碱基中CG、CHG和CHH的分布结果 | 第101-102页 |
| 4.2.4 甲基化CG、CHG和CHH的甲基化水平分布 | 第102页 |
| 4.2.5 基因组不同转录元件中的DNA平均甲基化水平 | 第102-103页 |
| 4.2.6 差异甲基化区域(DMR)的检测结果 | 第103-104页 |
| 4.2.7 DMR相关基因的GO和Pathway分析结果 | 第104-105页 |
| 4.2.8 DMR相关基因与转录组数据、miRNA表达数据联合分析结果 | 第105-110页 |
| 4.2.9 重亚硫酸盐测序验证实验结果 | 第110-111页 |
| 4.3 讨论 | 第111-115页 |
| 第5章 结论与展望 | 第115-117页 |
| 5.1 本论文主要结论 | 第115-116页 |
| 5.2 展望 | 第116-117页 |
| 参考文献 | 第117-129页 |
| 攻读博士学位期间发表及投稿论文 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
