| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-20页 |
| 1.1 课题选择依据 | 第11页 |
| 1.2 研究背景以及国内外现状 | 第11-16页 |
| 1.2.1 microRNA 传统研究方向 | 第12页 |
| 1.2.2 microRNA 新型研究方向-跨物种机制研究 | 第12-14页 |
| 1.2.3 植物 miRNA-动物跨物种研究中的不足 | 第14-16页 |
| 1.3 本文研究的目的与意义 | 第16页 |
| 1.4 本文的设计思路及内容组织 | 第16-20页 |
| 1.4.1 本文设计思路的创新之处 | 第17页 |
| 1.4.2 本文的主要研究内容及设计流程 | 第17-18页 |
| 1.4.3 本文的内容组织安排 | 第18-20页 |
| 第2章 跨物种调控研究相关知识介绍 | 第20-29页 |
| 2.1 microRNA 的序列同源性分析 | 第20-22页 |
| 2.1.1 microRNA 的同源家族分类 | 第20-21页 |
| 2.1.2 植物 microRNA 家族内、家族间同源性序列比对 | 第21-22页 |
| 2.1.3 基于同源性规则的拟南芥 miRNA 选取原则 | 第22页 |
| 2.2 microRNA 介导的诱导沉默机制研究 | 第22-24页 |
| 2.2.1 microRNA 对靶标 mRNA 的作用区域及含量的影响 | 第22-23页 |
| 2.2.2 microRNA 与靶标 mRNA 的匹配方式 | 第23-24页 |
| 2.3 Tissue Specificity 组织特异性 | 第24页 |
| 2.4 Gene Ontology 基因本体论 | 第24-25页 |
| 2.5 Biology Network 生物网络模型 | 第25-29页 |
| 2.5.1 网络的种类划分 | 第26页 |
| 2.5.2 生物网络模型 | 第26-29页 |
| 第3章 动植物 miRNA 靶点预测设计 | 第29-43页 |
| 3.1 总体流程设计 | 第29-31页 |
| 3.2 前期数据准备及预测软件选取 | 第31-34页 |
| 3.2.1 植物 miRNA 的收集 | 第31页 |
| 3.2.2 动植物 mRNA 的收集 | 第31-32页 |
| 3.2.3 靶基因预测软件的选取 | 第32-34页 |
| 3.3 靶点数据处理及分析 | 第34-41页 |
| 3.3.1 植物、植物-动物靶点预测 | 第34-36页 |
| 3.2.3 初次筛选 | 第36-37页 |
| 3.3.3 植物靶点验证 | 第37-40页 |
| 3.3.4 动植物靶点映射及二次筛选 | 第40-41页 |
| 3.4 本章小结 | 第41-43页 |
| 第4章 组织特异性和功能富集分析 | 第43-50页 |
| 4.1 总体流程设计 | 第43-44页 |
| 4.2 前期数据准备 | 第44-47页 |
| 4.2.1 组织选择和表达层次划分 | 第44-45页 |
| 4.2.2 数据来源和阈值设定 | 第45-46页 |
| 4.2.3 GO 富集分析 | 第46-47页 |
| 4.2.4 富集分析检验 | 第47页 |
| 4.3 具体实验过程及实验结果 | 第47-49页 |
| 4.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 第5章 调控网络的构建与分析 | 第50-56页 |
| 5.1 调控网络流程设计 | 第50-51页 |
| 5.2 前期数据准备 | 第51-53页 |
| 5.2.1 初级网络构建的数据准备 | 第51页 |
| 5.2.2 各基因权值打分 | 第51-52页 |
| 5.2.3 核心节点模块划分 | 第52页 |
| 5.2.4 初级网络中属于 TF 的节点数目 | 第52-53页 |
| 5.3 具体实验过程 | 第53-55页 |
| 5.3.1 节点权值打分 | 第53-54页 |
| 5.3.2 核心 hub 节点选取、模块划分及结果分析 | 第54-55页 |
| 5.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第6章 总结和展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
