| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第7-28页 |
| 第一节 PDK1 激酶的结构与功能 | 第7-8页 |
| 第二节 蛋白质受体与抑制剂分子的相互作用 | 第8-13页 |
| 第三节 计算理论与计算方法 | 第13-28页 |
| 第二章 PDK1 激酶与其抑制剂分子的相互作用机理研究 | 第28-56页 |
| 第一节 PDK1 激酶及其小分子抑制剂的初始化处理 | 第28-30页 |
| 第二节 PDK1 激酶与其药物小分子的分子对接 | 第30-33页 |
| 第三节 PDK1 激酶与其药物分子形成的复合物初始化及动力学模拟 | 第33-36页 |
| 第四节 PDK1 激酶与其抑制剂分子结合的作用机理分析 | 第36-47页 |
| 参考文献 | 第47-56页 |
| 第三章 残基突变对结构水结合自由能贡献的影响 | 第56-65页 |
| 1. 引言 | 第56-58页 |
| 2. HIV-1 PR 野生型、L90M 突变体、G48V 突变体与抑制剂SQV 的结构初始化 | 第58-59页 |
| 3. WT-SQV、L90M-SQV、G48V-SQV 的初始化处理以及动力学模拟 | 第59-60页 |
| 4. 阶段性结论与建议 | 第60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 作者发表的学术论文及参加的课题 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |