| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略词 | 第7-11页 |
| 第一章 引言 | 第11-28页 |
| 1.1 表观遗传学和表观遗传沉默简述 | 第11-14页 |
| 1.1.1 DNA甲基化 | 第11-13页 |
| 1.1.2 组蛋白修饰 | 第13-14页 |
| 1.1.3 染色质重塑 | 第14页 |
| 1.2 拟南芥抑制基因沉默的机制 | 第14-20页 |
| 1.2.1 糖基化酶介导的DNA主动去甲基化 | 第14-16页 |
| 1.2.2 IBM1介导的组蛋白H3K9去甲基化 | 第16-17页 |
| 1.2.3 IDM-MBD.7形成抗沉默复合体协助DNA去甲基化 | 第17-20页 |
| 1.2.4 RNA介导的DNA甲基化与主动去甲基化作用的平衡 | 第20页 |
| 1.3 mRNA出核转运和基因沉默 | 第20-23页 |
| 1.3.1 mRNA出核转运与转录偶联的结构基础 | 第21-22页 |
| 1.3.2 mRNA出核转运与基因沉默的关系 | 第22-23页 |
| 1.3.3 拟南芥mRNA转运复合体TREX-2研究现状 | 第23页 |
| 1.4 R-loop与基因沉默 | 第23-25页 |
| 1.4.1 R-loop的结构与特征 | 第23-24页 |
| 1.4.2 R-loop与基因的表观遗传沉默 | 第24-25页 |
| 1.5 本研究的研究系统简介 | 第25-27页 |
| 1.6 本研究的立论依据 | 第27-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-38页 |
| 2.1 植物材料和生长条件 | 第28页 |
| 2.2 生物荧光活体成像(LUC成像) | 第28-29页 |
| 2.3 图位克隆 | 第29-30页 |
| 2.3.1 图位克隆群体的获得 | 第29页 |
| 2.3.2 DNA提取 | 第29页 |
| 2.3.3 粗定位和精细定位 | 第29-30页 |
| 2.4 质粒构建和遗传互补实验 | 第30-31页 |
| 2.4.1 质粒构建 | 第30页 |
| 2.4.2 农杆菌转化 | 第30页 |
| 2.4.3 浸花法转化拟南芥 | 第30页 |
| 2.4.4 转基因植株筛选和互补试验 | 第30-31页 |
| 2.5 染色质免疫共沉淀 | 第31-34页 |
| 2.5.1 所用试剂 | 第31-32页 |
| 2.5.2 实验步骤 | 第32-34页 |
| 2.6 mRNA和非编码RNA定量分析 | 第34页 |
| 2.7 DNA: RNA免疫共沉淀实验 | 第34-35页 |
| 2.8 R-loop足印实验 | 第35-36页 |
| 2.9 全基因组甲基化测序和差异甲基化区域鉴定 | 第36页 |
| 2.10 全基因组RNA测序和差异表达基因鉴定 | 第36-38页 |
| 第三章 结果 | 第38-60页 |
| 3.1 P31突变体的表型鉴定 | 第38-40页 |
| 3.1.1 P31突变体中报告基因发生基因沉默 | 第38页 |
| 3.1.2 P31突变体中ROS1基因的表达水平未发生改变 | 第38页 |
| 3.1.3 P31突变体表现出生长发育缺陷表型 | 第38-40页 |
| 3.2 SAC3B基因的图位克隆和遗传互补 | 第40-42页 |
| 3.2.1 SAC3B基因的图位克隆 | 第40-41页 |
| 3.2.2 SAC3B基因的遗传互补 | 第41-42页 |
| 3.2.3 SAC3B基因编码mRNA转运复合体TREX-2的核心组份 | 第42页 |
| 3.3 SAC3B突变影响拟南芥生长发育 | 第42-44页 |
| 3.4 SAC3B突变导致转基因的表观遗传沉默 | 第44-48页 |
| 3.4.1 sac3b突变体基因沉默表型与DNA甲基化升高有关 | 第44-45页 |
| 3.4.2 sac3b突变体siRNA积累量未升高 | 第45页 |
| 3.4.3 sac3b突变体中报告基因启动子区H3K9二甲基化升高 | 第45-48页 |
| 3.5 SAC3B突变对全基因组DNA甲基化的影响 | 第48-51页 |
| 3.6 mRNA转运因子THP1和NUP1突变也能导致转基因沉默 | 第51-53页 |
| 3.7 SAC3B突变导致转基因启动子区R-loop结构的稳定 | 第53-57页 |
| 3.8 SAC3B突变导致拟南芥内源基因的沉默 | 第57-60页 |
| 3.8.1 sac3b突变体的全基因组RNA测序分析 | 第57-58页 |
| 3.8.2 SAC3B内源靶位点的寻找 | 第58-60页 |
| 第四章 结论 | 第60-65页 |
| 4.1 拟南芥mRNA转运因子SAC3B突变导致R-loop积累和基因沉默 | 第60-61页 |
| 4.2 滞留在R-loop结构中的非编码RNA可能促进表观遗传沉默 | 第61-63页 |
| 4.3 SAC3B抑制基因沉默的机制模型 | 第63-65页 |
| 第五章 讨论与展望 | 第65-69页 |
| 5.1 SAC3B对拟南芥内源基因表达的影响 | 第65-66页 |
| 5.2 表观遗传机制对植物生长发育和胁迫应答的调控 | 第66-69页 |
| 第六章 博士期间完成的其他课题 高山离子芥DEAD-box RNA解旋磨基因响应低温胁迫的机制 | 第69-84页 |
| 6.1 研究背景 | 第69-72页 |
| 6.2 材料和方法 | 第72-73页 |
| 6.3 结果 | 第73-81页 |
| 6.4 讨论 | 第81-84页 |
| 参考文献 | 第84-101页 |
| 附录 | 第101-106页 |
| 1. 引物序列 | 第101-104页 |
| 2. CbDRH基因序列及基因结构 | 第104-106页 |
| 致谢 | 第106-108页 |
| 在学期间的学术成果 | 第108页 |
