| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 缩略词表 | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-37页 |
| 1.1 研究目的及意义 | 第14-15页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第15-35页 |
| 1.2.1 MRSA的产生与发展概况 | 第15页 |
| 1.2.2 LA-MRSA的起源及主要流行克隆CC398的形成 | 第15-19页 |
| 1.2.3 国外LA-MRSA流行概况 | 第19-28页 |
| 1.2.4 国内LA-MRSA流行概况 | 第28-29页 |
| 1.2.5 LA-MRSA在动物和人之间的传播 | 第29-33页 |
| 1.2.6 传统分子分型方法及全基因测序技术在LA-MRSA流行病学中的应用 | 第33-35页 |
| 1.3 研究目标 | 第35页 |
| 1.4 研究内容与方法 | 第35-37页 |
| 1.4.1 猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区MRSA和MSSA流行特征 | 第35页 |
| 1.4.2 猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区MRSA和MSSA分离株分子流行特征 | 第35-36页 |
| 1.4.3 农村社区动物源SA及其他葡萄球菌恶唑烷酮类耐药流行情况 | 第36页 |
| 1.4.4 猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区MRSA和MSSA代表株基因组遗传特征 | 第36-37页 |
| 第二章 猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区MRSA和MSSA流行特征 | 第37-70页 |
| 2.1 前言 | 第37-38页 |
| 2.2 材料与方法 | 第38-49页 |
| 2.2.1 材料 | 第38-40页 |
| 2.2.2 方法 | 第40-49页 |
| 2.3 结果与分析 | 第49-63页 |
| 2.3.1 样本采集情况 | 第49-50页 |
| 2.3.2 不同环节猪群、人群及环境中MRSA和MSSA流行特征 | 第50-54页 |
| 2.3.3 不同来源MRSA、MSSA分离株spa分型 | 第54-56页 |
| 2.3.4 MRSA分离株PFGE分型 | 第56-61页 |
| 2.3.5 MRSA代表株耐药表型 | 第61-63页 |
| 2.4 讨论 | 第63-69页 |
| 2.4.1 样本采集与MRSA、MSSA菌株的分离鉴定 | 第63-64页 |
| 2.4.2 SA分子分型方法的应用 | 第64页 |
| 2.4.3 猪肉生产链条及其周边农村社区猪群MRSA、MSSA流行特征 | 第64-65页 |
| 2.4.4 猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区人群MRSA、MSSA流行特征 | 第65-66页 |
| 2.4.5 猪肉生产链条周边环境MRSA、MSSA污染特征 | 第66-67页 |
| 2.4.6 MRSA、MSSA分离株的种群结构特征 | 第67页 |
| 2.4.7 猪肉生产链条及周边城镇社区MRSA传播方式 | 第67-68页 |
| 2.4.8 不同环节MRSA分离株耐药表型特征 | 第68-69页 |
| 2.5 小结 | 第69-70页 |
| 第三章 猪肉生产链条及其周边城镇、农村社区MRSA和MSSA代表株基因组遗传进化特征 | 第70-83页 |
| 3.1 前言 | 第70页 |
| 3.2 材料与方法 | 第70-74页 |
| 3.2.1 材料 | 第70-71页 |
| 3.2.2 方法 | 第71-74页 |
| 3.3 结果与分析 | 第74-80页 |
| 3.3.1 不同环节MRSA、MSSA代表株流行克隆特征 | 第74-75页 |
| 3.3.2 猪肉生产链及周边城镇、农村社区各环节MRSA、MSSA的传播方式 | 第75-77页 |
| 3.3.3 MRSA、MSSA耐药表型及基因型 | 第77-78页 |
| 3.3.4 MRSA、MSSA菌株毒力基因携带情况 | 第78-80页 |
| 3.4 讨论 | 第80-82页 |
| 3.4.1 新型LA-MRSA ST3597克隆在所调查养猪场中的出现与流行 | 第80-81页 |
| 3.4.2 LA-MRSA ST398流行克隆在所调查屠宰场中的检出 | 第81页 |
| 3.4.3 MRSA在猪肉生产链条及周边城镇社区中的传播 | 第81页 |
| 3.4.4 MRSA、MSSA的毒力基因特征 | 第81-82页 |
| 3.5 小结 | 第82-83页 |
| 第四章 农村社区动物源SA等葡萄球菌恶唑烷酮类耐药流行情况和分子流行特征 | 第83-101页 |
| 4.1 前言 | 第83-84页 |
| 4.2 材料与方法 | 第84-89页 |
| 4.2.1 材料 | 第84页 |
| 4.2.2 方法 | 第84-89页 |
| 4.3 结果与分析 | 第89-99页 |
| 4.3.1 不同动物源葡萄球菌的分离 | 第89-90页 |
| 4.3.2 cfr、optrA阳性葡萄球菌耐药表型 | 第90页 |
| 4.3.3 cfr、optrA阳性葡萄球菌耐药基因型及其基因定位 | 第90-96页 |
| 4.3.4 cfr、optrA阳性葡萄球菌亲缘关系 | 第96页 |
| 4.3.5 cfr、optrA的基因环境 | 第96-99页 |
| 4.4 讨论 | 第99-100页 |
| 4.4.1 农村社区动物源耐恶唑烷酮类药物葡萄球菌的流行特征 | 第99页 |
| 4.4.2 耐唑烷酮类药物葡萄球菌在农村散养动物中传播流行的可能原因 | 第99-100页 |
| 4.5 小结 | 第100-101页 |
| 第五章 结论 | 第101-102页 |
| 创新点 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-118页 |
| 致谢 | 第118-120页 |
| 附录 | 第120-122页 |
| 个人简介 | 第122-123页 |
