| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 课题背景与意义 | 第12-13页 |
| 1.2 本文主要研究内容及特色工作 | 第13-16页 |
| 1.2.1 本文主要研究内容 | 第13-14页 |
| 1.2.2 本文特色工作 | 第14-16页 |
| 1.3 章节安排 | 第16-17页 |
| 1.4 本章小结 | 第17-18页 |
| 第2章 癌症的信号通路差异分析方法 | 第18-32页 |
| 2.1 背景与研究现状 | 第18-19页 |
| 2.2 基于信息散度的信号通路分析方法介绍 | 第19-22页 |
| 2.2.1 基于基因表达数据计算基因对相互作用强度 | 第20-21页 |
| 2.2.2 信息散度分析 | 第21页 |
| 2.2.3 统计显著性分析 | 第21-22页 |
| 2.3 多种分析方法的比较 | 第22-25页 |
| 2.3.1 实验数据集 | 第22-23页 |
| 2.3.2 对比实验 | 第23-25页 |
| 2.4 SPAID方法在癌症细胞基因表达数据集的应用 | 第25-30页 |
| 2.4.1 获取显著差异信号通路 | 第26-27页 |
| 2.4.2 重复性分析 | 第27-29页 |
| 2.4.3 癌症共性显著差异通路 | 第29-30页 |
| 2.5 本章小结 | 第30-32页 |
| 第3章 癌症差异代谢网络结构共性分析方法 | 第32-46页 |
| 3.1 背景与研究现状 | 第32-33页 |
| 3.2 癌症上调代谢基因和代谢反应 | 第33-37页 |
| 3.2.1 数据集 | 第34-35页 |
| 3.2.2 获取癌症上调代谢基因 | 第35页 |
| 3.2.3 获取癌症上调代谢反应 | 第35-37页 |
| 3.2.4 共性分析 | 第37页 |
| 3.3 癌症差异代谢网络 | 第37-41页 |
| 3.3.1 重构癌症差异代谢网络的流程 | 第37-38页 |
| 3.3.2 差异代谢网络的规模 | 第38-39页 |
| 3.3.3 代谢反应 | 第39-41页 |
| 3.4 癌症差异代谢网络的模块化 | 第41-44页 |
| 3.4.1 代谢网络的无向图表示 | 第41-42页 |
| 3.4.2 网络模块划分 | 第42-43页 |
| 3.4.3 模块共性分析 | 第43-44页 |
| 3.5 本章小结 | 第44-46页 |
| 第4章 基于流量模拟的癌症代谢共性分析方法 | 第46-60页 |
| 4.1 背景与研究现状 | 第46-47页 |
| 4.2 癌症差异代谢网络的流量分布 | 第47-50页 |
| 4.2.1 流量平衡分析方法 | 第48-49页 |
| 4.2.2 流量模拟 | 第49-50页 |
| 4.3 运输反应分析 | 第50-56页 |
| 4.3.1 癌症共性运输反应 | 第51-53页 |
| 4.3.2 癌症独有运输反应 | 第53-56页 |
| 4.4 预测潜在的抗癌药物靶标 | 第56-59页 |
| 4.4.1 基于FBA的基因敲除和反应敲除 | 第57页 |
| 4.4.2 支持癌症细胞增长的基因和反应 | 第57-58页 |
| 4.4.3 潜在的抗癌药物靶标 | 第58-59页 |
| 4.5 本章小结 | 第59-60页 |
| 第5章 总结与展望 | 第60-64页 |
| 5.1 工作总结 | 第60-61页 |
| 5.2 未来工作展望 | 第61-64页 |
| 参考文献 | 第64-70页 |
| 致谢 | 第70-72页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第72页 |